在生物信息学中，基因网络分析是一种用于理解基因之间相互作用的重要方法。特别地，R语言因其强大的数据分析和可视化能力，已成为生物数据科学家和研究人员的重要工具。本文将详细描述在R中进行基因网络分析的过程，涵盖从参数解析到最佳实践的各个方面。
### 背景定位
在基因网络分析中，我们需要在模型中考虑多个基因的相互关系。用户反馈指出，如何有效地处理和可视化这些基因之间的复杂关系是当前的主要挑战。
数据威斯康乳腺癌数据集由699个样本和11个特征组成，第一列为Sample code number (id number)，最后一列为Class: (2是良性, 4是恶性)，是需要预测的变量。其余几个特征的大小均介于1-10之间。数据可以在UCI的网站上得到。data <- read.csv("breast-cancer-wisconsin.data")
str(data)
levels(d
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2023-07-27 21:16:33
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1.compute 用训练好的NN计算给定向量的值语法：compute(x, covariate, rep = 1)参数： x ：神经网络对象 covariate ：变量 rep ：表示重复的次数2.confidence.interval 计算权重置信区间语法：confidence.interval(x, alpha = 0.05)3.gwplot 绘制广义权重语法：gwplot(x, re
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2023-09-19 12:33:11
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基础知识点
网络分析常用指标结果图和相关分析解释可参考如下链接文章 https://doi.org/10.1016/j.jad.2022.05.061 网络分析完整代码#加载网络分析所需要的工具包
library(qgraph)
library(networktools)
library(ggplot2)
library(bootnet)
#读入数据（每行代
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2023-11-18 22:47:41
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图论与网络模型——基于R图的定义构建图中的R函数把无向图变为有向图构建空图在图上添加边或者点简单图与完全图 图的定义从直观上看，所谓图就是由点与边组成的图形，如下图所示：定义：图G是一个偶对(V,E),其中V是一个非空集合，其元素u属于V称为图的定点；E是由V中的点构成的点对，E的元素e称为图的变或弧。若e是无序对，则称G为无向图，否则则成为有向图。若e=（u，v），则称u为e的起点，v为e的终
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2023-09-03 13:34:01
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笔者寄语：这里所有的应用代码都来自与igraph包。《R语言与网站分析》书中第九章关系网络分析把大致的框架已经描述得够清楚，但是还有一些细节需要完善，而且该书笔者没找到代码。。。————————————————————————————————————————一、关系网络数据类型关系网络需要什么样子的数据呢？ 笔者接触到了两种数据结构，擅自命名：平行关系型、文本型。根据数据
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2023-10-07 22:14:05
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Datasets（r自带数据包）
作者：王书宇
dating from #配对的病例对照数据，用于条件logistic回归
InsectSprays #使用不同杀虫剂时昆虫数目
iris #3种鸢尾花形态数据
LifeCycleSavings #50个国家的存款率
longley #强共线性的宏观经济数据
morley #光速测量试验数据
mtcars #32辆汽车在11个指标上的数据
Orcha
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2023-06-25 14:21:30
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1、为什么要用全卷积网络？ Faster RCNN在RoI Pooling后采用了全连接网络来得到分类与回归的预测，这部分全连接网络占据了整个网络结构的大部分参数，而目前越来越多的全卷积网络证明了不使用全连接网络效果会更好，以适应各种输入尺度的图片。 一个很自然的想法就是去掉RoI Pooling后的全连接，直接连接到分类与回归的网络中，但通过实验发现这种方法检测的效果很差，其中一个原因就是基础的
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2023-10-04 23:24:05
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# R语言网络分析绘图入门指南
网络分析是数据科学和数据可视化中的重要一环。在本指南中，我们将探索如何使用R语言进行网络分析和绘图。对于初学者来说，掌握基本流程和代码是非常重要的。以下是我们将遵循的步骤。
## 流程概览
我们将通过以下步骤进行网络分析：
| 步骤 | 描述 |
|------|------|
| 1 | 安装和加载必要的R包 |
| 2 | 创建图的数据框 |
原创
2024-09-02 04:03:00
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# 用R语言绘制桑基图、甘特图与饼状图
在数据可视化中，桑基图、甘特图和饼状图是三种常用的图形，能够帮助我们更清晰地理解复杂的数据关系。本文将介绍如何使用R语言绘制桑基图、甘特图和饼状图，并给出相关的代码示例。
## 一、桑基图
桑基图是一种用于显示流动的图形，通常用于展示不同类别之间的流动关系。我们可以使用`networkD3`包来绘制桑基图。
### 示例代码
首先，我们需要安装和加
注： 本文是R语言sf包的核心开发者和维护者——来自德国明斯特大学的地理信息学教授：
Edzer Pebesma 的一篇关于sf包的简介，发表于2018年7月的R语言期刊，主要讲述了sf的定位、功能、开发现状及现存问题和今后展望，sf包是一个非常了不起的工具，在R语言中引入了空间数量分析领域通用的标准规范（simple feature），结合tidyverse工具箱组合
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2023-06-30 18:38:28
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# R语言网络模块
在数据科学和机器学习领域，网络分析是一种重要的工具。它可以帮助我们理解和分析复杂的关系和交互。R语言是一种流行的数据分析和统计编程语言，提供了一些强大的网络分析工具包，使我们能够在R环境中实现各种网络分析任务。
## 网络模块介绍
在R语言中，有几个常用的网络模块可以帮助我们进行网络分析。下面是其中几个重要的模块：
1. igraph：提供了各种网络构建、分析和可视化功
原创
2023-07-08 09:18:53
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1.单因素方差分析：适用于单因素A有两个水平或以上，研究个水平对因变量的影响正态假设条件：W检验shapiro.test():原假设为数据来自正态分布方差齐性条件：Bartlett检验（主要用于正态分布的数据） bartlett.test(x, g, ...)x是数据向量或列表（list）；g是因子向量，如果x是列表则忽略g。 当使用数据集时，也可以通过formula调用函数&
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2023-06-25 20:40:28
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http://blog.sina.com.cn/s/blog_597fcb450100c3um.html 【转】R与SAS、SPSS的比较 (2009-03-05 20:29:40)
转载 标签： 教育分类： 学习R与SAS、SPSS的比较R语言 R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是
高级数据管理数值和字符处理函数数学函数函数描述np.abs(x)绝对值np.sqrt(x)平方根np.ceil(x)大于x的最小整数np.floor(x)小于x的最大整数np.trunc(x)向0截取x中的整数部分np.round(x, decimals=2)将x舍入为指定位的小数np.cos(x)/sin(x)/tan(x)余弦/正弦/正切np.arccos(x)/arcsin(x)/acrta
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2024-07-12 18:50:33
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R语言和集算器吸引人的地方之一在于，它们的代码风格都比较敏捷，用简短的代码就可以实现丰富的功能。比如都可以写出”Vector Computing”表达式，对判断语句都进行了简化，都可以把基础函数扩展成高级函数，都支持泛型。其中向量化计算的特点是用函数和运算符处理批量数据，避免循环语句。这将带来2个优点：使程序员可以轻松掌握，降低学习成本；方便实现计算，提高性能。下面用几个例子来比较一下R和集算器在
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2023-08-18 13:01:45
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加载可能用到的包library(xml2)
library(rvest)
library(reshape2)
library(ggplot2)
library(dplyr)读取数据打开数据来源的链接，鼠标点击右键检查，将内容复制到文本文件中，我这里命名为new1.txtpage"new1.txt")
JokicJokic[[9]]
list(Jokic)
df1colnames(df1)首先看一看
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2023-11-03 12:30:17
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（注明：以下文章均在Linux操作系统下执行）一、R语言简介R语言是用于统计分析，图形表示和报告的编程语言和软件环境。R语言由Ross Ihaka和Robert Gentleman在新西兰奥克兰大学创建，目前由R语言开发核心团队开发。R语言的核心是解释计算机语言，其允许分支和循环以及使用函数的模块化编程。R语言允许与以C，C ++，.Net，Python或FORTRAN语言编写的过程集
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2023-07-23 20:22:52
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下面录入文法文件，运行ANTLRWorks点击“File– New”菜单新建文法文件，在新文件中将前面的文法录入。（我的网站中有本书所有示例源代码，但我建议您还是手工录入一遍。这样您会有更好的学习效果。）录入文法后点击“File – Save” 菜单文件名为“E.g”。然后点击“Generate–GenerateCode”，如果ANTLRWorks提示“The grammar has been s
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2023-12-25 13:47:17
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R语言︱情感分析—基于监督算法R语言实现笔记。可以与博客 R语言︱词典型情感分析文本操作技巧汇总（打标签、词典与数据匹配等）对着看。 词典型情感分析大致有以下几个步骤：训练数据集、neg/pos情感词典、分词+数据清洗清洗（一、二、三级清洗步骤）、计算情感得分、模型评价 ———————————————————————————————————————————— 
