一直没时间碰这部分的内容，一是不擅长，二是不想摊子铺得太大。现在是快要毕业了，主要的分析数据也发了，这部分如果再不做，马上别人拿到数据就可以分析了。还有就是要清理集群，内存不够了，主要的分析做完了就可以给数据存档了。 最近看了一篇NC的lncRNA的分析文章，非常的有新意，当然也是结合了疾病模型才发这么高的，值得借鉴。2020 - In vivo functional anal
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2024-06-17 10:52:33
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本文介绍由美国生物科技公司Calico Life Sciences的Han Yuan 和 David R. Kelley共同通讯发表在 Nature methods 的研究成果：单细胞ATAC-seq（scATAC）在研究表观遗传景观中的细胞异质性方面具有巨大前景，但由于数据高维性和稀疏性的特点，scATAC的分析仍然面临重大挑战。为此，作者提出了一种基于DNA序列的卷积神经网络方法(scBass
每次分析自己的单细胞数据后，都让我产生无限的遐想与yy，总感觉不对劲也说不上是哪里
原创
2023-05-02 22:23:25
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单细胞多组学数据介绍①——单细胞甲基化数据一、甲基化数据格式介绍1.cpg level data2.feature level data3. loading data二、分析方法1./QC/: 质量控制(cpg_level)1.load R package2. Load sample metadata3.Load methylation data4.Plot QC statistics2. /d
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2024-01-21 04:42:54
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下载W3Cschool手机App，0基础随时随地学编程导语Hi~~~“浮云一别后，流水十年间。”忙忙碌碌中发现又有多日没有更新公众号了，过来更一发~~~【下个月再开始推一些爬虫相关的内容吧，这个月确实没什么时间。】利用全卷积网络+滤波器实现细胞检测。让我们愉快地开始吧！相关文件密码: 5f5k开发工具Python版本：3.6.4相关模块：numpy模块；PIL模块；scipy模块；TensorFl
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2024-04-21 06:56:40
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导读 本文将学习跨条件执行单细胞整合，以识别彼此相似的细胞。 1. 目标 跨条件对齐相同的细胞类型。
导读本文将学习跨条件执行单细胞整合，以识别彼此相似的细胞。1. 目标跨条件对齐相同的细胞类型。2. 挑战对齐相似细胞类型的细胞，这样就不会因为样本、条件、模式或批次之间的差异而在后续分析中进行聚类。3. 推荐建议先不整合分析，再决定是否进行整合。4. 整
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2024-04-15 13:55:18
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因项目的需求，需要对数据进行简单的分类，然后找差异表达基因。 虽然我自知自己在这个过程中的很多方面并不理解透彻，很糊涂的去做。但是我愿意去尝试完成。 现在开始跟着Seurat上面的教程一点点的来做。参考链接：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html1、加载分析必须的包library(Seurat)
library(dply
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2024-01-11 12:17:10
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之前说，实验室主要使用的是10X的数据，但是我现在对于10X的数据的了解很少。所以，想更进一步的了解一下。从网页上搜集到资源，整理如下。RNA-seq技术的主要的目标就是（1）定性（2）定量。所以，在某种程度上，就是围绕着两个目标进行的，只不过提出的解决方法会有所不同。一句话总结：单细胞测序技术与单细胞核测序技术的区别？ 简而言之，就是单细胞测序技术存在一些弊端。只能够取样于新鲜组织，而一些临床的
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2024-09-06 06:25:11
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近日，Genomics, Proteomics & Bioinformatics （GPB）在线发表了题为“GametesOmics: A Comprehensive Multi-omics Database for Exploring the Gametogenesis in Humans and Mice”的生殖细胞发育多组学数据库文章，该文章由北京大学第三医院生殖中心的研究
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2024-03-21 16:12:28
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随着科技的发展和数据的爆炸性增长，数据库技术显得越来越重要。许多企业和组织都需要依靠数据库来管理和处理海量数据。因此，学习数据库技术已经成为越来越多人的需求。本文将介绍一些关于数据库培训班的基本信息。
一、数据库培训班的基本概念
数据库培训班是一种专门针对数据库技术进行培训的教育机构，旨在帮助学员掌握数据库的基本知识和技能。这些培训班通常由专业的教育机构或公司组织，采用系统化的教学方式，让学员
原创
2023-10-10 15:55:22
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ADO（ActiveX Data Objects）是一种面向对象的数据访问技术，它提供了一组对象和接口，让开发人员可以方便地从
原创
2023-09-09 07:31:57
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因为测试工程师在日常工作中会参与数据库设计评审、测试环境搭建、日志跟踪，这些会涉及数
原创
2023-05-24 15:08:36
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开源分析数据库ClickHouse以快著称，真的如此吗？我们通过对比测试来验证一下。ClickHouse vs Oracle先用ClickHouse（简称CH）、Oracle数据库（简称ORA）一起在相同的软硬件环境下做对比测试。测试基准使用国际广泛认可的TPC-H，针对8张表，完成22条SQL语句定义的计算需求（Q1到Q22）。测试采用单机12线程，数据总规模100G。TPC-H对应的SQL都比
数据库SQl ALTER TABLE USER DEFAULT CHARACTER SET utf8;DDL -- 对数据库进行操作的语言 create database 数据库名；
drop database 数据库名；
use 数据库名；
show databases；
create table 表名（
id int（5），
name varchar（20）
）；
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2023-07-20 21:58:28
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ODBC (开放数据库互联 1992 MS 应用程序和关系数据库之间的通信API,用户可以通过API直接将SQL送给数据库)DAO（数据访问对象 1993 MS 用ADO。
原创
2023-05-13 00:33:15
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原创
2022-01-04 13:33:26
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root@webwall:/home/xiachengjiao# vi/webwall/mysql/my.cnf（看配置文件中的参数）root@webwall:/webwall/mysql/bin# ./mysql -u root -S /var/mysql1.sock -pEnter password: Enter password:********ERROR 2002 (HY000): Can
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2014-06-09 10:55:06
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一、mysql基础 1）mysql存储结构： 数据库 -> 表 -> 数据 sql语句
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2023-07-19 15:39:53
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在使用seurat进行单细胞分析的时候，大多数的教程都是用计数矩阵作为数据输入，但是我发现一些新手朋友对于不同数据库来源(的数据或者想要去复现、借鉴一个感兴趣的文章中的下机数据时，不知道怎么把数据处理成Seurat可以读入的计数矩阵，所以本篇文章就详细介绍单细胞数据的上游分析。上游分析主要涉及的步骤就两个：比对和质控。我们可以先从10X平台官网了解一些软件和方法。“Software Analysis”的界面提供了3种工具：Cell Ranger：比对质控需要用到的软件。
# 实现数据管理系统的流程
在Kubernetes（K8S）中实现数据管理系统通常涉及创建、部署和管理数据库，以及使用适当的工具进行数据备份和恢复等操作。下面将介绍如何实现一个基本的数据管理系统，并给出相应的代码示例。
## 步骤概览
下面是一个简单的创建数据管理系统的流程，我们将使用MySQL数据库作为示例：
| 步骤 | 操作 |
| --- | --- |
| 步骤一 | 创建一个
原创
2024-04-29 12:05:42
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