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一、测序原理先介绍 Nanopore 测序中的几位主角:Reader :在自然界中,有一种可以嵌入到细胞膜中作为离子或分子通道的跨膜蛋白,具有天然的蛋白纳米孔。经过人为基因工程修饰后,得到的就是 Nanopore 测序所需的 Reader 蛋白。Membrane:Reader 蛋白会被嵌入到高电阻率的 Membrane
原创 2022-03-08 15:57:57
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简介二代测序最常用的质量评估软件是FastQC,多样本时可进一步结合MultiQC。此外速度超快的fastp也特别推荐,而且包括质量评估、质量控制等功能,可以说是国产软件之光,详见下方详细教程:数据的质量控制软件——FastQC整合QC质控结果的利器——MultiQC极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp三代纳米孔(Nanopore)测序数据与二代Illumina测序数据相比,具有读长更长
大家好,这是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。2020年03月,《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章,详细介绍了染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享:一、介绍(Introduction)染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白修饰分析(如增强子分析和全
论文​​https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02244-4​​Ratatosk: hybrid error correction of long reads enables accurate variant calling and assembly​​https://github.com/Decod
原创 2022-03-28 10:09:37
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论文 High-quality Arabidopsis thaliana Genome Assembly with Nanopore and H...
原创 2022-03-17 11:52:42
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近日,Wing-Kin Sung(宋永健)博士在Nature Methods发文Creating diploid assemblies from Nanopore and Illumina rea
原创 2024-06-22 15:23:39
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https://github.com/jts/nanopolish nanopolish Software package for signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate a
原创 2023-11-02 11:44:17
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近几年来Pacific Biosciences (PacBio) 和 Oxford Nanopore Technologies (ONT) 等第三代长读长测序或单分子实时测序技术在读长
转载 2024-03-21 16:18:02
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高质量的参考基因组是基因组学研究的基础,随着Nanopore长读长测序及PacBio HiFi高准确性测序技术的不断发展,端粒到端粒(telome技...
原创 2024-10-30 22:16:03
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目前主流三代测序平台除了Oxford 家的 Nanopore,还有 Pacific Biosciences(简称 PacBio)公司的 Single Molecule Real-Time(SMRT)Sequencing。该平台的优势在于: 在不会影响吞吐量和准确性的前提下,提供目前最长的 25 kb 的 Reads 长度如果不含系统误差,准确度可达 99.999%,这样高质量的
一代、二代、三代测序技术简要原理及比较1.一代测序1.1 Sanger测序2.二代测序2.1.Illumina Solexa合成测序2.2.Roche 454焦磷酸测序2.3.ABI SOLiD连接法测序2.4.BGI(华大基因):纳米球测序3.三代测序3.1.Oxford Nanopore公司:[纳米孔测序技术]3.2.Pacific Bioscience公司:[单分子实时荧光测序技术SMRT
转载 2024-04-04 07:04:42
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