KeepLearningAI的博客_adam

ADAM学习之4集群安装（未成功）

ADAM学习之4集群安装（未成功）1.基本： $ git clone https://github.com/bigdatagenomics/adam.git $ cd adam $ export MAVEN_OPTS="-Xmx512m -XX:MaxPermSize=256m" 2.安装maven 3.配置pom.xml 可能要启动 4.$ mvn clean package -DskipTes

scala

adam

spark

JAVA

hadoop

原创 2023-01-04 11:06:07 32 阅读

Adam学习9之对GRCH38的fna文件进行统计操作

第三种方法和第二种方法可以顺利执行，统计出来GRCH38（GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna）的信息：fq0.count:45850077 Method 3=> Length:321202 sum3:3.209457

Adam学习8之对GRCH38的fna文

scala

spark

apache

原创 2023-01-04 11:01:20 65 阅读

Adam学习10之集群节点的内存对运行时间的影响

问题：将单节点的内存从512M加到4096M时运行时间不减少反而增加，不解，待解决。是不是单个测试用例的偶然性？hadoop@Master:~/cloud/testByXubo/spark/hs38DH/package$ ./cluster.sh fq0.count:105887

Adam学习10之集群节点的内存对运行时

hadoop

spark

待解决

原创 2023-01-04 11:01:05 33 阅读

Adam学习1之环境搭建（含window下eclipse配置）

Adam环境搭建（含window下eclipse配置）环境：集群：Ubuntu14.04 +Spark 1.5.2 +

spark

scala

eclipse

adam

hadoop

原创 2023-01-04 11:00:18 37 阅读

Adam学习之6代码解读kmer.scala（附源码）

Adam学习之6源码解读kmer.scala代码：package testAdamimport org.apache.spark._import

ci

ide

hdfs

原创 2023-01-04 11:00:08 26 阅读

Adam学习11之Adam2.10-0.19搭建问题解决

Adam学习11之Adam2.10-0.19搭建问题解决From：https://github.com/bigdatagenomic

Adam学习11之Adam2.10-0.

git

maven

Memory

原创 2023-01-04 10:58:50 55 阅读

Adam学习24之MarkDuplicatesSuite修改后有问题

sparkTest("test score") { val poorClippedReads = for (i <- 0 until 5) yield { createMapp

Adam

scala

ci

spark

原创 2023-01-04 10:58:37 34 阅读

Adam学习12之loadFasta中的Fragment参数配置

1.fragment 为10000：val fq1 = ac.loadFasta(file1, 10000)：hadoop@Master:~/cloud/testByXubo/spark/GRCH38$ ./cluster.sh fq0.count:45850077

Adam学习12之loadFasta中的

hadoop

spark

jar

原创 2023-01-04 10:58:37 717 阅读

Adam学习2之adam-shell使用

scala

spark

adam

hadoop

原创 2023-01-04 10:58:08 65 阅读

Adam学习3之ADAMContext类没有找到

scala

spark

adam

java

jar

原创 2023-01-04 10:57:58 40 阅读

Adam学习之7代码kmer.scala完善（统计和SaveAsFile）

Adam学习之7代码kmer.scala完

spark

adam

scala

hadoop

apache

原创 2023-01-04 10:57:46 102 阅读

Adam学习8之数据获取

Adam学习8之数据获取：例如：NA21144和NA12878 ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data_collections/1000_genomes_project/data/GIH/NA21144ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data_collections/1000_genomes_project/data/C

adam

scala

spark

数据获取

原创 2023-01-04 10:57:28 69 阅读

Adam学习23之adamSortReadsByReferencePosition源码分析

对已经匹配或者没有匹配的reads进行排序源码： def adamSortReadsByReferencePosition(): RDD[AlignmentRecord] = SortReads.time { log.info("Sorting reads by reference position") // NOTE: In order to keep unmapped reads

Adam

源码

ci

spark

ico

原创 2023-01-04 10:57:15 47 阅读

Adam学习14之Fasta在Adam中的初始存储格式NucleotideContigFragment

Adam学习14之Fasta在Adam中

ide

Nu

github

原创 2023-01-04 10:57:14 73 阅读

Adam学习15之Fastq在Adam中的初始存储格式AlignmentRecord

1.参考2中提高了具体的，cp过来：{"readNum": null, "contig": null, "start": null, "oldPCTCGC

Adam学习15之Fastq在Adam中

ci

github

spark

原创 2023-01-04 10:57:07 47 阅读

Adam学习17之在window下直接使用maven对Adam进行编译打包

安装Adam——2.10-0.191.配置基本环境：jdk1.7scala-2.10.4maven 3.3.9查看版本：D:\all\eclipse432\adam-2.10-0.19-git-bin\adam-2.10-0.19-git>javac -versionjavac 1.7.0_25D:\all\eclipse432\adam-2

Adam学习17之在window下进行编

window下进行编译安装

maven

apache

scala

原创 2023-01-04 10:56:39 54 阅读

Adam学习25之读取sam生成的alignmentRecord含recordGroupDictionary

Adam学习25之读取sam生成的alignmentRecord含recordGroupDictionary1.代码：package org

avocado

5e

ci

java

原创 2023-01-04 10:55:49 44 阅读

Adam学习16之SAM/BAM在Adam中的初始存储格式AlignmentRecord

1.SAM/BAM和Fastq一样的Avro，不详细就写了2，数据：{"readNum": 0, "contig": {"contigName": "chrU

ci

数据

原创 2023-01-04 10:55:00 66 阅读

Adam学习19之在window下eclipse的mvn test

结果为：[INFO] Scanning for projects...[INFO] ------------------------------------------------

Adam

scala

maven

4s

原创 2023-01-04 10:54:47 47 阅读

Adam学习13之Fasta/Fastq/SAM/BAM文件格式数据读取

0.代码（读取方法）：package org.bdge

ci

spark

apache

原创 2023-01-04 10:54:46 147 阅读

Adam学习18之在window下用eclipse中的maven插件进行编译打包

之前老在eclipse下无法用maven编译成功，在直接使用maven时候（参考【1】）就可

Adam学习17之在window下用ec

eclipse中的maven插件进行编译

scala

maven

git

原创 2023-01-04 10:54:33 152 阅读

Adam学习21之在Ubuntu下编译安装记录

环境: adam-2.10.0.19 clean package test install1.Ubuntu下对adam进行mvn clean package -DskipTestsxubo

ubuntu

scala

maven

git

原创 2023-01-04 10:54:20 107 阅读

Adam学习22之在window下使用idea的maven编译安装记录

编译时adam-cli会报错，git目录找不到

idea

adam

scala

maven

4s

原创 2023-01-04 10:53:53 273 阅读

Adam学习20之在window下idea中使用maven进行clean

adam-2.10-0.19在开始用idea编译有问题，主要是adam-core和adam-cli中的pom中引进的

adam

maven

ide

apache

原创 2023-01-04 10:53:37 48 阅读

Adam学习27之序列化问题解决办法

1.问题：1.1 描述当读入fastq文件后，需要进行转换，比如collect或者读取属性，会出现没有

Adam

序列化

spark

scala

apache

原创 2023-01-04 10:52:57 42 阅读

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Adam学习8之数据获取

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Adam学习14之Fasta在Adam中的初始存储格式NucleotideContigFragment

Adam学习15之Fastq在Adam中的初始存储格式AlignmentRecord

Adam学习17之在window下直接使用maven对Adam进行编译打包

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Adam学习19之在window下eclipse的mvn test

Adam学习13之Fasta/Fastq/SAM/BAM文件格式数据读取

Adam学习18之在window下用eclipse中的maven插件进行编译打包

Adam学习21之在Ubuntu下编译安装记录

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