存储基因和转录本的结构信息，gtf和gff3两种格式都可以。在实际分析时，会需要转换两种格式。比如，NCBI 只提供了GFF格式的下载文件，我们需要转换成GTF文件之后再使用。完成这一任务，可以自己编写脚本，也可以借助现成的工具。接下来看下每种工具的使用方法和特点。使用NCBI的GFF文件进行测试，链接如下ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000
maker
在基因组注释上，MAKER算是一个很强大的分析流程。能够识别重复序列，将EST和蛋白序列比对到基因组，进行从头预测，并在最后整合这三个结果保证结果的可靠性。此外，MAKER还可以不断训练，最初的输出结果可以继续用作输入训练基因预测的算法，从而获取更高质量的基因模型。Maker的使用比较简单，在软件安装成后，会有一个"data"文件
文章目录Eggnog 5.0：一种基于5090种生物体和2502种病毒的层级、功能和系统学注释同源基因资源通讯作者Peer Bork简介划重点摘要背景更新和新增功能基因组更新物种分类水平和非监督的直系同源群图1. 不同物种水平独立计算的OGsOGs的层级一致性系统发育分析功能注释图2. 可视化OG的网页示例自定义用户数据的快速功能和直系同源分类测评结论和展望参考文献本文译者简介 之前我们介绍过《
# Python GTF: General Transfer Format
## Introduction
GTF (General Transfer Format) is a file format commonly used in bioinformatics to store genomic annotations, such as gene locations, transcripts,
原创
2024-06-16 05:27:09
30阅读
1.基本GFF和GTF是两种最常用的数据库注释格式，基因注释文件。GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组。GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释，对染色体上的基因进行标注。//我这里关注的主要是GTF文件。2.格式以tab键分割为9列：seq_id：染色质名称；source：注释团队；type: 注释信息的类型
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2024-04-22 10:05:09
662阅读
GBase 8s 的基本恢复过程如下：（1）首先恢复元数据。 （2）备份描述控制页面列表列出了用户页面将要被恢复的去向。这些列表的物理地址和 extent 大小将被记录在内存表中。（3）恢复客户端将从磁盘上读取 smart-large-object 页面，并由服务器将其写入控制页 所指定的位置。 其过程如图所示： 另外，在 GBase 8s 进行恢复时，需要用到以下的
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2024-05-14 14:54:00
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机器学习的算法中，讨论的最多的是某种特定的算法，比如Decision Tree，KNN等，在实际工作以及kaggle竞赛中，Ensemble methods（组合方法）的效果往往是最好的，当然需要消耗的训练时间也会拉长。 所谓Ensemble methods，就是把几种机器学习的算法组合到一起，或者把一种算法的不同参数组合到一起。 打一个比方，单个的学习器，我们把它类比为一个独裁者。而
本文主要介绍 Ensemble Learning ，原文浅显易懂，就不翻译了。本文
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2022-08-06 01:09:11
225阅读
常见的 Ensemble 方法有这么几种：Bagging：使用训练数据的不同随机子集来训练每个 Base Model，最后进行每个 Base Model 权重相同的 Vote。也即 Random Forest 的原理。Boosting：迭代地训练 Base Model，每次根据上一个迭代中预测错误的情况修改训练样本的权重。也即 Gradient Boosting 的原理。比 Baggi
NavigatorEnsemble methodsBagging meta-estimatorForests of randomized treesRandom ForestsExtremely Randomized TreesParametersParallelizationAdaBoostGradient Tree BoostingClassificationRegressionCase：M
众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换.常用数据库 IDID 示例ID 来源ENSG00000116717Ensemble IDGA45A_HUMANUniProtKB/Swiss-Prot, entry nameA5PJB2_BOVINUniProtKB/TrEMBL, entry nameA2BC
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2024-10-14 14:25:56
94阅读
下边是Eric Evans在他的杰作《
领域驱动设计（
Domain Driven Design）》中开创的一套针对Domain Objects的分类法，在你的工作中很可能会遇到这些不同分类的Domain Objects。
Entity: 在不同时刻不同表现形式下具有唯一身份标识的Object，也被人们称为“reference objects”。
一.论文《QuickScorer:a Fast Algorithm to Rank Documents with Additive Ensembles of Regression Trees》是为了解决LTR模型的预测问题，如果LTR中的LambdaMart在生成模型时产生的树数和叶结点过多，在对样本打分预测时会遍历每棵树，这样在线上使用时效率较慢，这篇文章主要就是利用了bit
集成学习(ensemble [ɒnˈsɒmbl] learning)通过构建并结合多个学习器来完成任务，有时
原创
2021-07-07 09:24:26
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Ensemble 集成学习。团队合作，好几个model一起上。1、什么是Ensemble 2、Bagging（决策树+随机森林）3、Boosting Adaboost、Gradient boost 4、Stacking 1、什么是Ensemble Ensemble(集成学习)，简单来说就是人多力量大。 &
说明：其实文章的内容我没有看懂，只能说我跟博主的水平差了十万八千里，mark一下，以做后观。写小人书的老顽童Dan Friedman 是 Indiana 大学的教授，程序语言领域的创始人之一。他主要的著作《The Little Schemer》（前身
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2023-05-04 21:24:56
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如何使用R语言读入gtf文件
在使用R语言进行基因组学数据分析时，读入gtf文件是一个常见的操作。gtf文件是一种用于存储基因组注释信息的文本文件，其中包含了基因的位置、外显子、内含子和UTR等信息。本文将向你介绍如何使用R语言读入gtf文件，并给出详细的代码示例。
整体流程如下：
1. 下载并安装必要的R包：在读取gtf文件之前，我们需要下载和安装一些必要的R包。在R控制台中执行以下代码来
原创
2023-12-13 05:46:18
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欢迎关注”生信修炼手册”!GTF是在GFF的基础上发展而来，二者有很多类似的地方，都是\t分隔的9列文件，内
原创
2022-06-21 05:51:50
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通过聚集多个分类器的预测来提高分类准确率的技术称为组合学习/集成学习(Ensemble Learning)。本文主要介绍相关概念，叙述几种常见集成学习模型
原创
2022-10-11 14:58:34
213阅读
题目：Improving Silkworm Genome Annotation Using a Proteogenomics Approach期刊：Journal of Proteome Research发表时间：June 28, 2019DOI：10.1021/acs.jproteome.8b00965分享人：张霞 内容与观点：1、 文章研究概述桑蚕是一种重要的经济昆虫，并作为鳞翅目模
