offsetalignment Offset alignment by ORF start position
proteinaln2nucl Transform protein alignments to nucleotide alignments
result2repseq Get representative sequences from result DB
sortresult Sor
教 程 目 录在本章中，我们将讨论Biopython提供的一些高级序列特征.补体和反向补体核苷酸序列可以是反向补充以获得新的序列.此外，补充序列可以反向补充以获得原始序列. Biopython提供了两种方法来实现这一功能 : 补充和反向补充.这个代码在下面和下面给出;>>> from Bio.Alphabet import IU
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2024-01-26 12:26:49
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主要内容1 背景2 在线blast3 本地blast3.1 老版本blast3.2 新版本blast背景序列比对（Sequence Alignment）的基本问题是比较两个或两个以上序列的相似性。blast作为一种序列相似性比对工具，是生物信息分析最常用的一款软件，必须掌握。不管是做两序列相似性的简单比对，还是引物特异性、序列的来源等个性化分析，都会用到blast比对。许多看似高大上的基因分析，都
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2023-11-20 13:49:47
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在生信研究中经常需要寻找蛋白序列的Domain，蛋白序列的Domain对于蛋白质来说是最重要的一部分，一般来说会有发挥功能的区域，结合其它物质的区域，二聚化区域等等。现在的蛋白质数据库已经很多了，但寻找Domain可以直接考虑NCBI的CD-search功能，其中包含了NCBI自带的CDD库(link)，PRK库(link)，以及外部的Pfam数据库(link)，COG库(link)，SMART库
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2023-10-21 18:48:04
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NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ BioPython官方文档：https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/bioPython是生物信息领域用于基因序列比对的一个工具，在搭建本地化blast的时候很实用。 以下笔记内容是在开发过程中参考官方文档 第七章：BLAST 后的相关问题及解决记录。首先，使用NCBI
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2023-12-18 20:46:25
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# 使用Biopython获取蛋白序列的方案
Biopython是一个用于生物信息学的Python库，它提供了许多用于处理生物信息数据的功能。在这里，我们将使用Biopython来获取特定蛋白的序列。
## 问题描述
假设我们想要获取蛋白号为"Q14344"的蛋白序列，我们将通过Biopython来实现这个目标。
## 解决方案
### 1. 导入Biopython库
首先，我们需要导
原创
2024-02-21 07:14:50
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Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两端核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为sub
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2023-11-19 08:59:19
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Edman测序法是一种较早投入使用的测定多肽一级结构或序列的方法。20世纪中叶，人们已经知道蛋白质是由氨基酸组成的，但并不了解这些氨基酸是如何链接在一起的，是以相似残基的形式排列？还是随机混合在一起？又或者是其他组合方式？于是，科学家们设计了一系列的验证方法，很好地解决了这些疑惑：每个蛋白质都有其组成的氨基酸残基，它们以独特的顺序或序列线性排布。Sanger团队通过表征一系列由母体分子裂解产生的小
#建库
#全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"
#Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查的序列（称为query）在database中搜索，每一条query与database中的每一条subject都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。
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2023-07-06 10:58:41
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内建函数名（表达形式）主要作用备注abs(x)返回一个X值得绝对值(x=int/float/复数) all(iterable)如果 iterable 的所有元素均为 True（或 iterable 为空），则返回 True any(iterable)如果iterable中有任何一个元素为True，则返回True。如果iterable为空，则返回False ascii(
一，前言 之前关于GNN基础知识，GCN的一些编程知识，以及contact map的生成都讲了很多了，这周主要针对这份代码 https://github.com/595693085/DGraphDTA 进行分析。由于代码本身比较长，本周主要分析利用contact map提取蛋白质药物特征的部分。二，原码分析指定一下选中的cuda，载入模型，选择损失函数
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2024-07-08 15:59:55
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以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！ 大家经常在文献中看到非常好看的序列比对图，现在笔者将目前见过的最好看的序列比对图的作图方法作分享，希望对大家的科研工作有所帮助，效果图如下：1、在蛋白质数据、Genbank、Uniprot等数据库搜索得到蛋白质序列，本例分别采用PDB ID为3L3U和3OYA的蛋白质序列的A链作比对，并得到序列比对图；2、打开C
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2023-11-04 21:19:07
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SNP的概念和特点单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变
这次使用的是 biopython 中解析 blast 结果的功能，随着 blast 版本的不断更新， blast的输出结果的格式也在不断改变，所以这对于 biopython 解析 blast 的结果造成了很大影响，所以 biopython 中一般倾向于处理 xml 格式的 blast 输出结果，因为这种结果的格式一般不随 blast 版本的改变而改变。在进行 blast 的时候需要选择参数 -ou
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2023-07-07 23:10:27
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# Biopython与蛋白质序列一致性分析
在生物信息学领域，蛋白质序列的一致性分析是理解蛋白质结构和功能的重要步骤。通过比对不同物种或同一物种中不同个体的蛋白质序列，研究人员可以推测蛋白质的进化关系、功能保守性等。这一过程通常需要借助一些强大的生物信息学工具，其中Biopython作为一个非常流行的Python库，提供了丰富的功能来处理生物序列数据。
## 1. Biopython简介
### **使用Biopython进行限制科属的BLAST分析**
作为一名经验丰富的开发者，我将向你展示如何使用Biopython库进行限制科属的BLAST分析。Biopython是一个强大的生物信息学工具包，它提供了许多用于处理生物学数据的函数和类。在这篇文章中，我将指导你通过一系列步骤来实现这个任务。
#### **流程概述**
首先，让我们来看看整个流程的步骤。下面是一个简单的表格，
原创
2023-12-28 06:48:21
58阅读
# 使用 Biopython 进行蛋白序列一致性分析
Biopython 是一个强大的生物信息学库，提供了许多处理生物数据的功能。如果你想实现蛋白序列的一致性分析，本篇文章将引导你完成整个过程。下面我们将详细介绍每一个步骤，并用具体代码来说明。
## 整体流程
首先，我们需要明确实现蛋白序列一致性的流程，具体步骤如下：
| 步骤 | 描述
前文介绍了基序发现问题和中间字符串问题，本文给出了基序发现问题的具体算法和实现代码。基序发现问题的简单算法及伪代码前文《序列比对（19）基序发现和中间字符串问题》介绍了基序发现问题和中间字符串问题，本文将介绍基序发现问题的算法，并给出实现代码。简单回顾一下，基序发现问题其实就是要找到使得共有序列得分最大的一组起始位点。由于要遍历所有可能的起始位点，所以一种自然的想法是使用递归。但是为了配合后续的分
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2024-09-22 21:21:47
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# 如何实现“biopython蛋白链名”
## 整体流程
为了帮助你理解如何使用Biopython来获取蛋白链名，我将整个过程分解为几个步骤，并在下面的表格中展示每个步骤所需的操作：
| 步骤 | 操作 |
| ---- | ---- |
| 1 | 从NCBI获取蛋白链序列 |
| 2 | 解析蛋白链序列 |
| 3 | 获取蛋白链名 |
## 具体步骤
### 步骤1：从NCBI获
原创
2024-04-27 03:34:45
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blast所使用的query一般为基因等序列较长的对象，但有时候我们也需要使用短的query序列，比如使用引物作为query序列。这种时候使用一般的比对参数，比对不出结果的。这时候在比对时，加入以下参数就行：#参考#参考别人的文章一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。
针对这种短序列query，这三个选项是比较
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2023-11-29 10:46:42
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