在生物信息学中，基因网络分析是一种用于理解基因之间相互作用的重要方法。特别地，R语言因其强大的数据分析和可视化能力，已成为生物数据科学家和研究人员的重要工具。本文将详细描述在R中进行基因网络分析的过程，涵盖从参数解析到最佳实践的各个方面。
### 背景定位
在基因网络分析中，我们需要在模型中考虑多个基因的相互关系。用户反馈指出，如何有效地处理和可视化这些基因之间的复杂关系是当前的主要挑战。
数据威斯康乳腺癌数据集由699个样本和11个特征组成，第一列为Sample code number (id number)，最后一列为Class: (2是良性, 4是恶性)，是需要预测的变量。其余几个特征的大小均介于1-10之间。数据可以在UCI的网站上得到。data <- read.csv("breast-cancer-wisconsin.data")
str(data)
levels(d
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2023-07-27 21:16:33
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1.compute 用训练好的NN计算给定向量的值语法：compute(x, covariate, rep = 1)参数： x ：神经网络对象 covariate ：变量 rep ：表示重复的次数2.confidence.interval 计算权重置信区间语法：confidence.interval(x, alpha = 0.05)3.gwplot 绘制广义权重语法：gwplot(x, re
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2023-09-19 12:33:11
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基础知识点
网络分析常用指标结果图和相关分析解释可参考如下链接文章 https://doi.org/10.1016/j.jad.2022.05.061 网络分析完整代码#加载网络分析所需要的工具包
library(qgraph)
library(networktools)
library(ggplot2)
library(bootnet)
#读入数据（每行代
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2023-11-18 22:47:41
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图论与网络模型——基于R图的定义构建图中的R函数把无向图变为有向图构建空图在图上添加边或者点简单图与完全图 图的定义从直观上看，所谓图就是由点与边组成的图形，如下图所示：定义：图G是一个偶对(V,E),其中V是一个非空集合，其元素u属于V称为图的定点；E是由V中的点构成的点对，E的元素e称为图的变或弧。若e是无序对，则称G为无向图，否则则成为有向图。若e=（u，v），则称u为e的起点，v为e的终
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2023-09-03 13:34:01
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笔者寄语：这里所有的应用代码都来自与igraph包。《R语言与网站分析》书中第九章关系网络分析把大致的框架已经描述得够清楚，但是还有一些细节需要完善，而且该书笔者没找到代码。。。————————————————————————————————————————一、关系网络数据类型关系网络需要什么样子的数据呢？ 笔者接触到了两种数据结构，擅自命名：平行关系型、文本型。根据数据
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2023-10-07 22:14:05
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Datasets（r自带数据包）
作者：王书宇
dating from #配对的病例对照数据，用于条件logistic回归
InsectSprays #使用不同杀虫剂时昆虫数目
iris #3种鸢尾花形态数据
LifeCycleSavings #50个国家的存款率
longley #强共线性的宏观经济数据
morley #光速测量试验数据
mtcars #32辆汽车在11个指标上的数据
Orcha
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2023-06-25 14:21:30
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1、为什么要用全卷积网络？ Faster RCNN在RoI Pooling后采用了全连接网络来得到分类与回归的预测，这部分全连接网络占据了整个网络结构的大部分参数，而目前越来越多的全卷积网络证明了不使用全连接网络效果会更好，以适应各种输入尺度的图片。 一个很自然的想法就是去掉RoI Pooling后的全连接，直接连接到分类与回归的网络中，但通过实验发现这种方法检测的效果很差，其中一个原因就是基础的
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2023-10-04 23:24:05
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# R语言网络分析绘图入门指南
网络分析是数据科学和数据可视化中的重要一环。在本指南中，我们将探索如何使用R语言进行网络分析和绘图。对于初学者来说，掌握基本流程和代码是非常重要的。以下是我们将遵循的步骤。
## 流程概览
我们将通过以下步骤进行网络分析：
| 步骤 | 描述 |
|------|------|
| 1 | 安装和加载必要的R包 |
| 2 | 创建图的数据框 |
原创
2024-09-02 04:03:00
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# 用R语言绘制桑基图、甘特图与饼状图
在数据可视化中，桑基图、甘特图和饼状图是三种常用的图形，能够帮助我们更清晰地理解复杂的数据关系。本文将介绍如何使用R语言绘制桑基图、甘特图和饼状图，并给出相关的代码示例。
## 一、桑基图
桑基图是一种用于显示流动的图形，通常用于展示不同类别之间的流动关系。我们可以使用`networkD3`包来绘制桑基图。
### 示例代码
首先，我们需要安装和加
注： 本文是R语言sf包的核心开发者和维护者——来自德国明斯特大学的地理信息学教授：
Edzer Pebesma 的一篇关于sf包的简介，发表于2018年7月的R语言期刊，主要讲述了sf的定位、功能、开发现状及现存问题和今后展望，sf包是一个非常了不起的工具，在R语言中引入了空间数量分析领域通用的标准规范（simple feature），结合tidyverse工具箱组合
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2023-06-30 18:38:28
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# R语言网络模块
在数据科学和机器学习领域，网络分析是一种重要的工具。它可以帮助我们理解和分析复杂的关系和交互。R语言是一种流行的数据分析和统计编程语言，提供了一些强大的网络分析工具包，使我们能够在R环境中实现各种网络分析任务。
## 网络模块介绍
在R语言中，有几个常用的网络模块可以帮助我们进行网络分析。下面是其中几个重要的模块：
1. igraph：提供了各种网络构建、分析和可视化功
原创
2023-07-08 09:18:53
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1.单因素方差分析：适用于单因素A有两个水平或以上，研究个水平对因变量的影响正态假设条件：W检验shapiro.test():原假设为数据来自正态分布方差齐性条件：Bartlett检验（主要用于正态分布的数据） bartlett.test(x, g, ...)x是数据向量或列表（list）；g是因子向量，如果x是列表则忽略g。 当使用数据集时，也可以通过formula调用函数&
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2023-06-25 20:40:28
273阅读
在计量经济学中，经常要对时间序列数据进行回归建模。时间序列数据通常具有异方差（Heteroscedasticity）和自相关（Autocorrelation）的性质，此时使用传统的最小二乘法（OLS）估计回归参数虽然仍可得到参数的无偏估计，但是传统方法计算出来的参数方差具有偏差，会导致参数的t检验不准确，常出现虚假显著的情况。为避免这种情况，计量经济学中常对上述参数的方差进行调整，最常用的是N
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2023-09-14 13:09:06
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R操作关系型数据库基本要求： R语言基础，懂得一定SQL语法， 懂得使用搜索引擎目标： 学会使用DBI操作SQLite数据库简介R本身不具备数据库操作能力，需要额外的扩展包--DBI(database interface)。DBI将数据库管理分为前端和后端。用户在前端使用对应的API, 经由DBI转换成相应的底层操作.DBI分为三个部分：数据库驱动， 负责与数据库进行交互，比如说与SQLite数据
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2024-04-26 09:20:49
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R语言七天入门教程二：认识变量与运算符一、什么是变量1、变量顾名思义，我们可以将变量理解为“可以改变的量”，是计算机语言中能储存计算结果或能表示值的抽象概念。这里的值可以是数字，也可以是其他数据类型（例如，字符串，逻辑类型等）。变量在程序运行过程中，其值是可以发生改变的。2、常量对于常量，我们可以将其理解为”固定的量“，会直接写在程序中。在程序运行过程中，常量的值不会发生变化。例如，数值123在程
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2023-08-31 09:30:29
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R语言如何计算矩阵的行均值？目录R语言如何计算矩阵的行均值？R语言是解决什么问题的？R语言如何计算矩阵的行均值？R语言是解决什么问题的？R 是一个有着统计分析功能及强大作图功能的软件系统，是由奥克兰大学统计学系的Ross Ihaka 和 Robert Gentleman 共同创立。由于R 受Becker, Chambers & Wilks 创立的S 和Sussman 的Scheme 两种语
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2023-08-07 10:38:41
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上一节我们对自然语言处理中词性标注的基本问题进行了描述，从本节开始我们将详细介绍HMM与词性标注的关系以及如何利用HMM进行词性标注。首先回顾一下隐马尔科夫模型(HMM)的定义和三大基本问题，并由此与词性标注的基本问题进行一个对比。 隐马尔科夫模型(HMM)是什么？说白了，就是一个数学模型，用一堆数学符号和参数表示而已，包括隐藏状态集合、观察符号集合、初始概率向量pi, 状态转移矩阵A，混
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2023-11-01 21:50:42
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玩转数据可视化之R语言ggplot2?个人主页：JoJo的数据分析历险记
?个人介绍：小编大四统计在读，目前保研到统计学top3高校继续攻读统计研究生?如果文章对你有帮助，欢迎关注、点赞、收藏、订阅专栏本系列主要介绍R语言ggplot2的使用参考资料:ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis文章目录玩转数据可视化之R语言ggplot2?7.ggplot
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2023-07-04 14:12:26
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在R语言编译器中，设置当前工作文件夹可以用setwd()函数。> setwd("e://桌面//")> setwd("e:\桌面\")> setwd("e:/桌面/")这三种结构都是可以编译通过的，但是在VS C#中却不行，只有一种能运行成功。（PS：R语言在VS中运行要先配置环境，还没配置的童鞋先要配置好，才可运行，如有问题可看我前面的随笔。）就是这种结构，engine.Eva
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2023-05-26 08:50:28
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