德布鲁因图在微生物组研究中的应用Applications of de Bruijn graphs in microbiome researchDOI: https://doi.org/10.1002/imt2.4发表日期：2022年3月1日第一作者: Keith Dufault‐Thompson通讯作者：Xiaofang Jiang(江晓芳)(xiaofang.jiang@nih.gov)主要单位
通过肠道菌群解析人类对高原饮食的适应性Gut microbiota insights into human adaption to high-plateau dietDOI：https://doi.org/10.1002/imt2.6发表日期：2022年2月24日第一作者: Yina Huang(黄益娜)1, Jinxin Liu(刘金鑫)2通讯作者：Mingfu Wang(王明福)(mfwang
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最近大量跑chip-seq，看到一篇2016Cell的文章《Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape》感觉图3好惊艳。找了下材料和方法，发现是一个叫MotifStack（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/motifSt
SIFT 用计算机替代人预测复杂事件的影响，是我们这个时代最令人兴奋的科学进展之一。SIFT就是这样一个应用于基因组学研究基因组变异，主要是...
导读嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）技术是一种新兴的抗肿瘤细胞免疫疗法。通常CAR-T细胞治疗只需一次给药，就可以通过高效识别进而杀死肿瘤细胞，从而显著延长患者的生存时间，甚至治愈部分患者。因此，CAR-T治疗成为备受瞩目的创新肿瘤疗法。2021年6月，复星凯特公司开发的阿基仑赛注射液获得国家药品监督管理局（NMPA）批准，成为在我国首个上市的CAR-T产品。随后，药明巨诺公司开发的CAR-T新产
Github来源：https://github.com/cmdcolin/awesome-genome-visualization配套网页：https://cmdcolin.github.io/awesome-genome-visualization/?latest=true工具名称、下载链接、文献、编程语言、运行平台如下Ideogram viewerhttps://bioinformatics.
从公共数据库中下载基因组或外显子组数据，一般需注意以下几项：1. 使用权限2. 物种及参考基因组版本3. 数据来源及引用：GEO、千人基因组计划等4. 表型：种族、健康状况、性别、年龄和家系信息5. 数据类型：遗传变异、体细胞变异；SNV、InDel或SNV；基因芯片或测序（测序仪、单双端及读长）6. 文件类型：fastq、bam、vcf或gvcf国际千人基因组计划项目起始。人类基因组计
本篇推文就不介绍为什么需要学R了，你能打开这篇文章，说明你有学习R的想法或者正在学习R的路上。今天简单介绍下R语言的学习路线以及R学习资源汇总。下面涉及到的R语言书籍我打包了PDF文件，有需要的在本公众号后台回复20210112即可免费获取，整理不易，伸手党勿扰。1. R基础入门学习R语言的最好方法就是在实践中学习，多多动手，多码代码，这个最重要。纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行。刚开始学习R语言，
生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。下面再分析5个我们承建发表的数据库，3篇NAR，一篇BIB，一篇Nature protocols，总计影响因子71，以飨读者。中医药方剂的数据库，收录方剂、药材、靶点、疾病、通路等信息，网站古色古香，设计精美，交互探索，网络大气，高颜值是很好的敲门砖，于2018年发表于NAR杂志。表格展示太枯燥，关键
编译|王建民中国的新锐公司和IT巨头希望将中国的人工智能能力转化为世界领先的药物创新，他们是否比西方企业更有优势发现新范式。就在上个...
导 读clusterProfiler4.0同步支持最新版GO和KEGG数据，支持数千物种的功能分析，应对不同来源的基因功能注释（如cell markers, COVID-19等）提供了通用...
第八届“数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛--特别云论坛一、会议简介 “数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛旨在加强从事 “数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学...
欢迎来到Python的世界，本教程将带你遨游Python，领悟Python的魅力。本教程专注于帮助初学者，尤其是生物信息分析人员快速学会Python的常用功能和使用方式，因此只精选了部分...
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真依然很拉风文章总结了多种数据可视化图形，并简要介绍了各种图形的作用，能为科研工作者在数据可视化阶段提供新的思路，在此分享给大家。（略有修改和补充，蓝色的字可点击跳转查看对应图形怎么在R中绘制）原文如下 ：首先从维基百科上搬出数据可视化的概念：数据可视化是关于数据之视觉表现形式的研究；其中，这种数据的视觉表现形式被定义为一种以某种概要形式抽提出来的信息，包括相应信息单位的各种属性和变量。用人话简单
摘要本文基于大量自身研究，对带屌丝属性的理工男的本硕博十年大学生活进行了全面总结，涵盖了体重变化、情感经历
之前给大家推荐过教育部首批490门“国家精品在线开放课程”，里面很多跟生物相关的免费经典课程。除！！！...
WGCNA基本概念加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，可以用来鉴定高度协同变化的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。相比于只关注差异表达的基因，WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因
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「超级云讲堂第61期」指导单位：中国计算机学会高性能计算专业委员会主办单位：北京超级云计算中
本教程相关代码已经上传至 https://github.com/iMetaScience/iMetaPlot/tree/main/221125HeatmapOfAbundance如果你使用本代码，请引用： Dingfeng Wu et al. 2022. Targeting keystone species helps restore the dysbiosis of buty
(2022-09-21)已更正、更新完毕，本篇仅作最后的归档 为什么有关人群频率的推文总是写一篇、再更新一篇？ 1. 每个库的文件太大，初次测试好的程序经常要运行数个小时后才能看到
为推动我国生物信息学的学科发展和创新研究，充分展示和宣传我国生物信息学领域的重大研究成果，《基因组蛋白质组与生物信息
图解机器学习实战以案例和代码驱动的方式，展示机器学习算法的应用流程&链条各环节，掌握构建场景建模解决方案并进行效果调优的能力
为了了解基因组序列如何影响多尺度三维(3D)基因组结构，本手稿提出了一种基于序列的深度学习方法 Orca，该方法可以直接从序列中预应用，包括预测...
是什么定义了微生物的栖息地 - 生态位？它是温度、湿度和营养成分等环境因素的组合。很难预测每一个因素的确切贡献度。Bas E. Dutilh研
七年来泛生子基因终于成长为“抵抗癌症”的行业航母心底的那份使命让我们携手再启航享学习有管理和专业双线的晋升...
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