QIIME 2用户文档. 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse Tutorial原文地址：https://docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/pd-mice/本教程将使用来自人源化(humanized)小鼠的一组粪便样品，展示16S rRNA基因扩增子数据的“典型”QIIME 2分析。最初的研究，Sampson等，2016旨在确定粪便微生物组是否有助于帕
Yang, H., Bell, T., Churchill, G. et al. On the subspecific origin of the laboratory mouse. Nat Genet 39, 1100–1107 (2007). https://doi.org/10.1038/ng2087Supplementary Text and Figures这篇2007年发表在NG上的文章
简介TASSEL是一个软件包，用于评估性状关联、进化模式和连锁不平衡。本软件的优点包括:1. 有机会使用一些新的强大的统计方法来进行关联映射，例如通用线性模型(GLM)和混合线性模型(MLM)。MLM是我们实验室发表在《自然遗传学》杂志上的论文——关联映射的统一混合模型方法——的一种技术的实现，它减少了与复杂谱系、家庭、创始效应和种群结构关联映射中的I型错误。2. 能够处理广泛的索引(插入和删除)
目标实现对beanName包含service的bean对象的每个方法, 都打印出其运行时间beanName不包含service的不打印通过@EnableMethodCostTime注解来控制打印的开启与关闭本文涉及知识本文的实现@EnableXXX注解的方法可以看做是对多数spring中该类型注解实现的模拟 同时, 在bean对象初始化时, 对对象生成代理对象从而增强, 体会bean的生命周期 同
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2024-10-17 09:20:44
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特征处理特征是对象的表达，模式识别中处理特征的方法可以分为两类：1 特征选择特征选择就是在原始特征集合中，挑选出一些最具有代表性、可分性最好的特征子集——典型的组合优化问题、NP问题。从统计观点——变量的选择特征选择：1)可以降低特征空间维数；2)特征本身常常具有明确的意义。搜索策略顺序前进法——不考虑特征相关性，由少到多，不断增加特征顺序后退法——不考虑特征相关性，由多到少，不断减少特征遗传算法
大佬的记录EasyEnsemble：一种简单的不平衡数据的建模方法（附测试代码）桔了个仔旅居新加坡/AI风控/数据科学/FinTech/码农102 人赞同了该文章摘要虽然我这里洋洋洒洒写了2000字，但实际原理我一句话就能讲完，那就是”通过重复组合正样本与随机抽样的同样数量的负样本，训练若干数量分类器进行集成学习“。但为了让大家对这个算法有深入的了解，还是写一篇详细的文章，顺便跑个数据
VEP是一款强大的注释、分析软件，在我们的变异检测中经常使用其进行SNP、INDEL、CNV和SV的注释，同时借助数据库的内容，对变异结果进行过滤。如此一款强大和功能齐全的软件，其参数必然会非常之多，对于初次接触的人来说，过多的参数非常影响对此软件的理解和使用，甚至耗费大量时间来安装软件。笔者也面对了此问题，耗费大量时间在软件调研和安装步骤中，为了方便后来者的快速使用，特此将安装使用心得分享给大家
今天来说说单细胞转录组数据的细胞轨迹分析，学会这些分析结果，距离发文章就只差样本的选择了，有创新性的样本将成为文章的亮点，并不是分析内容了！这期继续介绍 Monocle 3 软件包用于研究细胞拟时性分析也就是细胞的生长发育轨迹分析。前 言单细胞转录组测序(scRNA-seq)实验使我们能够发现新的细胞类型，并帮助我们了解它们是如何在发育过程中产生的。Monocle 3包提供了一个分析单细胞基因表达
# 小鼠基因注释的R语言实战指南
基因组注释是生物信息学中的重要环节，它涉及到生物体的基因及其功能的识别和注释。对于小鼠基因的注释，R语言是一个强大的工具。本文将为刚入行的小白详细介绍如何使用R实现小鼠基因注释，包括关键步骤和必要的代码示例。
## 流程概述
在进行小鼠基因注释时，可以将操作步骤分为以下几部分：
| 步骤编号 | 步骤名称 | 具体操作说明
原创
2024-09-25 07:58:08
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本文概述由于将项目的paragonie / random_compat依赖项(或项目的依赖项的依赖项)升级到1.5或主要版本而出现此错误。许多开发人员在使用Laravel和Symfony(symfony / polyfill-php70)时都遇到了这个问题。基本上是问题所在, 如消息中所示, 你的系统上没有更新的PRNG, 你需要提供一个。伪随机数生成器(PRNG), 也称为确定性随机位生成器(D
实验一 基因组组装一、实验目的熟悉基因组从头组装原理及步骤掌握velvet, minia, SPAdes等短序列拼装软件使用熟悉用quast评价组装效果二、基因组组装组装原理与方法两种策略Overlap/layout/consensusDe Bruijn k-mer graphs第一种策略主要应用在长reads组装上，如sanger测序数据和第三代测序数据，组装软件包括phrap, cap3等。
1 IIS安装和windows系统配置1.1 IIS安装检查是否安装好了IIS，可在【管理工具】的【服务管理器】中查看，如下图所示表示安装了IIS。 确认IIS已完全安装，点击上图中的Web服务器（IIS）： 如果未完全安装，点击角色服务右侧的“添加角色服务”，全部勾选进行安装。如果没有安装IIS，可以通过【添加角色】安装注意：必须使用Administrator用户进行安装&n
基因组编辑是在基因组水平对基因进行精确、定向修饰的一种高效生物技术方法。简单、高效的CRISPR/Cas9编辑体系的出现给生命科学带来了新的技术革命。CRISPR/Cas9通常在基因组靶向位点造成DNA碱基的添加或删除，导致基因功能的缺失。近日，中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞研究组建立了一个通过CRISPR/Cas9高效调控内源mRNA翻译的方法。该方法可通过提高蛋白质翻译效率，增加目标基
假设我们想搜具有某种功能的一类基因，比如具有激酶活性的基因，我们应给怎么办呢？gene ontology（http://www.geneontology.org/）,可以大致翻译为基因注释的数据库就可以帮上忙了。个人理解对于本体（ontology）的解释就是最终认识，即对于以前的不明了和不方便的基因的注释来联系起来，最终让生物学家方便的搞科研。下面摘抄了在生物统计学家园网站上的三个帖子
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2024-07-10 19:06:48
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题目：Improving Silkworm Genome Annotation Using a Proteogenomics Approach期刊：Journal of Proteome Research发表时间：June 28, 2019DOI：10.1021/acs.jproteome.8b00965分享人：张霞 内容与观点：1、 文章研究概述桑蚕是一种重要的经济昆虫，并作为鳞翅目模
https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/vep/index.html https://github.com/Ensembl/ensembl-vep 输入一些variant的名字，出来一些注释结果。 注释结果： #Uploaded_variation Loca
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2021-01-21 22:11:00
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在2018年8月举行的亚运会女子50米仰泳比赛中，中国队的刘湘以26秒98的成绩打破世界女子50米仰泳尘封9年的世界纪录，在赛场上刮起了中国旋风。一年之后的2019年10月2日，在另一个特殊的赛场上，中国人又破了一项尘封9年的世界纪录——全球数据库领域最权威的国际事务处理性能委员会（TPC）在其官网上宣布，阿里巴巴/蚂蚁金服的分布式关系数据库OceanBase打破数据库基准性能测试（TPC-C）的
集成学习集成学习基本概念Bagging基本概念Scikit-learn中的Bagging随机森林Boosting基本概念Scikit-learn中的Boosting集成学习结合策略集成学习回归问题 集成学习基本概念训练多个学习器，对同一样本预测，再用某种结合策略将各学习器结合起来，得出最终预测结果。集成学习的一般结构：同质集成(homogeneous)：学习器使用的算法都是相同类型，例如全使用决
1.基本GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式，基因注释文件。GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释，对染色体上的基因进行标注。//我这里关注的主要是GTF文件。2.格式以tab键分割为9列：seq_id：染色质名称；source：注释团队；type: 注释信息的类型
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2024-04-22 10:05:09
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通俗理解：一个算法的能力是有限的，把多个算法模型集成在一起Boosting方法（串行）Boosting主要思想是将弱学习器组装成一个强学习器（通过加法模型将弱分类器进行线性组合）训练集数据在学习过程中，通常根据它们的上一轮的分类准确率给予不同的权重，加弱学习器之后，数据通常会被重新加权，来强化对之前分类错误数据点的分类（每轮学习完，分类错误的，增加样本的权重，降低弱学习器的权重）个体学习器之间存在
