导读 本文将介绍T2T基因组，并提供一份基因组组装的资料，其中包含：基因组组装数据和组装策略介绍；染
导读本文将介绍T2T基因组，并提供一份基因组组装的资料，其中包含：基因组组装数据和组装策略介绍；染色体水平基因组组装；基因组补洞；着丝粒和端粒分析等，获取方式见文末。简介随着物种基因组研究的不断发展，测序技术的不断提升，物种基因组的连续性和完整性也都得到
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2023-11-11 21:25:49
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1. 前期准备 背景信息： GC含量 和 GC分布 基因组 重复程度 基因组大小估计 杂合情况 最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息，尤其是GC含量以及对应的GC分布，重复程度。 2. 测序策略 根据基因组大小和具体情况选择个大概的 k值 ，根据“测序X数推导说明.pd
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2016-06-12 15:05:00
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目录基因组特征评估Survey简单植物基因组组装高杂合基因组组装高重复基因组组装高倍性基因组组装植物泛基因组组
原创
2023-11-17 11:47:24
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欢迎关注"生信修炼手册"！velvet是由EMBL-EBI开发的一款基因组组装工具，官网如下https://
原创
2022-06-21 05:44:48
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欢迎关注"生信修炼手册"！spades这款de novo基因组组装软件， 适用于细菌/真菌等小型基因组的组装
原创
2022-06-21 05:51:14
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欢迎关注"生信修炼手册"！对于不同kmer或者不同软件的基因组组装结果，我们通常会通过N50等指标来进行评估
原创
2022-06-21 05:51:01
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欢迎关注”生信修炼手册”!得到一个物种的参考基因组是开展后续结构和功能基因挖掘的前提，通过高通量测序可以快速
原创
2022-09-05 13:32:57
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欢迎关注"生信修炼手册"！基因组的的大小，杂合程度等因素都影响基因组组装的难易程度，目前市场上主流的有以下两
原创
2022-06-21 05:44:41
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组装策略 二代测序平台如Illumina、BGI，稳定可靠，数据质量高，成本低，读长短。 三代测序平台如PacBio、N=
原创
2022-09-01 09:48:47
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1. 什么是单倍型？ 同源染色体：同源染色体，一个来自母本，一个来自于父本。 单倍型：单倍体基因型的简称。遗传学上
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2022-09-01 09:59:01
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NOVOPlasty 是一个perl脚本，没有依赖任何其他软件，下载好以后直接可以使用。
原创
2022-03-18 11:20:37
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做完基因组组装后，通常要评估基因组的质量，目前可以采用二三代数据比对回基因组看比对率和coverage，BUSCO，LAI等。转录组数据比对率也是我们常用的方法，通常可以排除转录组数据是否存在问题，也方便在后续注释中排除转录组数据样本的问题。 可以用HiSAT2比对来查看比对率： pe1=5_1.c ...
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2021-10-29 14:27:00
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1. 主要纠错类型 上篇HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错？我吐槽了Juicebox操作麻烦，且没有详细文档。今天在3d-dna流程3D de novo assembly (3D-DNA) pipeline中，终于找到Juicebox的官方文档了：http://aidenlab.or
原创
2022-09-01 09:30:20
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欢迎关注"生信修炼手册"！GAGE全称Genome Assembly Gold-Standard Evalu
原创
2022-06-21 05:50:46
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欢迎关注"生信修炼手册"！ALLPATHS-LG 是由Broad Institiute研究所发明的一款基因组
原创
2022-06-21 05:51:06
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欢迎关注”生信修炼手册”!hi-c一次建库可以获取全基因组范围内的染色质互作信息，从而去研究染色质三维结构的
原创
2022-06-21 09:14:20
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1. 建立项目团体 多机构合作，数据和利益共享。 2. 收集目标基因组信息 考虑的因素： 基因组大小、倍性、杂合性、G
原创
2022-09-01 09:48:15
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参考： 视频PPT来自欧易生物讲座：如何开启一个动植物基因组三代de novo项目？
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2022-09-01 11:35:58
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更新2021年1月27号 文末我给出了我自己的3款软件使用测评，但是仅仅是软件的使用角度，并没有考虑结果的可靠性，而且这篇论文自己也没有看完，仅...
原创
2022-03-18 11:17:26
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长读长组装发展 2012：三代组装、二代校正；耗资源，适合小基因组，如细菌，4-15%错误率 2013：三代组装、三代校正；仍然只适用小的 2014：华夏一号（中国人三代参考基因组） 2016：Falcon/Falcon-Unzip，三代Pacbio二倍体真核生物 2017：ONT UItralon
原创
2022-09-01 10:57:17
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