题目：Improving Silkworm Genome Annotation Using a Proteogenomics Approach期刊：Journal of Proteome Research发表时间：June 28, 2019DOI：10.1021/acs.jproteome.8b00965分享人：张霞 内容与观点：1、 文章研究概述桑蚕是一种重要的经济昆虫，并作为鳞翅目模
1.基本GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式，基因注释文件。GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释，对染色体上的基因进行标注。//我这里关注的主要是GTF文件。2.格式以tab键分割为9列：seq_id：染色质名称；source：注释团队；type: 注释信息的类型
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2024-04-22 10:05:09
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养活不断增长的人口是一项重大挑战，尤其是在气候条件迅速变化的情况下。基因组编辑将彻底改变植物育种，并有助于确保全球粮食供应。2021年2月12日，中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞在Cell 在线发表题为”Genome engineering for crop improvement and future agriculture“的综述文章，该综述将重点介绍新开发的技术，同时回顾植物
本地BLAST的使用 数据库的获取 最简单的方法是直接到NCBI或别的网站去下载 也可以将自己的序列，或与自己工作相关的序列进行整理构建成一个小型的数据库 注意：以上文件格式一般可存为fasta格式 构建BLAST用的数据库 将已构建好的数据拷贝到你所设定的数据库所在文件夹 运行cmd命令 在cmd环境中输入如下所示命令 formatdb –i inseqs.fa –p F –o T –n db_
假设我们想搜具有某种功能的一类基因，比如具有激酶活性的基因，我们应给怎么办呢？gene ontology（http://www.geneontology.org/）,可以大致翻译为基因注释的数据库就可以帮上忙了。个人理解对于本体（ontology）的解释就是最终认识，即对于以前的不明了和不方便的基因的注释来联系起来，最终让生物学家方便的搞科研。下面摘抄了在生物统计学家园网站上的三个帖子
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2024-07-10 19:06:48
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VEP是一款强大的注释、分析软件，在我们的变异检测中经常使用其进行SNP、INDEL、CNV和SV的注释，同时借助数据库的内容，对变异结果进行过滤。如此一款强大和功能齐全的软件，其参数必然会非常之多，对于初次接触的人来说，过多的参数非常影响对此软件的理解和使用，甚至耗费大量时间来安装软件。笔者也面对了此问题，耗费大量时间在软件调研和安装步骤中，为了方便后来者的快速使用，特此将安装使用心得分享给大家
目标实现对beanName包含service的bean对象的每个方法, 都打印出其运行时间beanName不包含service的不打印通过@EnableMethodCostTime注解来控制打印的开启与关闭本文涉及知识本文的实现@EnableXXX注解的方法可以看做是对多数spring中该类型注解实现的模拟 同时, 在bean对象初始化时, 对对象生成代理对象从而增强, 体会bean的生命周期 同
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2024-10-17 09:20:44
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本文概述由于将项目的paragonie / random_compat依赖项(或项目的依赖项的依赖项)升级到1.5或主要版本而出现此错误。许多开发人员在使用Laravel和Symfony(symfony / polyfill-php70)时都遇到了这个问题。基本上是问题所在, 如消息中所示, 你的系统上没有更新的PRNG, 你需要提供一个。伪随机数生成器(PRNG), 也称为确定性随机位生成器(D
1 IIS安装和windows系统配置1.1 IIS安装检查是否安装好了IIS，可在【管理工具】的【服务管理器】中查看，如下图所示表示安装了IIS。 确认IIS已完全安装，点击上图中的Web服务器（IIS）： 如果未完全安装，点击角色服务右侧的“添加角色服务”，全部勾选进行安装。如果没有安装IIS，可以通过【添加角色】安装注意：必须使用Administrator用户进行安装&n
基因组编辑是在基因组水平对基因进行精确、定向修饰的一种高效生物技术方法。简单、高效的CRISPR/Cas9编辑体系的出现给生命科学带来了新的技术革命。CRISPR/Cas9通常在基因组靶向位点造成DNA碱基的添加或删除，导致基因功能的缺失。近日，中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究组建立了一个通过CRISPR/Cas9高效调控内源mRNA翻译的方法。该方法可通过提高蛋白质翻译效率，增加目标基
欢迎关注”生信修炼手册”!从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式，一种是利用table browser
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2022-06-21 09:05:53
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QIIME 2用户文档. 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse Tutorial原文地址：https://docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/pd-mice/本教程将使用来自人源化(humanized)小鼠的一组粪便样品，展示16S rRNA基因扩增子数据的“典型”QIIME 2分析。最初的研究，Sampson等，2016旨在确定粪便微生物组是否有助于帕
欢迎关注”生信修炼手册”!GTF是在GFF的基础上发展而来，二者有很多类似的地方，都是\t分隔的9列文件，内
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2022-06-21 05:51:50
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在2018年8月举行的亚运会女子50米仰泳比赛中，中国队的刘湘以26秒98的成绩打破世界女子50米仰泳尘封9年的世界纪录，在赛场上刮起了中国旋风。一年之后的2019年10月2日，在另一个特殊的赛场上，中国人又破了一项尘封9年的世界纪录——全球数据库领域最权威的国际事务处理性能委员会（TPC）在其官网上宣布，阿里巴巴/蚂蚁金服的分布式关系数据库OceanBase打破数据库基准性能测试（TPC-C）的
大佬的记录EasyEnsemble：一种简单的不平衡数据的建模方法（附测试代码）桔了个仔旅居新加坡/AI风控/数据科学/FinTech/码农102 人赞同了该文章摘要虽然我这里洋洋洒洒写了2000字，但实际原理我一句话就能讲完，那就是”通过重复组合正样本与随机抽样的同样数量的负样本，训练若干数量分类器进行集成学习“。但为了让大家对这个算法有深入的了解，还是写一篇详细的文章，顺便跑个数据
# Python GTF: General Transfer Format
## Introduction
GTF (General Transfer Format) is a file format commonly used in bioinformatics to store genomic annotations, such as gene locations, transcripts,
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2024-06-16 05:27:09
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欢迎关注”生信修炼手册”!存储基因和转录本的结构信息，gtf和gff3两种格式都可以。在实际分析时，会需要转
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2022-06-21 09:05:44
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实验一 基因组组装一、实验目的熟悉基因组从头组装原理及步骤掌握velvet, minia, SPAdes等短序列拼装软件使用熟悉用quast评价组装效果二、基因组组装组装原理与方法两种策略Overlap/layout/consensusDe Bruijn k-mer graphs第一种策略主要应用在长reads组装上，如sanger测序数据和第三代测序数据，组装软件包括phrap, cap3等。
存储基因和转录本的结构信息，gtf和gff3两种格式都可以。在实际分析时，会需要转换两种格式。比如，NCBI 只提供了GFF格式的下载文件，我们需要转换成GTF文件之后再使用。完成这一任务，可以自己编写脚本，也可以借助现成的工具。接下来看下每种工具的使用方法和特点。使用NCBI的GFF文件进行测试，链接如下ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000
在GENCODE下载的注释文件gtf怎么用python打开
### 问题背景
在生物信息学的研究中，基因注释文件（GTF格式）是了解基因组特征的重要资料。用户通常从GENCODE数据库下载这些文件，然后使用Python对相关基因信息进行分析。然而，许多用户对如何有效读取和使用这些文件并不熟悉，导致了许多不必要的困扰。
用户场景还原：
- 一位科研人员在GENCODE下载了完成的GTF文件。
