一、一些基础概念及方法[1] Vellend M. Conceptual synthesis in community ecology. Q Rev Biol. 2010 Jun;85(2):183-206. doi: 10.1086/652373. PMID: 20565040.群落生态学的概念相对mess，这篇文章梳理了成种、漂变、选择和扩散在群落动态中的作用。[2] Cavender-Bar
系统发育树（Phylogenetic tree）又称为系统进化树，是用一种类似树状分支的图形来概括各物种之间的亲缘关系，可用来描述物种之间的进化关系。 1.系统发育树构建步骤 2.多序列比对 系统发育树构建的第一步是进行多序列比对，常用的软件包括MEGA， cluster X，Muscle，phylip等。（都很常用，就看哪个顺手）MEGA是最
# 如何在 Python 中实现系统发育树
在生物信息学和生态学中，系统发育树（Phylogenetic tree）是一种表示不同生物体之间进化关系的图形。在这篇文章中，我们将讨论如何在 Python 中实现一个简单的系统发育树。整个过程可以分成以下步骤：
| 步骤编号 | 步骤名称 | 描述 |
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原创
2024-09-21 05:25:58
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导读 本文将介绍三种使用VCF文件，构建系统发育树的方法，包括程序的安装，使用，已及系统发育树的可视
导读本文将介绍三种使用VCF文件，构建系统发育树的方法，包括程序的安装，使用，已及系统发育树的可视化与美化。1. VCF2DisVCF2Dis是一种新的简单高效的软件，用于计算基于VCF格式的距离矩阵1.1. 安装# 下载
wget -c https:/
分析步骤，有可能有错误，希望指正小故事数据预处理计算IBD计算pca系统发育树计算SNP分布情况。后记 小故事接到的小任务，对于大佬们来说可能不难，对于新手，却是要抓破脑袋。 两个养殖户的牛群跑到一个山头，牛群混了，有一头小牛不知道是谁家的，都坚称是自己的。他们自己掏钱找公司分别测序了两头母牛和小牛，数据送到导师手里。数据预处理1.得到的fastq文件，首先去除质量低的位点（QC）。 软件：NG
从头造轮子，邻接法重建系统发育树有感
Least-Square Estimation刚刚用BioNJ跑完了一波数据，老板和我说这个算法其实挺简单的，你可以自己写一个(主要是BIONJ软件本身和Philip以及MEGA对输入文件要求都比较严，不方便处理)，所以我初步学习了一下最原始的NJ树的构建方法算法源于 The Neighbor-joining Met
文章目录前言一、相关背景1.1 数据类型（本文介绍常见的两种）1.2 建树流程二、数据问题2.1数据集缺失2.2 数据不可适用问题三、建树方法介绍3.1简约法3.2似然法3.3贝叶斯法四、树如何进行最优化搜索4.1最近邻交换（NNI）4.2子树修剪和嫁接（SPR）4.3树分割和重连（TBR）五、系统发育树度量指标5.1树长5.2一致性指数5.3RF距离 前言本文是古生物谱系建树相关内容分享。 注
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2023-11-13 23:41:19
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在这篇博文中，我将为大家展示如何使用 Python 包构建系统发育树。这种树的生成能够帮助我们可视化生物信息学中的基因组和遗传关系。本文将从环境准备、分步指南、配置详解、验证测试、优化技巧、到扩展应用等几方面进行全面的介绍。
## 环境准备
首先，我们需要准备合适的软硬件环境。下面是更详细的软硬件要求。
**软硬件要求**：
- 操作系统：Linux 或 Windows 10
- Pytho
系统发育距离R语言的描述
在生态和进化生物学中，系统发育距离是用来定量描述物种之间的进化距离或相似性的。这种距离能够帮助研究者在构建系统发育树时理解物种之间的关系。在R语言中，系统发育距离的计算尤其重要，因为它确保了我们在数据分析和建模时能够准确地反映物种之间的演化关系。许多生态学和生物信息学的应用程序依赖于此。因此，理解和解决系统发育距离在R语言中出现的问题显得尤为关键。
问题背景
在某项
DNA序列系统发育树的构建是生物信息学中的一项重要任务，特别是在使用标准化工具库如BioPython时。这篇文章将引导你逐步使用BioPython实现DNA序列系统发育树的构建，清楚地描述版本对比、迁移指南、兼容性处理、实战案例、排错指南及性能优化，并配合丰富的图示和代码示例。
## 版本对比与兼容性分析
在使用BioPython进行DNA序列系统发育树构建时，不同版本之间可能存在不兼容的问题
1.分析软件 很多很多软件，最常用的有： MEGA PHYLIP 构建进化树一般的步骤是：序列比对，构树（距离法，独立元素法）
原创
2022-09-01 11:51:27
2026阅读
最近在学习 Bioinformatics with python cookbook 这本书第六章 Phylogenetics 的内容，了解到py...
原创
2022-03-09 10:43:02
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如果你也想丰富文章图，或者想与你所研究的基因进行深入交流那么你可能需要以下工具：进化树！！！简而言之，毕业无望，进化树来凑！一分钟了解 进化树进化树的全称叫系统发育树分析，系统发育树分析：又名分子进化树，是生物信息学中描述不同生物之间的相关进化关系的方法。通过系统学分类分析可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程，确定一个基因的进化历程。 它的样子是这样子的： 亦或者也是这个样子的：进化树构建总体流
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2024-05-23 22:59:55
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# 系统发育进化树的构建
## 引言
系统发育进化树是生物学中非常重要的工具，用于描述不同物种之间的关系。通过构建进化树，研究者可以追踪物种的演化历史，分析基因的变异模式，以及理解生态系统的复杂性。现在，Python已经成为构建与分析系统发育树的热门工具。本文将介绍如何使用Python构建系统发育进化树，并提供详细的代码示例。
## 系统发育树的基本概念
在生物学中，系统发育（phylog
原创
2024-09-21 06:07:56
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..
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2024-03-21 15:49:28
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摘要在开发新的视觉语言LLM（VL-LLM）时，通过从头开始进行大量的图像-文本对预训练可能非常耗时，因此，将现有LLM与相对轻量级的视觉提示生成器（VPG）连接起来成为一种可行的范式。但是，进一步调整VL-LLM的VPG部分仍然具有必不可少的计算成本，即需要数千个GPU小时和数百万个训练数据。一种替代解决方案是将VPG从任意现有VL-LLM迁移到目标VL-LLM。 在这项工作中，我们首次研究
上周四转载了微生态的《一文读懂进化树》，五天阅读人数已经2500+，而且有还多人留言求美化教程，今天将发放福利第一弹，Y叔创建的R包——ggtree，进化树美化神器。软件原文G Yu, DK Smith, H Zhu, Y Guan, TTY Lam. ggtree: an R package visualization and annotation of phylogenetic tre
# 如何在R语言中翻转系统发育树节点
系统发育树是生物学中一个重要的工具，可以帮助我们理解物种之间的演化关系。在R语言中，翻转系统发育树的节点可以用于改善树状图的可视化，或者从不同的角度理解系统发育关系。本文将指导你如何使用R语言翻转系统发育树的节点，整个过程将分为几个步骤。
## 整体流程
以下是翻转系统发育树节点的整体流程：
| 步骤 | 描述 |
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2024-08-29 06:45:33
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点击阅读原文跳转完整教案。1 Linux初探，打开新世界的大门1.1 Linux系统简介和目录
原创
2023-04-26 10:11:21
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自然微生物综述(2017 IF：31.851)于2018年5月23日在线发表了Rob Knight亲自撰写(一作兼通讯)的微生物组领域研究方法综述，不仅系统总结了过去，更为未来3-5年内本领域研究方法的选择，提供了清晰的技术路线，让大家走干道，少跳坑，做出更好的研究。值得本领域专业人士细心品读。Rob Knight (https://knightlab.ucsd.edu/)是谁你还不知道吗？他有多
