Sentieon软件是通过改进算法模型实现性能加速(纯CPU环境，支持X86/ARM)，不依赖于昂贵高功耗的专用硬件配置（GPU/FPGA），不依赖专有编程语言；同时Sentieon软件针对几乎所有的短读长和长读测序平台进行了优化，是FDA多次公开挑战赛的连续赢家。本次评测展现了Sentieon软件在Intel Xeon平台上的卓越性能，是基因组二级分析的最佳解
1.先根据你的蛋白序列，输入到http://mcl1.ncifcrf.gov/dnaworks/，选择相应的物种，就可以自动给出该物种的优化序列。参考下面的这篇文章：DNAWorks: an automated method for designing oligonucleotides for PCR-based gene synthesis.http://nar.oxfordjournals.o
反密码子读码顺序的问题 (2014-06-30 18:25:29)正在上传…重新上传取消转载▼标签： 反密码子读码顺序的问分类： 高中教学 DNA分子模板链上的碱基序列携带的遗传信息最终翻译的氨基酸如下表,则右图所示的tRNA所携带的氨基酸是 A．赖氨酸 B．丙氨酸  
NKOJ 2406 翻译密码子 时间限制 : 10000 MS 空间限制 : 65536 KB 问题描述 DNA是一切细胞生物的遗传物质。它能指导蛋白质的合成，从而控制细胞的新陈代谢和生物的性状。 中心法则（genetic central dogma） 是所有有细胞结构的生物所遵循的法则，它的主要内容是遗传信息从DNA传递给mRNA，再从mRNA传递给蛋白质的转录和翻译的过程。 m
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2023-12-16 20:08:09
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密码子是按3个碱基翻译的，
所以从第一位开始翻译会得到一个氨基酸序列，
从第二位翻译会得到一个不同的氨基酸序列
从第三位开始又会得到一个不同的序列。
从第四位开始就会和第一个开始翻译的序列一样（因为这两个都是从序列里面的起始密码子开始翻译的），
所以相对于单链，会有3种翻译的方式，
同样的情况在互补链上也会有3种，所以就一共有六种翻译方式。读出六条序列，即6框翻译。
关于真核生物翻译的
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2024-07-04 22:33:29
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密码学是研究密码编制、密码破译和密钥管理的一门综合性应用科学。术语： 明文：被隐蔽的消息称作明文，通常用m表示。 Message，Plaintext密文：将明文隐蔽后的结果称作密文，通常用c表示。 Ciphertext 加密（ Encryption ）：将明文变换成密文的过程称作加密。脱密（ Decryption ）：合法用户由密文恢复出明文的过程称作脱密。密
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2024-01-02 16:52:53
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前言真核生物基因组存在64个密码子，这64个密码子编码20种不同的氨基酸和3个终止密码子，除蛋氨酸(Met)和色氨酸(Trp)外的所有氨基酸均由一个以上密码子编码。编码同一氨基酸的不同密码子互为同义密码子，不同的同义密码子被使用的频率并不一样，被频繁使用的密码子是“偏好密码子”，而其他密码子则是“非偏好密码子”，这种现象被称为“密码子偏好性”。 一般认为，密码子偏好性的成因是不同密码子对应的tRN
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2023-10-23 14:22:50
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文章目录摘要工具与方法操作方法step.1 构建参考基因组数据库step.2 比对序列step.3 获取query_idstep.4 获取比对序列结果展示 摘要很久没有整理工作笔记了，一方面个人有些倦怠，另一方面国内国际发生的事都牵动着许多人，我也不例外。趁着今天项目不多，记录一下最近的解决方案。 上周遇到一个想检测测序样品中是否包含预期的细菌物种。使用nr数据库比对以及metaphlan3进行
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2023-10-25 17:11:50
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# 密码子偏好性分析的R语言脚本
## 引言
在生物信息学中，密码子偏好性（Codon Usage Bias）是指在特定生物体中，不同密码子的使用频率差异。了解密码子偏好性对研究基因表达、蛋白质合成及进化生物学具有重要意义。本文将介绍如何使用R语言进行密码子偏好性分析，并通过示例代码进行说明。
## 何谓密码子
在基因组信息中，密码子是由三个核苷酸组成的遗传密码，用以编码氨基酸。不同的生物
这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。 就我目前而言，它用来解决如下问题：在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可能的突变位点，我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变，这些突变基因有哪些功能？差异表达分析之后会得到许多的基因，这些基因有什么样的特征？如果要进行基因富集分析，不可避免就需要知道他们的GO,KEGG等注释信息。如果一个基因没
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2023-08-24 11:20:26
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宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) 。是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature” , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因
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2024-01-05 17:15:27
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人类基因组参考基因组：GRCh38下载地址：ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/GRCh38_reference_genome/使用以上数据的有：https://github.com/chapmanb/cloudbiolinux/blob/master/ggd-recipes/hg38/bwa.yaml
原创
2023-01-04 10:54:56
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真核生物基因组的基因分析和预测一、摘要加深基因预测基本原理的理解（如密码子的偏好性、内含子外显子剪切识别序列等）；了解同源基因预测的意义所在；熟悉已有的基因预测的使用（如GenScan、GeneWise等）；二、材料和方法1、硬件平台处理器:Intel（R） Core（TM）i7-4710MQ CPU @ 2.50GHz 安装内存(RAM)：16.0GB2、系统平台Windows 8.1、Ubun
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2023-11-27 15:14:03
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# 使用Python比较基因组：新手指南
在当今的生物信息学研究中，基因组比较是一个非常重要的过程，它可以帮助我们理解不同生物之间的基因差异、进化关系以及功能性特点。对于刚入行的小白来说，可能不太清楚从哪里开始。本文将详细介绍如何使用Python来进行基因组比较的整个流程。
## 流程概述
下面是进行基因组比较的基本流程：
| 步骤 | 描述
1. 高通量测序是探索宏基因组学研究的一个工具1.1与参考基因组进行Mapping来重构宏基因组Reads许多微生物未被分离，数据库中无相关信息； 利用宏基因组Reads与当前已知数据库进行比较分析，可以对数据产生新的理解； 已测序的基因组是宏基因组Reads来源确定最可靠的基础，探索与先前基因组密切相关的生物体基因组结构； 从独立测序转变成从环境中直接测序感兴趣的生物体的开始； 已分
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2024-06-18 06:12:59
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题目要求:有一个DNA序列，用字符串S表示（仅包含’A’、’C’、’G’、’T’四种字符， 长度<100000）。现有N个待检测的基因片段（序号分别是1，2…N），用字符 串Ti（i=1，2…,N）表示（仅包含’A’、’C’、’G '、’T’四种字符，长度<1000）。 请分别检测DNA序列S中是否存在这些基因片段，并按下面输出说明格式依次输出检测结果。输入说明：第一行是DNA序列S。
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2023-11-01 17:55:00
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https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi[https://www.ncb...
原创
2022-07-16 00:29:38
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使用R语言的ggplot2包绘制子偏向性分析中的ENC-plot 到这一步有人遇到报错Error: `mapping` must be cr...
原创
2022-03-18 11:44:51
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文章目录什么是映射关系字典基本使用创建查询添加和修改删items()、keys()、values()其他方法字典的嵌套字典推导式集合 字典是Python中唯一实现映射关系的内置类型什么是映射关系类似于摩斯密码部分摩斯密码表字符密码字符密码字符密码A._F…_.K.B_…G__.L._…C..H…M__D_…I…N_.E.J.___O___其中 A 和._就是一对映射关系 K和._.又是另一对映射
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2024-05-31 15:19:30
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# 使用BioPython提取基因的起始密码子上下游300bp序列
## 引言
在生物信息学中，我们常常需要提取特定的基因序列。特别是对起始密码子的上下游序列提取，能够帮助我们更好地理解基因表达的调控。这篇文章将引导您使用BioPython库来提取基因的起始密码子（AUG）上下游300个碱基对（bp）序列。
## 流程概述
下面是提取序列的主要步骤：
| 步骤 | 描述 |
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