特定细胞的质控，这个一般需要通过特定的样品进行分析，比如PBMC细胞中不能含有血红蛋白基因高表达的细胞，血
根据pubmed给我推送的前17篇 IF>20 "Single cell" 相关文献记录，我将它们按照“期刊-题目-主要内容”格式整理，并分为大数据、机制研究和其他三类：《图代码-微信公众号-持续跟进高分组学文献》数据分析Nat Genet - Single-cell mtDNA dynamics in tumors is driven by coregulation of nuclear
# R语言单细胞亚群提取指南
随着单细胞测序技术的快速发展，单细胞RNA测序（scRNA-seq）成为了细胞生物学研究的重要工具。通过分析单细胞数据，我们可以识别出不同的细胞类型和亚群。在本篇文章中，我们将详细介绍如何使用R语言进行单细胞亚群的提取。
## 流程概述
以下是单细胞亚群提取的主要步骤：
| 步骤 | 描述 |
之前说，实验室主要使用的是10X的数据，但是我现在对于10X的数据的了解很少。所以，想更进一步的了解一下。从网页上搜集到资源，整理如下。RNA-seq技术的主要的目标就是（1）定性（2）定量。所以，在某种程度上，就是围绕着两个目标进行的，只不过提出的解决方法会有所不同。一句话总结：单细胞测序技术与单细胞核测序技术的区别？ 简而言之，就是单细胞测序技术存在一些弊端。只能够取样于新鲜组织，而一些临床的
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2024-09-06 06:25:11
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质控和数据过滤准备工具：R。 准备数据：上期经过整理的数据geneMatrix。 注意事项：R的安装目录和文件所在位置都不可有英文。 R 语言所需安装的包：#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
# install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install("singsco
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2023-10-19 12:13:36
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在构建回归模型时，如果自变量X为连续性变量，回归系数β可以解释为：在其他自变量不变的条件下，X每改变一个单位，所引起的因变量Y的平均变化量；如果自变量X为二分类变量，例如是否饮酒（1=是，0=否），则回归系数β可以解释为：其他自变量不变的条件下，X=1（饮酒者）与X=0（不饮酒者）相比，所引起的因变量Y的平均变化量。但是，当自变量X为多分类变量时，例如职业、学历、血型、疾病严重程度等等，此时仅用一
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2023-09-24 10:15:08
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急性肾损伤（Acute Kidney Injury，AKI）是临床常见的急危重症，住院患者中发生率约为10%，病死率约为25%[1]，迄今为止尚无有效的治疗药物，医疗消耗巨大。目前已知，...
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2023-05-02 17:26:23
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急性肾损伤（Acute Kidney Injury，AKI）是临床常见的急危重症，住院患者中发生率约为10%，病死率约为25% [1]，迄今为止尚无有效的治疗药物，医疗消耗巨大。目前已知，巨噬细胞在急性肾损伤的疾病进展过程中发挥重要作用。然而，由于巨噬细胞在损伤的器官组织局部呈现复杂的功能和表型异质性[2]。因此，发现急性肾损伤中导致组织炎性损伤的关键巨噬细胞亚型，是实现精准靶向治疗的前提。近日，
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2023-05-08 00:12:56
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层层递进解析单细胞数据背后的细胞群体特征与互作规律。
作为科研行业能做一口美味的好厨子，承接的单项实验和整体课题当然也很多。其中有不少的优秀案例在内，这次给大家先挑了一些流式检测和ChIP、RIP的案例来展示。外周血淋巴细胞亚群分析 猕猴外周血T细胞亚群检测-T细胞检测 猕猴外周血T细胞亚群检测-Treg检测 猕猴外周血T细胞亚群检测-Th1/2检测 猕猴外周血在我们接手的项目里，是非常稀少的案例了。这次虽然有挑战，但是我们的流
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2024-06-29 10:06:55
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本文利用99085个高质量SNP 通过STRUCTURE，PCA和neighbour-joining tree的群体结构分析将地方品种分为三个亚群，这些亚群表现
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2022-08-31 17:22:04
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目录前置内容前提概念：细胞，基因，蛋白质的关系Alpha fold中的PAE单细胞数据上游来源质量控制去除细胞效应和基因效应降维与聚类分群细胞亚群注释细胞亚群继续分群细胞亚群比例比较细胞轨迹分析（需要具有背景知识） 单细胞分析是重要的，应用：癌症研究，发育生物学，免疫学 前置内容前提概念：细胞，基因，蛋白质的关系 蛋白质与多肽的区别在于它们的结构、功能和内涵不同。 多肽指的是，多个氨基酸脱水缩
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2023-09-22 12:39:49
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说明 Admixture通过EM算法一般用于指定亚群分类；或者在不知材料群体结构背景下
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2022-09-01 11:35:13
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粘膜相关不变T细胞（mucosal-associated invariant T cells，MAIT）是一种进化保守的T细胞亚群
原创
2024-03-21 22:01:26
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此外，异种移植的阵列比较基因组杂交显示，SCPC/LCNEC肿瘤比腺癌对应物表现出更多的拷贝数变异，并且在这些肿瘤的亚群
题目
江西省数学建模-某肿瘤疾病诊疗的经济学分析
基于病人的基本数据，疾病类型（主诉和并发，是否手术），住院天数和费用等，数据清洗并建立数学模型做如下分析： 1、建立根据不同疾病的分类模型。建立诊疗费用与疾病类型的数学关系，并进行预测和检验。 2、建立数学模型分析诊疗费用与各类疾病的亚群的特征，比如，高费用人群的年龄，性别，住院日期和相关数据的相关性，尝试对特定的亚群建立预测模型并
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2024-01-14 21:43:43
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不同生存条件下的同一物种因为自然选择、人工驯化、遗传漂变 形成不同的亚群或者亚种，群体进化研究就是用来追溯和揭示进化的过程。群体进化研究 全基因组重测序技术 ------自然群体各亚群的基因组信息，得到的SNP、Indel 和SV 和CNV 等变异的信息。然后根据SNP 讨论群体的遗传结构、基因情况、物种形成的机制和群体进化动态等生物学问题。群体进化的研究目的 1.物种起源和迁徙路线 2.
在传统的RNA_seq测序中，每个样本取样后实际包含了成千上万个细胞，和单细胞测序的single cell相比，这样的样本称之为bulk samples。在bulk samples的这么多细胞中，可能包含来自多个细胞亚群。在肿瘤组织中，由于肿瘤微环境中各种细胞的浸润，其RNA_seq的样本中必然存在了肿瘤细胞，浸润的免疫细胞等多种细胞亚群。为了准确的评估肿瘤微环境中免疫细胞的构成，科学家做了很多
原创
2022-06-21 10:03:54
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由华大基因研究院领导的多所研究团队使用华大基因Stereo-seq技术，构建了世界上第一个蝾螈(Ambystoma mexicanum)大脑发育和再生的时空细胞图谱，揭示了脑损伤如何自我愈合。这项研究发表在最新一期的《Science》杂志的封面故事上。研究团队分析了蝾螈大脑的发育和再生过程，确定了蝾螈大脑再生过程中的关键神经干细胞亚群，并描述了这些干细胞亚群对受损神经元的重建。同时，研究团队还发现
单细胞亚群降维聚类分群大家好，这里是想做生信大恐龙?的生信小白，今天的暗杀目标是一个叫做‘降维聚类分析’的小boss降维聚类分析单细胞亚群降维聚类分群前言一、数据准备二、实现分类（过程记录）1.引入相关库2.数据处理总结前言在单细胞和多细胞生物中，单个细胞之间的差异可以产生较大的功能影响。单细胞RNA测序方法揭示了组织组成、转录动态和基因之间的调控关系方面的新的生物学。不但如此，单细胞RNA测序可
