大家好,我是小马老师。
本文介绍lammps不同原子类型(atom_style)对应的data文件格式,以及不同原子类型之间data的相互转换方法。
在lammps模拟中,不同的模拟体系对原子类型有一定的要求,最常用的原子类型是atomic、charge、full类型。
聚合物原子有键连接,对应full类型,如果采用反应势(reaxff),对应原子类型为charge类型,对于金属体系,相对比较简单,仅需要原子坐标即可,对应atomic类型。
不同atom_style对应的data文件格式不同,下面分别介绍这三种原子类型对应的data文件格式。
1.full类型
full类型的原子类型包含的原子信息如下图所示:
full类型对应的原子信息分别为:atom-ID molecule-ID atom-type q x y z nx ny nz,最后1列#C为注释,作用是注释该行原子的类型。
nx、ny、nz为可选项,主要用于周期性原子的定位,没有这三列不影响lammps计算。
2.charge类型
charge类型对应的原子信息如下:
原子信息主要包括:atom-ID atom-type q x y z,与full相比,charge类型不需要分子信息。
3.atomic类型
atomic类型原子信息如下图所示:
atomic所需要的原子信息非常少,仅需要atom-ID atom-type x y z这5列信息即可。
4.不同类型data转换方法
根据以上原子信息列表,可以很方便的在不同的类型直接进行转换。
如full类型转为charge类型,删除第二列分子ID和nx、ny、nz列即可。
full类型转换为atomic类型,需要删除第二列分子ID、第四列电荷以及nx、ny、nz即可。
反之需要补充相关列信息。
data文件虽然看起来比较复杂,只要理解了data文件书写规则,在编写in文件时就可以得心应手。
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