WGS数据分析目的:检测出每个样本基因组中的变异集合(不同样本中的差异序列)WGS数据分析流程分为三步:原始数据质控 -> 数据预处理 -> 变异检测1.原始数据质控阶段:拿到原始测序数据 -> QC过滤低质量的read数据2.数据预处理阶段:read比对 -> sort排序 -> 去除重复 -> 局部重比对 -> 碱基质量校正(BQSR) -> 变
转载 2023-09-14 16:54:50
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宏基因组篇前言之前的一篇文章已经从生物实验的角度讲述了高通量测序的原理,这篇文章旨在介绍宏基因组二代测序数据的处理方式及其原理。在正文开始之前,我们先来认识一下什么是宏基因组。以我的理解,宏基因组就是某环境中所有生物的基因组的合集,这个环境可以是下水道,河流等自然环境,也可以是人体内肠道,口腔等体环境。而宏基因组中的生物往往指的是微生物,如真菌,细菌,病毒,古细菌。我们这里主要以肠道微生物为例,也
随着科技的发展和数据的爆炸性增长,数据库技术显得越来越重要。许多企业和组织都需要依靠数据库来管理和处理海量数据。因此,学习数据库技术已经成为越来越多人的需求。本文将介绍一些关于数据库培训班的基本信息。 一、数据库培训班的基本概念 数据库培训班是一种专门针对数据库技术进行培训的教育机构,旨在帮助学员掌握数据库的基本知识和技能。这些培训班通常由专业的教育机构或公司组织,采用系统化的教学方式,让学员
原创 2023-10-10 15:55:22
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数据库SQl ALTER TABLE USER DEFAULT CHARACTER SET utf8;DDL -- 对数据库进行操作的语言 create database 数据库名; drop database 数据库名; use 数据库名; show databases; create table 表名( id int(5), name varchar(20) );
转载 2023-07-20 21:58:28
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ADO(ActiveX Data Objects)是一种面向对象的数据访问技术,它提供了一组对象和接口,让开发人员可以方便地从
原创 2023-09-09 07:31:57
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因为测试工程师在日常工作中会参与数据库设计评审、测试环境搭建、日志跟踪,这些会涉及数
原创 2023-05-24 15:08:36
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开源分析数据库ClickHouse以快著称,真的如此吗?我们通过对比测试来验证一下。ClickHouse vs Oracle先用ClickHouse(简称CH)、Oracle数据库(简称ORA)一起在相同的软硬件环境下做对比测试。测试基准使用国际广泛认可的TPC-H,针对8张表,完成22条SQL语句定义的计算需求(Q1到Q22)。测试采用单机12线程,数据总规模100G。TPC-H对应的SQL都比
ODBC (开放数据库互联 1992 MS 应用程序和关系数据库之间的通信API,用户可以通过API直接将SQL送给数据库)DAO(数据访问对象 1993 MS 用ADO。
原创 2023-05-13 00:33:15
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原创 2022-01-04 13:33:26
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root@webwall:/home/xiachengjiao# vi/webwall/mysql/my.cnf(看配置文件中的参数)root@webwall:/webwall/mysql/bin# ./mysql -u root -S /var/mysql1.sock -pEnter password: Enter password:********ERROR 2002 (HY000): Can
一、mysql基础                    1)mysql存储结构: 数据库 -> 表 -> 数据   sql语句     
转载 2023-07-19 15:39:53
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TCGA数据已经改版,workflow.type只有STAR-counts数据,改版后数据下载与预处理方法见:TCGA测序数据改版后的应对以下为改版前的方法:library("TCGAbiolinks") library("SummarizedExperiment")一、数据下载1 GDCquery筛选-下载数据数据query <- GDCquery(project = "TCGA-PRAD
# 实现数据管理系统的流程 在Kubernetes(K8S)中实现数据管理系统通常涉及创建、部署和管理数据库,以及使用适当的工具进行数据备份和恢复等操作。下面将介绍如何实现一个基本的数据管理系统,并给出相应的代码示例。 ## 步骤概览 下面是一个简单的创建数据管理系统的流程,我们将使用MySQL数据库作为示例: | 步骤 | 操作 | | --- | --- | | 步骤一 | 创建一个
原创 2024-04-29 12:05:42
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 1、Access全名是Microsoft Office Access,是由微软发布的关联式数据库管理系统。小型数据库,当数据库达到100M左右的时候性能就会下降。数据库后缀名: .mdb ,一般是asp的网页文件用access数据库 (以一个文件的形式存在的) 2、SQL Server(MS SQL)是由Microsoft开发和推广的关系数据库管理系统(DBMS),是一个数据
Python数据库操作。 [size=large] [b]Python与Mysql[/b][/size] 一、安装MySQLdb模块 使用python连接Mysql的前提,就是需要一个让python连接到Mysql的接口,这就是MySQLdb模块。 验证是否已经安装了MySQLdb: ==============================
数据库设计 需求 表结构 字段类型、是否允许为null、是否有默认值 索引设计 数据库引擎的选择 根据产品原型分析,词性分析法,名词创建表或字段,动词表示关系。 数据存储:长期存储的数据, 1.主键:唯一、自增。 可以不用手动指定,mysql会默认生成自增主键; 不适合做主键:业务数据,比如mobi
原创 2021-08-25 13:47:15
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1.1.1  数据库数据库管理系统1.  数据库 数据库(DB)是存放数据的仓库,只不过这些数据存在一定的关联,并按一定的格式存放在计算机上。从广义上讲,数据不仅包含数字,还包括了文本、图像、音频、视频等。 例如,把学校的学生、课程、学生成绩等数据有序地组织并存放在计算机内,就可以构成一个数据库。因此,数据库由一些持久的相互关联数据的集合组成,并以一定的组织形式存放在计算机的
hadoop简介Apache Hadoop软件是一个框架,允许使用简单的编程模型跨计算机集群分布式处理大型数据集。它旨在从单个服务器扩展到数千台计算机,每台计算机都提供本地计算和存储。该本身不是依靠硬件来提供高可用性,而是设计用于检测和处理应用层的故障,从而在计算机集群之上提供高可用性服务,每个计算机都可能容易出现故障。 hadoop的思想之源来源于Google在大数据方面的三篇论文 GFS
转载 2023-09-13 15:29:17
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如何在android中调用数据库资源 在android中主要有两种方法来实现对数据库的访问,一种是adb shell方式,另一种是通过相关的android 的java类来间接的对数据库来进行操作。其中前者主要用于在开发过程中进行调试等工作,后者则为android中主要的使用数据库的方式。下面就对这两种方式进行一个简要的介绍。 1.adb shell方式 说白了,adb
转载 2023-07-18 23:04:14
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我们总出于一些不同的原因还原数据库,其中可能只有一个涉及数据库故障。还原数 据的原因很可能是要将一个数据库从一个服务器转移到另一个服务器,或还原一个测试 和开发数据库。在这样的情况下,仍需要一些预先规划。一般说来,准备工作如下所示:(1) 将数据库置于SINGLE_USER模式(如果可以),隔离该数据库。(2) 如果处于完整或大容量曰志恢复模式,那么备份事务日志的结尾。这可以捕捉到 所有最近的活
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