×××S 2012 高级图表类型 -- 气泡图与散点图 气泡图与散点图的性质都非常类似，通常是应用在显示两个连续变量之间的相关性。例如，在销售报表中，除了单独看销售数量与销售金额之外，同时也会想要知道这两个数值之间的相关性（趋势线），同时看看有无商品是否偏离这个趋势（销售数量高却销售金额低于平均），即可应用散点图来制作图表。至于气泡图则是较散点图多纳入一组连续变量，借由此连续变量的数值来
# R语言绘制KEGG气泡图
## 引言
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一种用于研究基因功能和代谢通路的数据库。气泡图是一种常用的数据可视化图表，通过圆形的气泡来表示不同的数据，大小和颜色可以反映出数据的大小关系。在生物信息学研究中，我们常常需要将基因或代谢物在Kegg通路中的富集情况可视化，以便更好地理解数据。本文将介绍如何使用R
原创
2023-10-15 05:12:42
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1. qplotquick plot数据集：diamonds（1）基本用法eglibrary(ggplot2)
length(diamonds)
set.seed(1410)#设定种子数
dsmall<-diamonds[sample(nrow(diamonds),100),]#随机产生样本数
qplot(carat,price,data=diamonds)#画散点图 qplot(log(c
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2024-02-04 20:46:01
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# R语言绘制KEGG气泡图
 是一种用于描述生物系统功能和嵌入知识的数据库。KEGG气泡图是一种常用的可视化工具，可以用于展示基因、代谢物或其他生物实体在不同分类中的丰度或数量。在本文中，我们将使用R语言绘制KEGG气泡图的步骤和示例代码进行介绍。
## 准备工
原创
2023-10-03 11:32:49
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GSEA文件准备setwd("F:\\GEO\\GEO芯片数据/")
##下载好的载入
load('GSE35896_eSet.Rdata')
a=gset[[1]]
##取出第一个元素赋值给一个对象a
dat=exprs(a)
#a现在是一个对象，取a这个对象通过看说明书知道要用exprs这个函数，该函数得到表达矩阵
#现在 得到的dat就是一个表达矩阵，只不过基因的ID是探针名
dim
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2023-06-25 13:04:35
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系列文章目录文章目录 单细胞测序流程（一）简介与数据下载单细胞测序流程（二）数据整理单细胞测序流程（三）质控和数据过滤——Seurat包分析，小提琴图和基因离差散点图单细胞测序流程（四）主成分分析——PCA单细胞测序流程（五）t-sne聚类分析和寻找marker基因单细胞测序流程（六）单细胞的细胞类型的注释单细胞测序流程（七）单细胞的细胞类型轨迹分析单细胞测序流程（八）单细胞的marker基因转化
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2023-11-09 00:56:29
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Kegg通路或者GO本体论富集分析是基因功能注释最常见的分析，结果可以以多种形式展示，最常用的包括：条形图/bar图，气泡图/dot图等，其中气泡图输入数据一般包括以下4个维度的信息：名字，富集倍数（或者gene ratio），P值，基因count。例如：pathwayenrichmentpvaluecountRNA transport4.8072586411.56E-0515Epstein-Ba
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2023-09-10 22:22:53
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医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。 文章目录安装图形种类重排顺序加方框更改颜色条、图例、文本标签可视化非相关系数矩阵、NA值、数学符号可视化p值和可信区间 相关性矩阵的可视化非常多，基础绘图也有很多函数可以做。不过最好用的一定是 corrplot包。 这个包也是国产R包
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2024-01-17 20:45:57
335阅读
# 使用R语言改进KEGG气泡图标注字体的方案
## 引言
在生物信息学中，KEGG气泡图是用来展示不同代谢通路的重要工具，其气泡的大小和颜色可以代表生物数据特征。不过，在很多情况下，默认的标注字体可能不太适合视觉效果的需求。因此，本文将介绍如何在R语言中调整KEGG气泡图的字体标注，提升图示的可读性和美观性。
## 方案概述
我们将使用`ggplot2`和`ggrepel`两个R包来创建
目录前言一、数据背景二、使用步骤1.加载所需的R包2.读入数据与处理表格3.enrichGO函数进行GO/KEGG/自定义通路的富集4.简单的可视化三、结论 前言clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、以及GSEA富集分析等，并且对富集分析结果进行可视化。这里将使用clusterProfiler包对一些数据进行GO、KEGG等富集分析，
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2023-08-08 09:18:17
498阅读
## 如何在R中实现KEGG通路图
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库为生物信息学提供了丰富的生物通路、基因组数据和药物信息。在生物数据分析中，通路图的可视化能帮助我们理解生物过程。本文将带领你一步步实现R语言中的KEGG通路图。
### 实现流程
以下是实现KEGG通路图的基本流程：
| 步骤 | 描述
原创
2024-08-07 11:57:38
472阅读
新系列 —— R高级绘图，准备整理所有曾经绘制过的图图和未来需要的图图们的代码！预计这个系列会囊括所有常见图形，只提供高级绘图代码，基础绘图主要在 R语言绘图 系列中进行介绍，这个系列咱们主打：需要XX图？没问题！来这里！找到你要画的图！点进去！直接复制粘贴RUN！更新顺序随机，小伙伴们有急需想要的图图也可以后台告诉我！我给它优先更新！带显著性标记的相关性气泡图首先我们先介绍一下什么是相关性气泡图
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2024-08-14 08:24:27
160阅读
前三章中列出的大多数示例代码都很短，并没有涉及到复杂的操作。从本章开始将会把前面介绍的数据结构组合起来，构成真正的程序。大部分程序是由条件语句和循环语句控制，R 语言中的条件语句(if-else)和 C 语言中类似此处就不再介绍，循环语句包括 for 和 while 控制块。循环是社交网络分析的主旋律，比如使用 for 循环遍历分析网络中的每一个节点。当网络规模足够大时，并行处理又变得十分必要。熟
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2023-08-08 14:24:11
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#第九章方差分析
#需要的packages:car gplots HH rrcov multicomp effects MASS mvotlier
#单因素方差分析
#数据集来源multcomp包的cholesterol数据集
library(multcomp)
attach(cholesterol)
table(trt)
aggregate(response,by=list(tre
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2023-08-08 17:56:21
189阅读
## 气泡图 - 用R语言展示数据的分布和关系
气泡图（Bubble Chart）是一种常见的数据可视化方式，用于展示多个变量之间的关系。它通过在二维平面上绘制不同大小的气泡来表示数据的分布情况，其中气泡的大小代表一个变量的值，而气泡的位置则表示另外两个变量之间的关系。
在R语言中，我们可以使用各种包（packages）和函数来生成和定制气泡图，以便更好地理解和展示数据。
### 准备数据
原创
2023-07-23 08:00:11
1062阅读
前两篇文章我们介绍了 Jupyter Notebook 的一些基础用法，今天我们来介绍一下如何使用 conda 和 Jupyter 在 R 中开始一个数据科学项目。在开始之前我们先要明确一个概念：Kernel，即内核。内核是以特定的编程语言运行交互式代码并将输出返回给用户的进程，基于 Kernel，Jupyter Notebook 可以支持包括 R、Python 在内的多种编程语言。由于 Jupy
Python数据可视化之气泡图数据获取数据分析与散点图对比绘制气泡图确定需要对比的属性 数据获取 •绘制气泡所需的数据与之前散点图的数据是一样的，都是美国中西部地区人口分布详情数据集，需要数据的可通过下面博客获取：Python数据可视化之散点图(进阶篇—图文并茂详细版！！！) &
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2023-09-18 16:07:32
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# R语言会诊KEGG弦图
在生物信息学中，基因组和生物通路的研究日益受到重视。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库提供了丰富的生物通路信息，有助于研究基因、蛋白质及其相互作用。在这些研究中，弦图（Chord Diagram）是一种有效的可视化方式，可以帮助我们理解不同基因或物质在生物通路中的相互关系。本文将通过 R 语言介绍如何利用
原创
2024-10-18 06:25:00
250阅读
R语言中KEGG网络图的使用，特别是在生物信息学和计算生物学领域，成为了不可或缺的分析工具。KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库提供了一系列的信号通路、代谢通路等功能模块，这对于理解基因功能、疾病机制以及药物作用机制等方面都具有重要意义。
### 技术定位
R语言因其强大的统计功能与丰富的生物信息学包，已经发展出了众多用于构建和分析KE
# 如何实现R语言KEGG和弦图代码
## 概述
欢迎，小白，很高兴你对R语言KEGG和弦图代码感兴趣。我将帮助你学习如何实现这一功能。首先，让我们了解整个流程。
### 流程概览
下面是一个展示整个实现KEGG和弦图代码的流程的表格：
| 步骤 | 描述 |
|------|-----|
| 1 | 下载KEGG数据 |
| 2 | 数据预处理 |
| 3 | 绘制和弦图
原创
2024-03-16 06:30:12
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