FastQC是一款基于Java的软件，一般都是在linux环境下使用命令行运行，它可以快速多线程地对测序数据进行质量评估（Quality Control），其官网地址为：Babraham Bioinformaticsfastx Toolkit 在使用FastQC之后，如果我们发现了一些问题（序列质量不高，），那么我们该使用什么样的工具，去解决这些问题呢？fastx Toolkit是包含处理fast
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2023-12-18 21:20:43
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1写在前面前面我们用WGCNA分析得到多个模块，其中有一些模块和我们感兴趣的表型或者临床特征是相关的。?接着就是要做模块的富集分析了，帮助我们了解这些模块的基因都有哪些已知的功能，涉及到哪些通路，在哪些疾病中最为重要。?现在这种做富集分析的包还是蛮多的，WGCNA包内也是内置了相关功能，不过首推的还是Y叔的clusterProfiler，在我心中真是YYDS。?2用到的包rm(list = ls(
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2023-12-08 16:08:41
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# Python在生物信息学分析中的应用
生物信息学是一门涉及生物学、计算机科学和统计学等领域的跨学科学科，用于处理和分析生物学数据。Python作为一种简单易学、功能强大的编程语言，在生物信息学领域得到了广泛的应用。本文将介绍Python在生物信息学分析中的应用，并通过一个简单的示例来展示其使用。
## Python在生物信息学中的优势
Python作为一种通用编程语言，在生物信息学领域有
原创
2024-05-18 04:37:12
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# 生物信息学分析与Python基础
## 引言
生物信息学（Bioinformatics）是一门融合生物学、计算机科学和数学的交叉学科，主要用于分析和解释生物数据，尤其是基因组、转录组和蛋白质组等大规模生物数据。Python作为一种易于学习、功能强大的编程语言，已成为生物信息学分析中常用的工具之一。
本文将探讨生物信息学分析的基本概念，并提供一些简单的Python代码示例，以帮助理解如何使
导语：生物信息学分析已经成为当前科研狗们的必备技能，但对于广大非生信专业的科研人员来说，Python，Perl和R语言这些高大上的专业生信技能似乎有些遥不可及，但其实我们完全不必和那些代码打交道，很多在线的网站就具有强大的分析作图功能。上期小编已经给大家分享了NCBI中的几个小工具(转录组分析是目前应用最为广泛的测序分析之一，最常见的目的是挖掘不同样品间的差异表达基因，并分析这些基因的功能注释和调
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2023-09-13 19:21:15
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image.png做这个题目之间必须要了解一些背景知识1.超几何分布超几何分布是统计学上一种离散概率分布。它描述了由有限个物件中抽出n个物件，成功抽出指定种类的物件的次数（不归还），称为超几何分布。2.富集分析的原理基于筛选的差异基因，或其他自己定义的一组基因，采用超几何检验，判断上调或下调基因在哪些GO或KEGG或其他定义的通路富集。假设背景基因的数目为m背景基因中某一通路的pathway中的基
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2024-01-24 15:32:14
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生信分析全景介绍概述 基因测序可以分为“湿”实验和“干”实验两个阶段。其中“湿”实验指的是将待测样本利用实验室方法进行核酸提取、文库构建（包括片段化、富集、扩增等一系列过程）到完成上机测序的实验过程，而“干”实验则是从得到下机数据开始，到完成生信分析和报告解读的整个过程。可以认为“湿“实验是对样本的处理，
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2023-11-12 13:05:14
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华大人思想还是很深刻的，但做研究就容易过于肤浅，还是需要好好设计实验，产生好的数据才能做好分析。 为什么要搞多组学？大一统的野心 为什么生物医学大家都在玩转录组的数据，单细胞也是主要搞转录组？蛋白组（蛋白修饰组）和代谢组的数据我现在都没玩过。建库测序的可靠性，转录组优于蛋白组和代谢组，但是灵敏度则相反转录组处于重要的调控位置，对机制可以进行深入探讨，而蛋白组和代谢组则不行&nb
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2024-03-12 14:49:08
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# Python在生物信息学分析中的应用
## 一、流程概述
为了实现生信分析，我们通常需要遵循以下步骤：
| 步骤 | 描述 |
| ---- | ---- |
| 1 | 数据获取 |
| 2 | 数据预处理 |
| 3 | 数据分析 |
| 4 | 结果可视化 |
## 二、详细步骤
### 1. 数据获取
在这一步骤中，我们需要获取生物信息学相关的数据集。可以通过公开数据库如N
原创
2024-02-25 04:25:42
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你好，我是林骥。很多时候，我们需要做一些重复性的工作，比如说，每个月制作类似的数据分析报告，整个框架是基本固定的，此时，我们可以采用 Python 来自动生成数据分析报告，把更多的时间和精力用在分析上面，而不是调整报告的格式。python-pptx 是一个能够自动创建和更新 PPT 文件的 Python 库，可以用来自动生成数据分析报告。下面，我以自己的个人数据为例，用 python-pptx 制
image.png下载好的文件大概格式如下image.png简单的了解一下都有什么A开头的grep "^A" hsa00001.kegimage.pngB开头的grep "^B" hsa00001.kegimage.pngC开头的(这一行是pathway行)grep "^C" hsa00001.kegimage.png黄色区域就表示keg
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2023-12-27 15:10:20
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目前人们对lncRNA认识还处在初级阶段，lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而大量研究表明，lncRNA在细胞核内、核外，通过染色质修饰，转录调控，转录后调控等多种方式调节基因表达，在肿瘤发生发展中具有重要作用。 一般来说，lncRNA功能研究的主线包含3个主要步骤：（1）高通量筛选。全转录组测序和lncRNA芯
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2023-10-17 20:46:23
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一是把linux系统玩得跟windows系统一样顺畅熟悉黑白命令行界面。如何连接服务器(xshell,putty,VNC~~~)，了解你在服务器上面有什么权限。左右鼠标单击双击如何实现？磁盘文件浏览如何实现？文件操作如何实现？绝对路径和相对路径区别？需要了解的命令有下面这些：pwd/ls/cd/mv/rm/cp/mkdir/rmdir/man/locate/head/tail/less/morec
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2024-03-21 17:55:27
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1写在前面最近实在是忙的不行，根本没时间更新，一到家就只想睡觉。?今天写个最近用到的分析方法，Weighted correlation network analysis (WGCNA)，是非常经典的生信分析方法了，现在被引有9913次了，马上就要破万啦。? 网上相关的教程也是不胜枚举，但多多少少是有些不尽人意的地方，有的少步骤，有的代码不全。? 这里在仔细阅读了官方手册后，在这里和大家一起认真地
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2023-11-01 19:37:41
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# 生物信息学分析中的R与Python：一个比较与实例
生物信息学（Bioinformatics）作为一个跨学科的领域，结合了生物学、计算机科学和统计学，其分析工具的选择至关重要。目前在生信分析中，R和Python都是备受青睐的编程语言。本文将探讨这两种语言在生信分析中的应用，并通过代码示例详细说明它们的优势。
## R语言在生信分析中的优势
R语言以其强大的统计分析功能和图形可视化能力，在
原创
2024-10-04 07:06:30
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生信分析平台方案推介，助力科研专注 专业 共赢 目前生信分析对计算性能和存储高并发性能都提出来新的要求，例如在基因测序分析中，基因序列数目庞大，对基因进行同源性搜寻、比对、分析、系统发育分析等需要对海量、复杂、多变的数据进行分析计算，因此需要用高性能计算（High Performance Computing，HPC）来进行基因数据的统计和分析。基因测序分析对高性能计算机的计算性能、内存容
此文章是通过学习瑞典国家生物信息学基础设施(NBIS) 所开放的单细胞分析教程加上网上所查找的资料，自身的理解所形成的，可能会有不足之处。该部分是对质控后的数据进行特征基因的选择和降维的过程。参考来源：https://nbisweden.github.io/workshop-scRNAseq/labs/compiled/seurat/seurat_01_qc.html感兴趣的话可以阅读原文。降维预
目录写在开头1. 介绍 lifelines 库1.1 lifelines库简介1.2 安装与环境配置2. 数据准备2.1 数据格式与结构2.2 处理缺失数据2.3 对异常值的处理3. Kaplan-Meier 曲线3.1 使用 lifelines 绘制生存曲线3.2 曲线解读3.3 额外补充4. Cox 比例风险模型4.1 lifelines 中的 Cox 模型4.1.1 数学公式4.1.2 C
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2024-09-22 15:58:38
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# Python在生物信息学中的应用
生物信息学是一个跨学科领域，借助生物学、计算机科学以及数学的工具和方法来理解生物数据。Python作为一种易于学习且功能强大的编程语言，成为了生物信息学分析中广泛使用的编程语言。以下将介绍一些Python中常用的生信分析包，并附上代码示例，以帮助初学者快速上手。
## 常用包概述
在生信分析中，常用的Python包有：
1. **Biopython**
在学习了生信大神孟浩巍的知乎Live “学习Python, 做生信”之后，对第二部分的文件信息处理部分整理了如下的笔记。一、fasta与fastq格式的转换1、首先需要了解FASTA和FASTQ格式的详解1）具体的详解看知乎专栏的这篇文章，写的很详细。https://zhuanlan.zhihu.com/p/207145402）关于FASTA主要分为两部分：第一行是“>”开始的储运存的序列描
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2023-08-09 15:28:17
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