第三种方法和第二种方法可以顺利执行，统计出来GRCH38（GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna）的信息：fq0.count:45850077 Method 3=> Length:321202 sum3:3.209457
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2023-01-04 11:01:20
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# 读取grch38数据的步骤
## 1. 下载grch38数据
首先，你需要下载grch38数据，这是当前最新的人类基因组数据。你可以从NCBI网站下载该数据。以下是下载grch38数据的步骤：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 步骤 1 | 打开NCBI网站 |
| 步骤 2 | 在搜索栏中输入"grch38" |
| 步骤 3 | 选择正确的grch38版本并下载
环境：ubuntu 14.04内存 6Gbwa 0.7.12结论：建立索引大概4500秒左右节点2运
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2023-01-04 10:58:28
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1.获取开始和结束行号cat GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna |grep -i -n '>'2.提取
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2023-01-04 11:03:04
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首先描述一下这次遇到的问题：EXCEL中的日期显示格式为“年月日时分秒”，但直接使用openxlsx包中的read.xlsx函数读入时，该格式会自动转为数值，如：在excel中:在R中：此时数据不能用于计算时间差和日期差等，因此要转为正常的日期格式方可进行计算。解决方案有两种：方案1：加载readxl包，使用其中的read_excel()函数，可直接将日期型数据按照excel中的日期显
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2023-08-01 20:41:00
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数据源：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA_000001405.15_GRCh38/seqs_for_alignment_pipelines.ucsc_ids/GCA_000001405.15_GRCh38_full_analysis_set.fna.gz可以用ftp或者wget解压：gzip -d GCA_000001405.1
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2023-01-04 10:59:45
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Adam学习8之数据获取：例如：NA21144和NA12878 ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data_collections/1000_genomes_project/data/GIH/NA21144ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/data_collections/1000_genomes_project/data/C
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2023-01-04 10:57:28
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更多代码请见：https://github.com/xubo245/SparkLearning Adam学习2之adam-shell使用 环境： 集群：Ubuntu14.04 +Spark 1.5.2 +scala2.10 //本地：window7 64 +eclipse4.3.2+scala2.10.4 代码：import org.bdgenomics.adam.rdd.ADAMCo
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2023-01-04 10:58:08
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1.参考2中提高了具体的，cp过来：{"readNum": null, "contig": null, "start": null, "oldPCTCGC
原创
2023-01-04 10:57:07
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更多Adam学习代码等资料请见：https://github.com/xubo245/AdamLearning1.Fasta格
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2023-01-04 10:57:14
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1.从cloud/adam移出到xubo/ref:hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/test201603
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2023-01-04 10:51:46
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问题：将单节点的内存从512M加到4096M时运行时间不减少反而增加，不解，待解决。是不是单个测试用例的偶然性？hadoop@Master:~/cloud/testByXubo/spark/hs38DH/package$ ./cluster.sh fq0.count:105887
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2023-01-04 11:01:05
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G 代码解释|最重要的 G 代码命令列表如果您的工作或爱好与CNC机器或3D打印机相关，那么了解G代码是什么以及它是如何工作的对您来说至关重要。因此，在本教程中，我们将学习G代码语言的基础知识，什么是最重要或最常见的G代码命令，我们将解释它们的工作原理。什么是 G 代码？G代码是CNC（计算机数控）机床的编程语言。G代码代表“几何代码”。我们使用这种语言来告诉机器该做什么或如何做某事。G代码命令指
对已经匹配或者没有匹配的reads进行排序源码： def adamSortReadsByReferencePosition(): RDD[AlignmentRecord] = SortReads.time { log.info("Sorting reads by reference position") // NOTE: In order to keep unmapped reads
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2023-01-04 10:57:15
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1.SAM/BAM和Fastq一样的Avro，不详细就写了2，数据：{"readNum": 0, "contig": {"contigName": "chrU
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2023-01-04 10:55:00
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第一次写知乎文章，有什么纰漏请大家多多包涵。这篇文章是想要介绍我去年暑假在商汤研究院做的新优化器，取名为AdaX，文章链接和代码链接如下，欢迎大家指正！ AdaX: Adaptive Gradient Descent with Exponential Long Term Memoryarxiv.org https://github.com/switchablenorms/adax
安装Adam——2.10-0.191.配置基本环境：jdk1.7scala-2.10.4maven 3.3.9查看版本：D:\all\eclipse432\adam-2.10-0.19-git-bin\adam-2.10-0.19-git>javac -versionjavac 1.7.0_25D:\all\eclipse432\adam-2
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2023-01-04 10:56:39
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# 深度学习 Adam
在深度学习中，优化算法是一项重要的工具，用于调整神经网络中的参数以使其更好地拟合训练数据。Adam（Adaptive Moment Estimation）是一种常用的优化算法之一，它结合了AdaGrad和RMSProp两种算法的优点，被广泛应用于深度学习中。
## Adam算法原理
Adam算法的核心思想是通过估计梯度的一阶矩和二阶矩来自适应地调整学习率。具体而言，A
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2023-09-12 11:31:48
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lambda表达式(匿名函数表达式)
作用：创建一个匿名函数对象。同def类似，但不提供函数名。
语法：lambda [形参1，形参2,...] : 表达式
语法说明
lambda 只是一个表达式，它用来创建一个函数对象。
当lambda表达式调用时，先执行冒号后的表达式，并返回表达式的结果的引用。
lambda 表达式创建的函数只能包含一条表达式。
lambda 表达式比函数简单，且可以随时创建
参考：
https://zhuanlan.zhihu.com/p/32262540
1.改进Adam的方法：前期用Adam，享受Adam快速收敛的优势；后期切换到SGD，慢慢寻找最优解。这一方法以前也被研究者们用到，不过主要是根据经验来选择切换的时机和切换后的学习率。Adam+SGD—>AMSGrad
2.虽然Adam算法目前成为主流的优化算法，不过在很多领域里（如计算机视觉的对象识别
