R包WGCNA---转录组WGCNA共表达网络构建（无表型信息）1. 下载R包WGCNA2. 运行步骤2.1参数筛选和模块计算2.2 全部基因所属模块信息输出2.3 计算KME值并输出筛选基因结果2.4 导出Cytoscape格式网络数据2.5 从TOM矩阵中提取固定基因集的Cytoscape数据参考 最近有一个需求，需要使用多个分组的RNA-seq数据（包含CK在内共30个处理）进行共表达网
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2023-09-18 15:58:04
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R语言中已经有许多用于神经网络的package。例如nnet、AMORE以及neuralnet，nnet提供了最常见的前馈反向传播神经网络算法。AMORE包则更进一步提供了更为丰富的控制参数，并可以增加多个隐藏层。neuralnet包的改进在于提供了弹性反向传播算法和更多的激活函数形式。但以上各包均围绕着BP网络，并未涉及到神经网络中的其它拓扑结构和网络模型。而新出炉的RSNNS包则在这方面有了极
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2023-08-09 11:10:42
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# 如何实现复杂网络R语言igraph
## 整体流程
下面是实现复杂网络R语言igraph的整体流程：
```mermaid
erDiagram
理解问题 --> 下载igraph包
下载igraph包 --> 导入数据
导入数据 --> 创建网络对象
创建网络对象 --> 绘制网络图
```
## 具体步骤
### 1. 理解问题
在开始实现复杂网络
原创
2024-04-30 04:52:34
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现实世界中充满了网络世界，铁路线路网络、航空网络和人际关系网络。复杂网络是大量真实复杂系统的拓扑关系（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。复杂网络简介在复杂网络分析的帮助下，我们期望将复杂的东西简化，找到隐藏的拓扑关系的新结构，找到节点与节点之间的规律，同时将数据可视化。本文中我们被要求对上海公交路线数据进行可视化。相关视频读取数据ljhdat1=readLines("E:/shanghai_
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2023-06-25 13:01:54
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# 如何在R语言中删除复杂网络节点
## 介绍
作为一名经验丰富的开发者，我将指导你如何在R语言中删除复杂网络中的节点。首先，我们需要了解整个过程的流程，然后逐步执行每一步所需的操作和代码。让我们开始吧！
## 流程图
```mermaid
stateDiagram
[*] --> 开始
开始 --> 创建网络
创建网络 --> 删除节点
删除节点 --> 结束
原创
2024-04-28 04:31:42
161阅读
介绍知春里@伟仔不知名数据科学家。持续写《数据分析》和《数据产品》的系列文章，欢迎关注。01选R还是Python？ “球鞋是买阿迪还是买耐克？” “午餐吃肯德基还是麦当劳？” “拿到阿里和腾讯的Offer，去哪一家？” &n
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2023-08-21 15:46:19
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# 学习实现R语言中的多层复杂网络
在本文中，我们将一步步地学习如何在R语言中实现多层复杂网络的分析。多层复杂网络是一种由多个相互关联的网络组成的结构。下面是这个流程的概述，以帮助你理解实现的步骤。
## 实现步骤概述
| 步骤 | 描述 |
|------|-----------------------------|
| 1 | 设置R环
原创
2024-09-25 07:48:43
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# R语言复杂网络回归分析入门
复杂网络回归分析是一种强大的统计工具，可以用来分析和建模复杂系统中的变量关系。这篇文章将为你介绍如何在R语言中进行复杂网络回归分析，包括具体的步骤和相应的代码示例。
## 流程图
首先，让我们通过流程图来概述整个流程：
```mermaid
flowchart TD
A[开始] --> B[准备数据]
B --> C[建立网络模型]
原创
2024-08-24 08:41:24
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这篇文章假定你已经知道如何用igraph库建立一个基本的网络图。基本上，igraph允许将几种类型的输入转化为一个图形对象，可以使用plot()函数绘制，如下所示。# 创建数据
network <- graph(data , mode='undirected')
# 默认网络
plot(network)自定义节点功能节点可以修改几个参数，这些参数都以顶点开始。顶点是igraph语言中的一
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2023-08-31 09:52:55
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最近公司正在做一个基于熟人关系网络的投顾系统，数据库里面有一个基础的拉人注册表，描述了注册者和他的上级的从属关系，是一级关系。但是公司基于业务需要，需要对每一个人的上下线关系进行梳理这样就必须要有一个表，我的第一反应是这个表太简单了，不就是上下级关系吗？结果，我被打脸了，实际情况没那么简单，因为邀请表里面是一张表，包含了所有的邀请关系，如果邀请级别有20级，数量有十万，那跑一次循环就是十万的平方级
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2023-10-30 21:26:02
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1.4 社交网络挖掘正如我们前面提到的，数据挖掘是从数据中发现一个模型，社交网络挖掘就是从表示社交网络的图形数据中发现模型。社交网络挖掘是网络数据挖掘的一个应用，比较流行的应用有社会科学和文献计量学、PageRank和HITS算法、粗粒度图模型的不足、增强模型和技术、主题提取的评估以及网络的评估与建模。社交网络当涉及社交网络的讨论时，你会想到Facebook、Google+和LinkedIn等。社
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2023-09-16 14:27:14
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# 用R语言绘制复杂网络图的流程
绘制复杂网络图在数据分析和可视化领域非常常见，但是初学者可能会觉得这一任务有些棘手。本篇文章将教你如何在R语言中实现网络图的绘制。我们将通过明确的步骤和代码示例来引导你完成过程。
## 任务流程
在开始之前，让我们首先概述一下整个流程。以下是实现复杂网络图的主要步骤：
| 步骤 | 描述 |
|--
原创
2024-10-26 05:25:44
309阅读
节点重要性与相似性 本章要点无向网络节点重要性排序指标:度值、介数、接近数、h-壳值、特征向量有向网络节点重要性排序算法:HITS 算法和 PageRank算法节点相似性与链路预测1 无向网络节点重要性指标 1.1 度中心性 在社会网络分析中，常用“中心性(Centrality)"来判断网络中节点重要性或影响力。最直接的度量是度中心性(Degrree centrali
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2024-09-23 10:30:00
481阅读
1.R语言网络数据分析概述R语言的网络数据分析用途多样而且实用。R语言提供了多个图形类型软件包实现分析，因此获得广泛应用。在大数据分析中，R语言有优势。R语言网络分析的特点是（1）编程简单。不想c、C++,java等难学。（2）网络分析灵活。例如Cytoscape（http//www.cytoscape.org/）生物学网络软件，尽管能输出许多分析的报表，但是只能做常规的、固定的网络分析。不能接受
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2023-09-11 16:48:23
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笔者寄语：这里所有的应用代码都来自与igraph包。《R语言与网站分析》书中第九章关系网络分析把大致的框架已经描述得够清楚，但是还有一些细节需要完善，而且该书笔者没找到代码。。。————————————————————————————————————————一、关系网络数据类型关系网络需要什么样子的数据呢？ 笔者接触到了两种数据结构，擅自命名：平行关系型、文本型。根据数据
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2023-10-07 22:14:05
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文章目录前言一、题目二、需要使用的函数的介绍1.定义无向图2.定义边3.把节点加入到图中4.把边加入到图中5.加入单独一条边6.从文件中读入一个图7.移除一条边三、代码总结 前言这次无话可说.……一、题目3. 随机图、小世界网络和真实网络的度分布 （1）ER图：生成n=5242个节点以及m=14484条边的随机图。可以自己写代码，也可以使用SNAP或Networkx函数。 （2）SW随机网络，从
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2024-04-10 08:08:14
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本篇继续介绍基础绘图系统中的几个绘图函数。spineplot()该函数用于绘制棘状图，有以下两种语法结构：spineplot(x, y = NULL,
breaks = NULL, tol.ylab = 0.05,
off = NULL, ylevels = NULL,
col = NULL, main = "",
x
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2023-10-13 11:44:57
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## 如何用R语言构建复杂网络Bara模型
在生物、社会科学和信息科学等多个领域中，网络分析起着重要的作用。特别是在构建复杂网络时，Bara模型是一种常用的方法。本文将指导你如何使用R语言实现Bara模型，步骤清晰且包含所需代码。
### 流程概览
以下是实现Bara模型的步骤：
| 步骤 | 描述 |
|------|---------------
对于复杂问题和现象行为的研究，尤其是他们之间还有复杂的交互影响（complex interplay）的时候，网络分析（备用名：psychological networks, network analysis or network psychometrics）是个备选的好方法，这个方法火了也没几年，感兴趣的同学可以去学学，而且，如果你再能把网络图做的美点，应该各个审稿人都愿意看的。今天尝试给大家做个
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2023-08-09 16:38:02
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完整的数据分析流程定义研究问题,定义理想数据集,确定能够获取什么数据,获取数据,清理数据探索性分析,统计分析/建模(机器学习)等解释/交流结果(数据可视化),挑战结果,书写报告(Reproducible原则) 假设驱动 数据驱动 了解数据特征数据基础观测,变量,数据矩阵行叫做一次观测,列叫做一个变量值变量的类型 数值(连续, 离散)分类(无序, 有序)变量间的关系(对应不同的可视化方法和统计分析
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2023-07-07 14:41:32
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