结构方程模型（Sructural Equation Modeling，SEM）是分析系统内变量间的相互关系的利器，可通过图形化方式清晰展示系统中多变量因果关系网，具有强大的数据分析功能和广泛的适用性，是近年来生态、进化、环境、地学、医学、社会、经济等众多领域应用十分广泛的统计方法。在R语言结构方程程序包中，lavaan具有简洁的语法结构、成熟模型构建和调整过程和稳定可靠的结果等特点，使其不亚于收费
本文翻译自：How to write trycatch in RI want to write trycatch code to deal with error in downloading from the web. 我想编写trycatch代码来处理从Web下载时的错误。url <- c(
"http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library
写在前面后台难得有读者私信，请教了下图中文章的GSEA图能不能用R来画，今天就来简单写个教学。 GSEA（Gene Set EnrichmentAnalysis），即基因集富集分析，它的基本思想是使用预定义的基因，将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然后检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。GSEA 和GO、KEGG pathway不同的地方在于，后两者会提前设定一个阈值
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2023-06-25 13:20:52
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混合模型是k个分量分布的混合，它们共同形成混合分布：F（x ）f(x)（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。F（x ）= Σk = 1ķαķFķ（x ）f(x)=∑k=1Kαkfk(x)为什么要使用混合模型？让我们通过一个例子激发您为何使用混合模型的原因。让我们说有人向您展示了以下密度图：p <- ggplot(faithful, aes
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2023-06-25 13:19:53
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R语言灰色关联分析法输入数据数据的标准化/归一化求灰色系数求差序列和最大值最小值求关联系数计算关联度并排序所有代码 灰色关联度分析（Grey Relation Analysis，GRA），是一种多因素统计分析的方法。简单来讲，就是在一个灰色系统中，我们想要了解其中某个我们所关注的某个项目受其他的因素影响的相对强弱，再直白一点，就是说：我们假设以及知道某一个指标可能是与其他的某几个因素相关 的，那
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2023-08-31 09:21:50
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怎么画散点图矩阵？data <- data.frame(x=c(1,2.5,3),y=c(3,5,6),z=c(2,3,5))
data
pairs(data[,1:3]) 怎么看散点图矩阵？第一行第二个图表示的是y与x的关系，其中y为横坐标，x为纵坐标第一行第三个图表示的是z与x的关系，其中z为横坐标，x为纵坐标第二行第一个图表示的是x与y的关系，其中x为横坐标，y为纵坐标
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2023-08-14 09:23:21
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R语言data.table速查手册介绍R中的data.table包提供了一个data.frame的高级版本，让你的程序做数据整型的运算速度大大的增加。data.table已经在金融，基因工程学等领域大放光彩。他尤其适合那些需要处理大型数据集（比如 1GB 到100GB）需要在内存中处理数据的人。不过这个包的一些符号并不是很容易掌握，因为这些操作方式在R中比较少见。这也是这篇文章的目的，为了给大家提
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2023-09-12 16:32:32
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1.什么是NMDS分析？ 人眼一般能感知的空间为二维和三维。高维数据可视化的重要目标就是将高维数据呈现于二维或三维空间中。高维数据变换就是使用降维度的方法，使用线性或非线性变换把高维数据投影到低维空间，去掉冗余属性，但同时尽可能地保留高维空间的重要信息和特征。 非度量多维标度（NMDS）分析，是PCoA的非度量替代方法。NMDS是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和
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2023-06-25 15:14:08
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1.什么是三维PCA？ 人眼一般能感知的空间为二维和三维。高维数据可视化的重要目标就是将高维数据呈现于二维或三维空间中。高维数据变换就是使用降维度的方法，使用线性或非线性变换把高维数据投影到低维空间，去掉冗余属性，但同时尽可能地保留高维空间的重要信息和特征。 主成分分析法，也被称为主分量分析法，是很常用的一种数据降维方法。主成分分析法采用一个线性变换将数据变换到一个新的坐标系统，使得任何数据点投
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2023-10-20 17:24:31
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通过构建模型并解释结果，我们探究了各自变量对因变量的影响程度。同时，借助ROC曲线可视化分析，评估了模型的预测性能。本文旨在为相关领域的研究提供方法学参考和实际应用指导。R语言分析麻醉剂用量（conc）对手术病人是否移动（nomove）的影响在医学实践中，麻醉剂用量的精确控制对于手术过程的顺利进行和病人的术后恢复至关重要。随着医疗技术的不断发展，数据分析和统计学方法在医学研究中的应用日益广泛。本文
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2024-06-14 19:40:07
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面板VAR步骤：（1）对各变量做平稳性检验（IPS、PP、ADF、LLC等方法检验）是逐个变量检验？？还是一起检验？？（2）面板数据的最优滞后阶数确定（AIC和SIC方法）（3）在PVAR系统中进行Wald-Granger检验（4）面板VAR估计（5）脉冲效应（6）面板方差分解R语言例子：文件pvar.csv数据结构如下：数据包括4个内生变量（"income","tax","inds","inve
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2023-06-25 13:15:16
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（R语言平台；模型构建、拟合、筛选及结果发表全流程；潜变量分析；组成变量分析；非线性关系处理、非正态数据、分组数据、嵌套数据分析与处理；混合效应模型；贝叶斯方法；经典案例练习及解读） 现代统计学理论和方法的不断完善，使科研工作对统计方法的要求也越来越高，面对纷繁复杂的数据，如何选择最为合适的数据分析方法已成为科研工作者，尤其是广大刚处于科研生涯起步阶段的研究生们最为棘手问题。随着科学的发展，一些科
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2023-08-08 13:54:02
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结构方程模型是一个线性模型框架，它对潜变量同时进行回归方程建模（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。相关视频引言 诸如线性回归、多元回归、路径分析、确认性因子分析和结构回归等模型都可以被认为是SEM的特例。在SEM中可能存在以下关系。观察到的变量与观察到的变量之间的关系（γ，如回归）。潜变量与观察变量（λ，如确认性因子分析）。潜变量与潜变量（γ,β，如结构回归）。SEM独特地包含了测
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2023-09-27 07:24:07
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对于熟悉线性回归拟合结构方程模型的分析师来说，在R环境中，拟合结构方程模型涉及学习新的建模语法，新的绘图语法以及通常是新的数据输入方法结构方程模型入门 介绍然而，拟合结构方程模型可以成为分析师工具箱中的强大工具。相关视频设置 环境在R中实现SEM有许多不同的包，lavaan软件包为大多数SEM用户提供了全面的功能集，并且具有易于学习的语法来描述SEM模型。要安装lavaan，我们只需运行
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2023-08-14 14:36:02
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# 使用R语言进行预测的入门指南
在数据分析和机器学习的世界中，预测是一个重要的应用领域。作为新手，掌握如何使用R语言进行预测是非常关键的。本文将详细介绍这一过程的整体流程，并逐步引导你实现一个简单的预测模型。
## 整体流程
下面是实现预测的各个步骤的流程图：
| 步骤 | 描述|
| ---- | ---- |
| 1. 数据收集 | 收集需要用于预测的数据。|
| 2. 数据预处理
原创
2024-08-12 04:12:56
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# 使用R语言进行广义加法模型（GAM）分析
广义加法模型（Generalized Additive Model, GAM）是一种灵活的统计建模方法，能够处理多个自变量与因变量之间的非线性关系。相较于传统的线性模型，GAM允许自变量以非线性的方式进入模型，提高了模型的适用性。本文将介绍GAM的应用，并提供一个R语言的示例代码。
## GAM的基本概念
GAM将响应变量与多个平滑函数的线性组合
R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图聚类树与柱形图结合，即可反映样本或分组间的相似性，又能展示样本内的元素组成信息。例如下图是一个在扩增子测序微生物群落分析中常见的统计图类型，在测序公司给的报告中通常都有这么一张图。聚类树表示了各样本或分组之间，物种丰度组成的相似性或相异程度；柱形图就是常见的物种堆叠柱形图，常用于表示代表性的门纲目科属等丰度，如下图中即展示了各样本中丰度排名前10的细菌门的丰度信息。很
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2023-06-25 13:18:06
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Table of Contents利用 R 绘制拟合曲线单纯使用 goem_smooth单纯使用 spline同时使用前两种方法利用 R 绘制拟合曲线个人主要使用 ggplot2 进行绘图，这里也只介绍 ggplot2 的相关方法。利用 R 绘制拟合曲线主要有两类方法：利用 geom_smooth 进行曲线的拟合(method 选择 loess 或者添加 formula)；利用 spline 进行
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2020-07-01 12:28:00
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k-medoids聚类简介k-medoids是另一种聚类算法，可用于在数据集中查找分组。k-medoids聚类与k-means聚类非常相似，除了一些区别。k-medoids聚类算法的优化功能与k-means略有不同。在本节中，我们将研究k-medoids聚类。k-medoids聚类算法有许多不同类型的算法可以执行k-medoids聚类，其中最简单，最有效的算法是PAM。在PAM中，我们执行以下步骤
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2024-06-13 22:54:21
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R语言：GO富集和KEGG富集、可视化教程，附代码小白一枚，博客仅用于记录自己的学习历程，参考了很多代码，感觉有些代码太复杂了，根据自己的喜欢进行了部分改动。1.文件准备导入准备好的差异基因列表，或者是某个你需要进行富集的模块的基因列表，只要有基因的名字就行，此处diff是我导入的基因列表的命名，SYMBOL是对应的基因的名字（也对应了后面我用到的SYMBOL类型的ID转换，就不用了再改动了。）d
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2023-08-18 18:09:56
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