qizok的博客_Python

python进行t检验和显著性水平评估

使用numpy和scipy进行统计检验，比如t检验或z检验

标准差

数据

统计

假设检验

scipy

原创 10月前 315 阅读

python读取table文件

有个table文件，有时候需要处理header ，可以用linecache 模块#!/usr/bin/env python # -*- coding: ascii -*- import linecache import fileinput import sys from collections

python

table

linecache

原创 2017-12-06 13:11:59 3921 阅读 1收藏

python Web开发的参考书

在网上找了一些感觉这几个还可以Web接口开发与自动化测试——基于Python语言Flask Web开发:基于Python的Web应用开发实战Python高效开发实战：Django、Tornado、Flask、TwistedPython项目开发实战HTML5移动平台的Java Web实用项目开发http://chenx1242.blog.51cto.com/10430133/1914949 http

Python

Web

Django

Flask

HTML5

原创 2017-04-12 22:18:35 1006 阅读 1收藏

python中的异常示例

最常见的异常就是文件打开时，找不到文件try: f = open(“file.txt”,”r”) except IOError, e: print e然后就是命名空间异常，也就是没有定义这个变量或对象try: &nb

python

Exception

try

异常

转载 2017-01-20 22:58:14 880 阅读

python Pandas 读取数据，写入文件

pandas 选取数据 iloc和 loc的用法不太一样，iloc是根据索引， loc是根据行的数值>>> import pandas as pd >>> import os >>> os.chdir("D:\\") >>> d =&nb

python number pandas

原创 2017-01-13 15:58:17 3083 阅读

python根据序列长度筛选序列，查找序列中指定碱基序列

先把所有的fasta 序列合并为一个文件cat *.fasta > result_all_Sequence.fasta筛选大于90bp的然后查找其中的GCATfrom glob import glob import os os.chdir("D:\\") file_in = open("result_all_Sequences.

python fasta 引物读取文件

原创 2016-12-25 12:02:14 5124 阅读

python生成20个随机的DNA fasta格式文件

生成20个随机的文件，由于没有用到hash名字，文件名有可能会重复每个文件中有30-50条序列每条序列的长度为70-120个碱基import os import random import string print (dir(string)) letter = string.ascii_letters os.chdir("D:\\

python 随机序列 DNA

原创 2016-12-25 11:33:45 4328 阅读

面向对象 Python的类介绍

python中定义类的方法很简单，用关键字class，其中可以包含函数用 def#!/usr/bin/env python # -*- coding:UTF-8 -*- class Test_N: """ class get a name an

python class 类静态方法

原创 2016-12-22 21:39:38 917 阅读

python中递归函数

递归函数即直接或间接地调用自身以进行循环的函数 def mySum(L): if not L: return 0 else: &nb

python 递归算法函数阶乘

原创 2016-12-03 16:02:18 1134 阅读

python的列表竟然可以与数字比较

在python 2 版本中出现>>> a = [3, 4, 5] >>> a >3 Truepython 3中该问题不出现

python 列表比较数值

原创 2016-11-29 19:11:50 2644 阅读

python 正则表达式匹配次数 findall 用法

python findall 正则表达式

原创 2016-11-22 13:39:00 10000+阅读

Python的argparse 模块示例

节选自 The Python Standard Library by Example中文版<python标准库示例>转载：http://blog.xiayf.cn/2013/03/30/argparse/argparse模块作为optparse的一个替代被添加到Python2.7。argparse的实现支持一些不易于添加到optparse以及要求向后不兼容API变化的特性，因

python

参数

标准库

argparse

library

转载精选 2016-11-09 09:42:41 1875 阅读 1收藏

Biopython根据ID或者根据序列去除重复项

from Bio import SeqIO import argparse records_new = SeqIO.parse(args.in_raw, "fasta") Pretreated_fa = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(args.input, "fasta"&

fastq fasta uniq 去重复

原创 2016-11-04 14:55:00 3277 阅读

python调用多进程执行

process可以理解为进程thread则是线程，今天主要看了关于进程的触发方法。之所以要多线程，个人理解有两个原因，1. 现在服务器的处理能力很强大，通过并发的方式可以充分利用CPU的计算能力，2. 通过控制并行运算的PID，可以避免运算过载... 因为有一些程序自身并不能有效的控制内存的使用，所以要限制这类程序的执行数量多进程运行使用了multiprocessing模块，而且最近发现使用mul

python

多进程

multiprocessing

转载精选 2016-11-04 08:58:16 1386 阅读

python读取大文件

python读取文件对各列进行索引可以用readlines，也可以用readline，如果是大文件一般就用readlined={} a_in = open("testfile.txt", "r") for line in a_in: columnssplit =

python 大数据 pandas 选择

转载精选 2016-08-16 14:32:39 2826 阅读

python中 for ... else ... 的用法

在<Effective Python:编写高质量Python代码的59个有效方法> 这本书中并不推荐用 for else语句因为它不符合编程语言的基本语法, 事实上这种语句更像是try: # ......except: # ......else: # ......f

python for 循环 find 字

原创 2016-08-15 16:51:04 1137 阅读

python any和all的用法, 可以查找某些字符串是否存在

有一个长字符串, 还有一个列表, 其中有一些短字符串查找长字符串是否包含列表中的某个字符串, 只要包含就返回True>>> x = ["aa", "bb", "cc", "dd", "ee", "ff"] >>> s = "ttcaceekktlffc"

python any all 查找字符串

原创 2016-08-10 11:12:44 3302 阅读

python matplotlib 绘制三次函数图像

安装的是anaconda, 其中包含了numpy, scipy, matplotlib 等科学计算包https://www.continuum.io/downloads在终端打开anaconda中的python/home/qi/anaconda/bin/python>>> from matplotlib import pyplot

python matplotlib 绘图

原创 2016-08-10 08:59:21 8083 阅读

python列出一个文件夹及其子目录的所有文件

>>> import os >>> for i in os.walk("."): ... print i[0],"\n##",i[1],"\n##",i[2] ... . &nb

python

遍历

os.path

os.walk

原创 2016-06-30 09:57:21 2651 阅读

Python的argparse 模块处理参数

import argparse USAGE = """ %prog -q phylogroup -o out_file, you shall provide the phyloname of query """ parser

python

参数

argparse

选项

输出

原创 2016-06-26 13:49:27 1381 阅读

numpy中矩阵转置

Python 2.7.11 (v2.7.11:6d1b6a68f775, Dec 5 2015, 20:32:19) [MSC v.1500 32 bit ( Intel)] on win32 Type "help", "copyrigh

python

transpose

转置

matrix

numpy

原创 2016-06-22 21:56:32 2826 阅读

python读取特定的行

fr = open(filename) for line in fr.readlines(): if line.startswith("#"): continue &nbs

python

linecache

readlines

原创 2016-06-22 16:30:36 1280 阅读

【51CTO学院三周年】编程成长感悟，基于R，Python和JAVA

这是我自己编程技能提升途径的总结，主要有以下三点：业务驱动，修炼技能合作需求，扩展技能个人兴趣，不为金钱，只为快乐和创造最近刚入职两个月，同样从事的是生物信息分析，之所以从事当前这个行业，原因在于读大学时几乎大多数的专家，高级知识分子都提出“21世纪是生命科学的世纪”，于是当时读的是生物科学专业。可是编程技能，在大学我掌握的只有C语言，而且对于C语言的指针感到一片茫然，当然这跟我当时

Python

入职啦

工程师

科研

生物信息

原创 2016-06-16 10:14:53 848 阅读 1点赞 1评论

python中的排列组合方法-itertools模块

>>> import itertools >>> perms = itertools.permutations(['r','e','d']) >>> perms <itertools.permutations object at 0x7fb0da

python

generator

itertools

转载精选 2016-05-16 11:30:10 1051 阅读

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R和Python应用

python进行t检验和显著性水平评估

python读取table文件

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python中的异常示例

python Pandas 读取数据，写入文件

python根据序列长度筛选序列，查找序列中指定碱基序列

python生成20个随机的DNA fasta格式文件

面向对象 Python的类介绍

python中递归函数

python的列表竟然可以与数字比较

python 正则表达式匹配次数 findall 用法

Python的argparse 模块示例

Biopython根据ID或者根据序列去除重复项

python调用多进程执行

python读取大文件

python中 for ... else ... 的用法

python any和all的用法, 可以查找某些字符串是否存在

python matplotlib 绘制三次函数图像

python列出一个文件夹及其子目录的所有文件

Python的argparse 模块处理参数

numpy中矩阵转置

python读取特定的行

【51CTO学院三周年】编程成长感悟，基于R，Python和JAVA

python中的排列组合方法-itertools模块