欢迎关注”生信修炼手册”!salmon 是sailfish 的升级版,其内存消耗更少,速度更快,准确度更高。            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
                                                                                        原创
                                                                                    
                            2022-06-21 09:20:44
                            
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            为什么使用Salmon?Salmon是不基于比对计数而直接对基因进行定量的工具,适用于转录组、宏基因组等的分析。其优势是:定量时考虑到不同样品中基因长度的改变(比如不同isoform的使...            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
                                                                                        原创
                                                                                    
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            使用以下命令时产生报错: /Salmon-0.8.1_linux_x86_64/bin/salmon quant -i /ref/salmon/ --libType A -r /human/file.fq -o /salmon-quant/ 报错内容为: ESC[00mException : [ra ...            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
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            题目链接:传送门 题意: 一个数被觉得是一个完美的数,仅仅要须要满足下面的两个条件之中的一个 1)x = 1 or 3 2)x = 2 + a*b + 2*a + 2*b; a。b都是完美的数。 分析: x + 2 = (a + 2)*(b + 2) 因为x1=1,x2=3。全部的数都是由着两个数衍            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
                                                                                        转载
                                                                                    
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            前面我们评估了不同大小基因组基于STAR构建索引所需的计算资源和时间资源、不人类基因组按染色体...            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
                                                                                        原创
                                                                                            精选
                                                        
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            继续前文:基于Salmon的转录组定量流程循环定量多个样品的表达量整理样本信息表,            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
                                                                                        原创
                                                                                    
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            在做功能注释之前,先教大家把所有样本的 clean reads 准确、快速地定量到“非冗余核酸基因集(NR-genes, DNA)”上,用 Salmon 得到 TPM 与 NumReads 矩阵,直接用于后续功能丰度/差异分析。            
                
         
            
            
            
            salmon做完定量后输出结果如下 我把quants这个文件夹放到R语言的工作目录下首先是获得所有quant.sf文件的路径 给数据添加个名称 ...            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
                                                                                        原创
                                                                                    
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            文章目录<font color = 'Salmon '>5.1 文件目录布局<font color = 'Salmon '>5.2 日志格式的演变<font color = 'Salmon '> 5.2.1 v0版本<font color = 'Salmon '> 5.2.2 v1版本<font color = 'Salmon '>5.            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
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            map - 遍历一维元素并处理def map[U : ClassTag](f: T => U): RDD[U]scala> val a = sc.parallelize(List("dog", "salmon", "salmon", "rat", "elephant"), 3)
a: org.apache.spark.rdd.RDD[String] = ParallelCollecti            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
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            https://gitee.com/salmon_163/k8s-nacos/tree/master            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
                                                                                        原创
                                                                                    
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            https://gitee.com/salmon_163/k8s-nacos/tree/master            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
                                                                                        原创
                                                                                    
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            42、map原型  def map[U: ClassTag](f: T => U): RDD[U]含义 map 对RDD中的每一个item 应用一个函数,并且返回一个新的RDD示例val a = sc.parallelize(List("dog", "salmon", "salmon", "rat", "elephant"), 3)
//对每一个 item 应用一个函数
val b = a.            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
                                                                                        转载
                                                                                    
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            导读考虑到在转录组比对时,有许多软件可以使用,但很少有介绍它们之间的差别。因此,本文主要介绍 STAR, KALLISTO, SALMON 之间的区别。1. 定义STAR 是 
    alignerKallisto/salmon 是 
    mapping2. aligner vs. mapping那么aligner 与 mapping的区别[1]是什么呢?2.1. aligner当我们比对一            
                
         
            
            
            
            If the financial industry looks at MiFID II timestamping with fresh eyes, it might just find that it can deliverIan Salmon is a regulation expert who currently sits on the FIX Community MiFID clock s            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
                                                                                        转载
                                                                                    
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            推荐一款创新的Python邮件服务器——Salmon项目地址:https://gitcode.com/moggers87/salmonSalmon是一款专为构建强大且复杂的邮件应用而设计的纯Python邮件服务器。它的设计理念是模仿现代web框架的方式,以提供更高效、灵活的邮件处理方式。Salmon可以作为传统邮件服务器的后端,如同Apache或Nginx在web应用程序中的角色。项目介绍Salm            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
                                                                                        转载
                                                                                    
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            二.Spark中算子1.combineByKey算子源码:(createCombiner: V => C, mergeValue: (C, V) => C, mergeCombiners: (C, C) => C) (1)案例一scala> val rdd4 = sc.parallelize(List("dog","cat","gnu","salmon","rabbit",            
                
         
            
            
            
            实例
使用 data-* 属性来嵌入自定义数据:<ul>
<li data-animal-type="bird">Owl</li>
<li data-animal-type="fish">Salmon</li> 
<li data-animal-type="spider">Tarantula</li> 
<            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
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            实例 使用 data-* 属性来嵌入自定义数据:   <ul>
<li data-animal-type="bird">Owl</li>
<li data-animal-type="fish">Salmon</li> 
<li data-animal-type="spider">Tarantula</li>            
                
                    
                        
                                                            
                                                                        
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