大家好,我是小马老师。

本文介绍如何使用lammps命令计算单原子的体积。

lammps提供了compute voronoi/atom命令计算单原子体积。

基本原理可参考voronoi算法,根据voronoi算法,把单个原子所占据的空间划分为一个多边形,也称为泰森多边形,多边形的体积即为该原子的体积。

命令例句:

compute 1 all voronoi/atom

该例句共输出两个计算结果,第一个结果为单原子的体积,第二个结果为该原子多面体的面数,也可以理解为相邻原子的数目。

因此,引用单原子体积时,直接使用c_1[1]即可。

原子体积的单位为距离单位的立方,如A3。

配合compute stress命令就可以计算并输出单原子应力:

compute   1 all stress/atom NULL
compute 2 all voronoi/atom
variable stressx atom c_1[1]/c_2[1]
dump 1 all custom 1000 dump.xyz id type x y z v_stressx

公众号:lammps加油站