在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔（\t），从左到右分别是： 1 QNAME,序列的名字（Read的名字） 2
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2023-11-06 15:04:13
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欢迎关注”生信修炼手册”!本文重点介绍下SAM文件中比对部分的含义，比对部分的信息是\t分隔的11列文件，每
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2022-06-21 09:05:13
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欢迎关注”生信修炼手册”!将reads比对到参考基因组上，我们称之为mapping。mapping的工具很多
原创
2022-06-21 09:05:23
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0.代码（读取方法）：package org.bdge
原创
2023-01-04 10:54:46
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1.SAM/BAM和Fastq一样的Avro，不详细就写了2，数据：{"readNum": 0, "contig": {"contigName": "chrU
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2023-01-04 10:55:00
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使用samtools来对sam/bam/cram相互转换sam bamsamtools view -h NA12878.bam >NAaln.cramsamtoo
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2023-01-04 11:00:01
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前言小编最近对SAM格式序列比对文件学习了解，并对SAM格式文件进行一个简单介绍。SAM是一种序列比对格式标准，由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。SAM要处理好的问题：非常多序列（read)，mapping到多个参考基因组（reference）上；同一条序列，分多段（segment）比对到参考基
原创
2021-03-27 07:27:36
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SAM文件格式SAM（The Sequence Alignment / Map format）格式，即序列比对文件的格式，详细介绍文档以下内容参考2019年1月SAM文件说明文档，具体细节请关注最新文档说明SAM文件由两部分组成：头部信息和比对信息，都是以tab键分隔。头部信息介绍
每个标题行以字符"@"开头，后面是两个字母的记录类型代码。在标题中，每一行都是由制表符分隔的。除了@CO行，每个数据
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2024-07-02 04:59:29
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Pysam可用来处理bam文件安装：用 pip 或者 conda即可 使用：Pysam的函数有很多，主要的读取函数有：AlignmentFile：读取BAM/CRAM/SAM文件VariantFile：读取变异数据（VCF或者BCF）TabixFile：读取由tabix索引的文件；FastaFile：读取fasta序列文件；FastqFile：读取fastq测序序列文件一般常用的是第一个
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2024-05-17 16:52:34
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R语言是一种用于统计分析和数据可视化的编程语言。在生物信息学领域，R语言也常被用于处理和分析测序数据。本文将介绍如何使用R语言打开.bam文件，并进行简单的数据处理。
.bam文件是一种常用的测序数据文件格式，其中包含了DNA或RNA测序数据。在生物信息学的研究中，常常需要对.bam文件进行分析，比如读取测序结果、计算覆盖度等。R语言提供了丰富的生物信息学包，可以方便地处理.bam文件。
首先
原创
2023-11-20 14:22:57
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第一次接触到三代测序数据，拿到手里的只有bam文件 查了一下有工具可以直接将bam文件转换为fastq https://github.com/P...
原创
2022-03-18 10:13:24
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## R语言 bam函数实现流程
### 流程图
```mermaid
flowchart TD;
A[开始] --> B[加载bam工具包];
B --> C[读取bam文件];
C --> D[对bam文件进行处理];
D --> E[分析结果];
E --> F[结束];
```
### 步骤及代码实现
| 步骤 | 代码 | 说明 |
|--
原创
2023-11-02 03:38:00
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---
title: 不懂SQL优化？那你就OUT了(二)
-- 索引(一)
date: 2018-10-27
categories: 数据库优化
---要想让一个较慢的select ... where语句执行效率更快，我们应首先检查是否能增加一个索引。不同表之间的引用通常通过索引来完成。你可以使用explain语句（上一篇已介绍）来确定select语句是否使用索引，使用了哪些索引。索引索引
MySQL为什么选择B+Tree?首先理解MySQL索引的几个原则是为了加速对表中数据行的检索而创建的一种分散存储的数据结构。工作机制如上图：以id创建索引，索引数据结构里存储了索引键(关键字)以及对应的值(地址值)，当搜寻id=101的数据时，直接找到对应的地址0x123456。时间复杂度为O(1)。时间复杂度二叉查找树二叉树测试地址：https://www.cs.usfca.edu/~gall
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2024-07-22 10:44:37
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写索引文件： 索引文件在未合并前是有多个文件组成的，这些文件综合在一起，才为一个实质上的索引文件；这些文件拥有相同的名字，不同的是后缀名；下面，依次介绍这些文件，介绍方式为：从建立索引的类开始，一步步追踪，最后总结。 IndexWriter类写索引文件从IndexWriter类开始。Inde
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2024-10-20 13:13:25
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前面写博客一直没有添加目录，这样可能不能整体对文章内容一目了然，在参考博主"赵子清的技术文章"后，简单的修改了js代码，实现了博客的目录自动生成。参考博文地址在最后面。我的文章一般使用三级标题和四级标题，因此代码中修改成自动生成h3和h4目录，另外修改了li前面的图标为数字。使用步骤（1）确保博客园支持JS，没有就点击自动开通，一般需要等，着急可以给发送邮件。 （2）将JS脚本添加到页脚
SAM是什么?
也许大家在网上看了许多的关于sam的传奇的故事吧!那么今天就让我----偏执狂带你们进入sam的所有吧!
第一节:初级认识sam
微软做了两个不同的系统骨架，一个叫Win32，我们用的Win9x/Me系统就附在它上面；另一个叫NT（New Technology），也就是WinNT/2000/XP/2003的骨架。不过很不幸，微软有点“偏心”，W
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精选
2008-09-08 11:29:30
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一 运行架构Spark Streaming相对其他流处理系统最大的优势在于流处理引擎和数据处理在同一软件栈，其中Spark Streaming功能主要包括流处理引擎的流数据接收与存储以及批处理作业的生成与管理，而Spark Core负责处理Spark Streaming发送过来的作业。Spark Streaming分为Driver端和Client端，运行在Driver端为StreamingCont
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2023-08-22 19:53:12
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微软的SQL Server数据库是一个在中低端企业应用中占有广泛市场的关系型数据库系统，它以简单、方便、易用等特性深得众多软件开发人员和数据库管理人员的钟爱。但SQL Server 7.0以前的数据库系统由于没有全文检索功能，致使无法提供像文本内容查找此类的服务，成为一个小小的遗憾。从SQL Server 7.0起，到如今的SQL Server 2000终于具备了全文检索功能，使用户可以高效地检索
