总结一下：批量的事情要想到写for循环如果特殊情况要处理，要用if语句偷懒并行化请用future.apply心里很高兴，因为这是我学习生信后做的第一件像样的事，解决了我心里多年的麻烦。当时，正常运行20000个基因要花费50分钟。但是，今天，我10s钟就实现了。事情的经过是这样的。 首先我们加载生存数据,也可以通过上次那个帖子来准备rm(list = ls())
library(survival)
# R语言如何提取部分基因结果
## 问题描述
假设我们有一个包含基因表达数据的数据框，并且我们想要从中提取特定基因的表达结果。具体而言，我们希望根据基因的名称来提取表达值，并将结果存储在一个新的数据框中。
## 解决方案
为了解决这个问题，我们可以使用R语言中的数据框操作和条件筛选功能。下面是一个详细的解决方案，包含代码示例。
### 步骤一：加载数据
首先，我们需要加载包含基因表达
GEO芯片数据下载和探针ID转换（保姆级教程）一、问题描述探针ID转换数据是否预处理过二、Rstudio的安装（建议阅读，避免后续转换时出错）安装包的下载安装步骤三、（正文）芯片数据下载和ID转换相关设置和包的加载数据下载 本文章主要参考了： ①R 语言的安装（详细教程） ②GEO芯片数据下载和探针ID转换一、问题描述探针ID转换我们需要的基因表达量信息在NCBI的GEO数据库中对应的编号为GS
## 如何用R语言提取差异基因中的部分基因
在生物学研究中，差异基因分析是一项非常重要的工作。通过比较不同组织或条件下基因表达的差异，可以揭示生物体内的生物学过程。然而，差异基因分析通常会产生大量的基因列表，为了更好地理解这些基因的功能和作用，我们常常需要对这些基因进行进一步的筛选和分析。
本文将介绍如何使用R语言对差异基因中的部分基因进行提取和分析。我们将以一个实际的案例来说明这个过程。
在数据分析过程中离不开表格，通常使用Excel来做数据分析，行和列用来存放不同的数据，表格能清晰直观的展示数据，而且可以将多张表组合联系起来，这种不约而同的规范也同样适用于R语言。R语言中的数据框（DataFrame）是一种非常重要的数据结构，用于存储和处理表格数据。数据框类似于一个表格，其中包含行和列，每列可以包含不同类型的数据（如数字、字符或因子），但同一列中的所有数据必须是相同类型。数据框的
在线绘制线粒体基因组圈图在线的作图小网站——云图图（https://www.cloudtutu.com/#/index，免费的哦~）可以画线粒体基因组圈图！！！操作步骤如下： ①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器） ②输入用户名和密码（小编已经为大家填好了，如果不显示可添加文末二维码添加小编获取），输入验证码后即可登录，无需注
据今年3月份发布在ResearchSquare的一项研究，佛罗里达的科学家使用CUT&RUN技术，建立了眼球晶状体中HIF1α结合位点的全基因组图。我们知道，基因表达可以通过许多不同的机制进行调节，包括转录因子、组蛋白和其他DNA结合蛋白。绘制出DNA和蛋白质之间的相互作用图谱，对于理解基因激活或抑制以及其他细胞过程至关重要。传统上，可以通过进行染色质免疫沉淀和测序(ChIP-seq)来分
最近学习了一下基因组的拼接原理，以下是我的学习笔记和一些思考。基因组的拼接原理是高通量测序技术的基础知识吧，我个人认为即使不做基 因组拼接工作，也可以学习一下几个主流拼接软件的算法和原理。我主要是学习了两个网上教程，其教程出处为https://github.com/ TGAC/361Division/tree/master/de_novo_2016和https://github.com/ lexn
# 从数据中提取每个基因进行分析
## 1. 整个流程
```mermaid
journey
title 从数据中提取每个基因进行分析
section 开始
开发者->小白: 了解需求
section 数据准备
小白->开发者: 数据收集
小白->开发者: 数据清洗
section 数据处理
小白-
本周四（11月4日）下午三点，Molecular Plant 和Plant Communications 联合启动MPlant在线讲座—2021前沿技术系列，邀请了华南农业大学的夏瑞教授和陈程杰老师在线讲解了生物信息学工具TBtools的开发历程、主要功能、新的插件等内容并进行了应用演示。本次讲座吸引了一千三百多人在线参加和讨论，反响十分热烈。本次讲座视频录播已上传至bilibili网站，供大家在
人类基因组DNA有30亿个碱基（bp），其中10%是串联重复序列，称为卫星DNA。按重复单位的长短，又可分为大卫星、中卫星、小卫星和微卫星。STR: 短串联重复序列（short tandem repeats，STR）也称微卫星DNA（microsatellite DNA）, 通常是基因组中由1~6个碱基单元组成的一段DNA重复序列。STR序列符合孟德尔遗传定律，个体间存在相同的短串联重复序列，但重
代码逐句分析一、文章来源二、基因共表达网络构建及模块识别1.数据导入、清洗及预处理2.检查过度缺失值和离群样本3.聚类做离群样本检测4.载入临床特征数据三、自动构建网络及识别模块1.确定合适的软阈值：网络拓扑分析2.一步构建网络和识别模块 一、文章来源初学WGCNA，觉得博主的代码写的很不错，但其中很多代码在第一遍看的时候有很多地方不理解，后查阅了很多资料，终于看明白了，于是写了一篇笔记，记录自
目录简介安装annotatr包使用annotatr进行注释CpG注释基因注释自定义注释读取基因组区域注释区域 简介下一代测序实验和生物信息学管道产生的基因组区域在注释基因组特征时更有意义。出现在外显子或增强子中的SNP可能比出现在基因间区域的SNP更令人感兴趣。有趣的是，我们发现一种特定的转录因子主要结合在启动子中，而另一种转录因子主要结合在3’非翻译区。含有CpG岛的启动子的超甲基化可能表明一
本次课程内容为欧易生物线上公开课内容，现讲主讲内容笔记进行一个梳理总结细菌全基因组简介
1.1细菌与科学研究
研究对象：病原菌、环境细菌、工业菌研究方向： 细菌全基因组研究
定义：对细菌所有基因进行核苷酸测序，了解个体的基因结构基础，研究单个基因或多个基因的作用、功能以及他们间的相互作用研究内容和相应分析：
结构基因组学 ：基因组序列的测定功能基因组学：
基因表达谱热图的绘制1.数据的获取–从NCBI数据库下载基因表达谱数据 2.数据整理–将所有下载的基因表达谱数据放在一个Excel里，如下再转成文本文档（grain2.txt)。 3.R语言绘制热图（直接复制>后的代码）getwd() 查看当前工作目录 setwd("D:/1-R/myfile/file4")将工作目录设为grain2文本所在文件夹
install.packages(‘ph
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2023-06-20 14:47:20
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欢迎关注”生信修炼手册”!在之前的文章中，我们分享了多个基因差异分析的可视化，使用的是ggpubr这个R包，ggpubr在标记p值时，可以根据指定的差异分组自动添加组间的连线，非常方便，但是无法指定添加的p值的位置，在某些时候会缺乏灵活性，今天要介绍的是另外一个R包ggsignif，其帮助手册链接如下https://cran.r-project.org/web/packages/ggsignif/
# 如何在R语言中实现关联基因分析
## 概述
在生物信息学中，关联基因分析是一种用来探索基因与特定表型之间的关联性的方法。在R语言中，我们可以通过一系列的步骤来实现关联基因分析。在本文中，我将向你介绍如何利用R语言进行关联基因分析，并给出相应的代码示例。
## 流程
以下是实现关联基因分析的流程：
```mermaid
pie
title 关联基因分析流程
"数据准备" :
本文作者蒋刘一琦，自嘲是一个有艺术追求的生信狗，毕业于浙江大学生物信息学专业，目前在复旦大学就读研究生，研究方向为宏基因组。在生物信息领域我们常常使用 R 语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同 R 包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。
什么是热图(Heatmap) 热图是一个以颜色变化来显示数
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2023-07-16 16:32:24
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文章目录宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用写在前面背景研究方法病料收集与反饲文库构建基因组组装基因组注释研究结果Reference作者简介猜你喜欢写在后面 宏基因组测序在新发腹泻病毒鉴定中的应用撰文：李杰 常熟理工学院生物与食品工程学院 责编：刘永鑫 中科院遗传发育所写在前面发现和鉴定新病毒以及确定新病毒与疾病的关系是预防、诊断和治疗新发病毒性传染病的首要任务。高通量测序技术突破了传统技术方
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2023-08-24 01:15:46
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作业要求：使用R语言，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。基本任务是得到差异分析结果，进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点。 【1】安装DESeq21 # 下面是在R语言中操作
2 # 载入安装工具
3 > source("http://bioconductor.org/biocLit
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2023-07-09 17:04:59
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