生物信息学生物信息学——基础篇：一至三代测序技术 文章目录生物信息学一、一代测序二、二代测序三、三代测序四、总结 一、一代测序概述：一代测序（又称Sanger测序）。原理：Sanger测序利用一类特殊的核昔酸，即ddNTP (双脱氧核苷三磷酸)：这种核昔酸不能形成磷酸二酯键，故会中断DNA的延长。如果用同位素对ATCG四个碱基进行部分标记，电泳后通过放射显影就可以知道这4个碱基出现的位置。例如针对
一、功能分类：测序数据模拟二、软件官网：https://github.com/lh3/wgsim三、软件介绍:wgsim是一块用于高通量数据模拟的软件，whole genome simulation。这款软件可以模拟出illumina测序数据，并且可以自由调整测序reads的读长，插入片段大小以及错误率等，使用起来比较方便。模拟数据主要用于软件的测试与评估。例如对序列拼接软件的评估。因为模拟数据是
二代测序方法：DNA测序之靶向重测序1. 靶向重测序2. 靶向测序技术2.1 多重扩增子测序2.2 杂交捕获测序2.3 小结3. 杂交捕获测序数据质量评估4. 基于测序的基因分型方法5. 基于大型基因组(> 5 Mb)测序的基因分型6. 靶向基因测序6.1 靶向基因测序简介6.2 靶向基因测序的优势6.3 预设计的靶向基因panel6.4 定制靶向基因测序解决方案6.5 扩增子测序与目标富
学习目标 了解从 RNA 提取到获取基因表达矩阵， 既RNA-seq 分析的整个流程。 1. wor
学习目标了解从 RNA 提取到获取基因表达矩阵， 既RNA-seq 分析的整个流程。1. workflow进行差异表达基因分析的前提是，获取代表基因表达水平的矩阵。因此在进行分析前，必须知道基因表达矩阵是如何产生的。在本教程中，将会简要的介绍从原始测序读
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2023-07-31 18:01:40
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经过几十年的改进，第一代测序仪不仅在读长上有较大的突破，准确率高达99.999%，而且测定成本也大幅下降，达到每千碱基序列为0.5美元。但是，不管怎么改进，由于对电泳分离技术的依赖，第一代测序技术在速度和成本方面都已达到极限。在这种情况下，第二代测序技术（Next-generation sequencing）应运而生。 第二代测序技术的核心思想是边合成
高通量测序技术，就是二代测序，已经成为现代生物学研究的一个较为常规的实验手段。这一技术的发展极大地推动了基因组学，表观基因组学以及翻译组学的研究。RNA-seq 通过测定稳定状态下的RNA样品的序列来对RNA样品进行研究，从而避免了许多之前研究手段的不足，比如象基因芯片或者 PCR 就需要背景知识。而且 RNA-seq 还可以触及以前无法研究的领域，比如复杂结构的转录体。RNA-seq可以应用于以
第一代DNA测序技术在1975年，由Sanger等人开创，并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174)，全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用了不同策略的作图法、鸟枪法)，2001年完成的首个人类基因组图谱就是以改进了的Sanger法为其测序基础。一代测序的原理是首先在模板中分别加入A、T、G、C和四种ddNTP双脱氧核苷酸（加入ddNTP序列合成
## 重测序数据分析的流程
### 概述
重测序数据分析是对基因组或转录组测序数据进行处理和分析的过程。它包括数据质量控制、数据预处理、比对、变异检测和注释等步骤。下面我们来逐步介绍每一步的具体操作和代码。
### 流程图
```mermaid
flowchart TD
A[数据质量控制] --> B[数据预处理]
B --> C[比对]
C --> D[变异检测]
原创
2023-09-06 07:41:58
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测序数据拿回来之后，会给一些数据。那么这些数据代表什么呢？1. 原始数据（Raw data）：一次测序产生的全部原始数据。理论上，它们应该是没有经过任何过滤的，无论好坏。2. PF数据（PF data）：在测序过程中，Illumina内置软件根据每个测序片段（read，通常每个片段长100个碱基）前25个碱基的质量决定该read是保留还是抛弃。如果没有达到质控标准，则该read的全部碱基都被抛弃；
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2023-07-06 16:16:22
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每个测序样品的Raw Data包括两个FASTQ文件，分别包含所有cDNA片段两端测定的Reads。FASTQ格式文件示意图如下： FASTQ格式文件示意图注：FASTQ文件中通常每4行对应一个序列单元：第一行以@开头，后面接着序列标识（ID）以及其它可选的描述信息；第二行为碱基序列，即Reads；第三行以“+”开头，后面接着可选的描述信息；第四行为Reads每个碱基对应的质量打分编码，
目录0. 基础环境1. 质控trimmomaticfastqc2. 比对 & 比对后处理比对：bwa1）编译安装2）使用方法比对后：samtools/picard/gatk3. 变异识别（SNP/InDel）GATK4最佳实践_1：碱基质量分数校正（BQSR）GATK4最佳实践_2：Mutect2检测体细胞突变1）GATK最佳实践3_VQSR或hard-filtering4. 变异注释A
illumina和pacbio的基本原理就是改造碱基，每个碱基加上不同颜色的发光基团。测序的时候边合成边测序。和你的测序链ATGC配对完以后，配对合成好的碱基就把发光基团丢出去了，然后这个孔就会发出一个颜色的光，上面有个照相机不停地捕捉每个孔的光的颜色，就知道这个位置是什么碱基了。每条序列不停地被配对合成，碱基不断地丢出去发光基团，颜色连起来，就知道序列是什么样子了。一代测序也叫Sanger(双脱
宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理，这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前，我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解，宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集，这个环境可以是下水道，河流等自然环境，也可以是人体内肠道，口腔等体环境。而宏基因组中的生物往往指的是微生物，如真菌，细菌，病毒，古细菌。我们这里主要以肠道微生物为例，也
考虑这样一个问题，“如果要保证基因组上95%的区域其覆盖深度在30x以上的话，那么最低的平均测序深度应该是多少？”。 关于测序量的估计，对于做生物信息的人来讲应算是家常便饭了，多数时候我们都能直接根据以往项目的经验来获得，或是说的更具体些，在变异检测中一般要有25x以上的覆盖度才能得到一个比较靠谱的结果，于是以此为目的给出测序量的估计值；当然少数情况下也会有直接拍脑袋拍出一个值来的疯
# 重测序数据分析流程
## 引言
随着高通量测序技术的快速发展，重测序数据分析成为了生物信息学领域中的一个重要研究方向。重测序数据分析能够帮助研究人员揭示基因组、转录组和表观基因组的信息，对于理解生物学过程、疾病机制以及生物多样性等方面具有重要意义。本文将介绍常见的重测序数据分析流程，并提供代码示例以便读者更好地理解。
## 数据预处理
重测序数据分析的第一步是数据预处理。在这一步中，我们需
Frederick Sanger 是一位1918年出生于美国的生物化学家，曾经两度获得诺贝尔化学奖 。上世纪70年代末，他提出快速测定脱氧核糖核酸（DNA）序列的技术“双脱氧终止法”，也被称作“Sanger法”。早在2001年完成的人类基因组框图，采用的就是该方法。而且因准确率高，直到今天还在广泛使用，也被称为基因检测的金标准。下面我们来看看Sanger法是怎样测得基因序列的。Sanger ...
原创
2022-03-08 14:42:44
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RNA测序（RNA Sequencing，简称RNA-Seq，也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing，简称WTSS），是基于二代测序技术研究转录组学的方法，可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量。RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本、转录后修饰、基因融合、突变/SNP和基因表达随时间的变化，或在不同组中基因表达
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2023-07-31 17:27:29
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论文https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02244-4Ratatosk: hybrid error correction of long reads enables accurate variant calling and assemblyhttps://github.com/Decod
原创
2022-03-28 10:09:37
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已知达松维尔拟诺卡氏菌亚种是会导致人类放线菌瘤的环境生物，该样本是来自Keddieii血根杆菌DSM 10542的通用样品，旨通过基因组重测序探索其和参考基因组有何不同，找出基因组变异信息。1.需要的软件• 软件名：Aspera 版本号：4.0.2.38 • 软件名：sratoolkit 版本号：2.11.1 • 软件名：FastQC 版本号：0.11.7 • 软件名：Trimmomatic版本号
原理介绍篇前言最近正在学习如何处理高通量测序的数据，我认为要处理高通量测序数，那么对测序原理要有一个清晰的认识，本篇文章介绍了sanger测序，二代测序的测序原理1. sanger测序要了解二代测序的优势，以及进步在何处，我们需要认识旧的测序方式的缺陷，从而深刻理解二代测序。我们知道，在DNA合成时，是通过四个不同的碱基，按照模板链一一合成的， 而在sanger测序中，需要介绍一种特殊的碱基 ——
