lammps模拟输出单个原子的能量

大家好，我是小马老师。
本文介绍lammps输出单个原子总能量的方法。
能量的计算与输出相对比较简单，本来没有写本文的计划，但最近有几个学员咨询到相关的问题，想想还是写出来吧，万一哪天能用的上呢。
在lammps模拟中，单个原子量的计算主要通过compute **/atom类的命令实现。
只要是带有atom关键词的compute命令，基本都是计算单个原子的量，总共41个计算命令，功能已经比较全面，但是没有单个原子总能量的计算命令。
虽然lammps没有提供总能量的计算方法，但是提供了势能和动能的计算命令。
只要计算出动能和势能，求和即可得到总能量。
原子的总能量=动能+势能
代码如下：

#计算单个原子的动能
compute Ke_atom all ke/atom
#计算单个原子的势能
compute Pe_atom all pe/atom
#求和得到总能量
variable E_total atom c_Ke_atom+c_Pe_atom

注意，variable命令中不能用equal，必须用atom关键词，否则会提示错误。
equal对应标量，atom对应矢量，因为每一个原子具有一个势能或者动能值，所以此处的能量均为矢量。
单个原子量的输出需要用dump命令：

dump 1 all custom 100 npt.xyz id type x y z v_E_total

原子能量值保存到轨迹文件中，用ovito就可以显示原子总能量云图：

公众号：lammps加油站