内建函数名（表达形式）主要作用备注abs(x)返回一个X值得绝对值(x=int/float/复数) all(iterable)如果 iterable 的所有元素均为 True（或 iterable 为空），则返回 True any(iterable)如果iterable中有任何一个元素为True，则返回True。如果iterable为空，则返回False ascii(
NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ BioPython官方文档：https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/bioPython是生物信息领域用于基因序列比对的一个工具，在搭建本地化blast的时候很实用。 以下笔记内容是在开发过程中参考官方文档 第七章：BLAST 后的相关问题及解决记录。首先，使用NCBI
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2023-12-18 20:46:25
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教 程 目 录在本章中，我们将讨论Biopython提供的一些高级序列特征.补体和反向补体核苷酸序列可以是反向补充以获得新的序列.此外，补充序列可以反向补充以获得原始序列. Biopython提供了两种方法来实现这一功能 : 补充和反向补充.这个代码在下面和下面给出;>>> from Bio.Alphabet import IU
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2024-01-26 12:26:49
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这次使用的是 biopython 中解析 blast 结果的功能，随着 blast 版本的不断更新， blast的输出结果的格式也在不断改变，所以这对于 biopython 解析 blast 的结果造成了很大影响，所以 biopython 中一般倾向于处理 xml 格式的 blast 输出结果，因为这种结果的格式一般不随 blast 版本的改变而改变。在进行 blast 的时候需要选择参数 -ou
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2023-07-07 23:10:27
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### **使用Biopython进行限制科属的BLAST分析**
作为一名经验丰富的开发者，我将向你展示如何使用Biopython库进行限制科属的BLAST分析。Biopython是一个强大的生物信息学工具包，它提供了许多用于处理生物学数据的函数和类。在这篇文章中，我将指导你通过一系列步骤来实现这个任务。
#### **流程概述**
首先，让我们来看看整个流程的步骤。下面是一个简单的表格，
原创
2023-12-28 06:48:21
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offsetalignment Offset alignment by ORF start position
proteinaln2nucl Transform protein alignments to nucleotide alignments
result2repseq Get representative sequences from result DB
sortresult Sor
class Solution:
def diffWaysToCompute(self, expression):
# 如果只有数字，直接返回
if expression.isdigit(): # 判断是否都为数字
return [int(expression)]
res = []
for i,
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2023-06-21 23:10:16
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BioPython简介Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言，在计算机科学中日益流行。Python易学，语法明晰，并且能很容易的使用以C，C++或 者FORTRAN编写的模块实现扩展。Biopython官网(http://www.biopython.org)为
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2023-12-07 14:28:01
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文本处理textwrap：文本段落格式化re：正则表达式difflib：字符比较数据结构bisect 模块里实现了一个向列表插入元素时也会顺便排序的算法。struct — 二进制数据结构：用途：在 Python 基本数据类型和二进制数据之间进行转换。heapq – 堆排序算法：heapq 实现了适用于 Python 列表对象的最小堆排序算法。queue — 线程安全的 FIFO 队列：提供线程安全
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2023-11-28 15:54:37
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1. Blast （1）格式化数据库 主要参数： i 输入需要格式化的源数据库名称 p 文件类型，是核苷酸序列数据库（F nucleo
原创
2022-06-01 10:43:36
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Dash 是用于搭建响应式 Web 应用的 Python 开源库。Dash Bio 是面向生物信息学，且与 Dash 兼容的组件，它可以将生物信息学领域中常见的数据整合到 Dash 应用程序，以实现响应式的生物信息学数据可视化。安装pip install dash dash-bio截止 2019 年 10 月，dash-bio 在 PyPI 的最新版本为 0.1.3，dash 的最新版本为 1.3
Python认识 Python最新的版本为3.X的版本，也会是以后的方向，没有Python基础的建议在这个版本上进行学习，及时大量的公司使用Python2.X而且支持Python2.X的库很多，但是以后随着Python的更新，也会有越来越多Python3支持库。话不多说 1.Python3安装 官网就可以直接下载Python3的安装包，选择对应的操作系统即可，无脑安装next，但是切记要
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2024-02-22 12:21:52
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1. 序列读入与输出序列的读入与输出通过Bio.SeqIO模块实现，它旨在提供一个简单的接口，实现对各种不同格式序列文档进行统一的处理主要是基于对SeqRecord对象的操作，该对象包含一个 Seq 对象)和注释信息(如序列ID和描述信息)SeqRecord对象本质上就是一个字典：
Seq键：保存序列组成
ID键：保存序列ID
description键：保存序列的描述信息
……
1.1. 解析/读
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2024-01-24 15:35:20
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sudo apt-get install python-biopythonsudo apt-get install python-biopython-docsudo apt-get install python-biopython-sqlsudo apt-get build-dep python-biopython
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2010-10-23 22:41:00
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第2章 快速开始 —— 你能用Biopython做什么？¶此部分旨在能让你快速开始Biopython，并给你一个大概的了解什么可用以及如何使用它。此部分的所有例子都会假设你有Python的基础知识，并且前提是你已经在你系统上安装了Biopython。如果你认为你需要认真复习Python，主流的Python网站提供了相当多的免费文档，你可以从以下网站开始(http://www.python.org/
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2023-12-14 12:26:07
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Biopython入门1. 什么是Biopython？Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。 Biopython官网(http://www.biopython.org)为使用和研究生物信息学的开发者提供了一个在线资源库，包括模块、脚本以及一些基于Python的软件的网站链接。Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及类，从而使得Pytho
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2023-11-20 21:31:19
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# Python库BLAST：生物信息学中的序列比对工具
在生物信息学领域，序列比对是分析生物序列（如DNA、RNA或蛋白质）之间相似性的基本方法。BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是最常用的序列比对工具之一，它可以通过高效的算法在大规模数据集中寻找相似序列。为了简化使用BLAST的过程，Python社区开发了一些接口库，使用户能够通过简单的Pyth
原创
2024-08-18 04:11:45
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# Python BLAST算法
## 引言
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）算法是一种非常常用的生物信息学工具，用于在大规模数据库中搜索与查询序列相似的序列。它是基于局部比对的算法，可以高效地找到相似性较高的序列。
本文将介绍BLAST算法的原理及其在Python中的实现。我们将使用NCBI提供的BLAST+软件，并使用Biopython库来
原创
2024-02-02 04:09:41
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blast所使用的query一般为基因等序列较长的对象，但有时候我们也需要使用短的query序列，比如使用引物作为query序列。这种时候使用一般的比对参数，比对不出结果的。这时候在比对时，加入以下参数就行：#参考#参考别人的文章一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。
针对这种短序列query，这三个选项是比较
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2023-11-29 10:46:42
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文章目录公共模块下载和安装模块导入模块自定义模块 公共模块Python之所以强大，是因为极其活跃的Python开发社区无时无刻不有大神在开发和分享自己的大作，也就是所谓的模块，而我们只需要通过导入和使用这些模块即可。下载和安装模块第三方模块，一般需要通过Python的包/模块管理工具pip进行下载和安装，Python 2.7.9 + 或 Python 3.4+ 以上版本都自带 pip 工具，以安
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2023-12-14 10:42:44
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