# Python解析基因本体文件
作为一名经验丰富的开发者，我可以帮助你学习如何使用Python解析基因本体文件。在本文中，我将为你提供一个完整的步骤流程，并为每个步骤提供相应的代码和注释说明。
## 整体流程
首先，让我们来看一下解析基因本体文件的整体流程。下面的表格展示了每个步骤以及需要执行的操作。
| 步骤 | 操作 |
| --- | --- |
| 步骤一 | 导入所需的库和模块
原创
2023-08-17 12:19:05
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“GEO、NCDB、TCGA、SEER数据库这些我都知道，但OMIM是什么鬼？OMIM（Online Mendelian Inheritance in Man）数据库，中文称在线人类孟德尔遗传数据库。OMIM包括了现在所有已知的遗传病和超过15000个基因的信息。OMIM侧重于疾病表型与其致病基因之间的关联。”也就是说当你知道某个病的时候，但不知道它受什么基因影响——选OMIM数据库！当你知道某个
软体动物是海洋中最大的门类，是仅次于节肢动物的第二大无脊椎动物门，约占所有命名海洋生物的 23%，软体动物系统学仍在不断变化，人类活动的增加影响了软体动物的繁殖和发育，对多样性和分类产生了强烈影响。然而，软体动物未描述物种的比例非常高，许多分类群的研究仍然很少。凌恩合作客户烟台大学生命与健康大数据中心构建了软体动物线粒体基因组数据库MODB，数据库收集了616种具有线粒体基因组信息的物种，该数据库
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2024-05-22 06:12:22
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简介基因组分类数据库：GENOME TAXONOMY DATABASE网址：https://gtdb.ecogenomic.org/该数据库已经于2018/2020连续发表两篇Nature Biotechnology，软件于2019发表于Bioinformatcs，即可为细菌分类提供参考数据库，同时提供了物种分类、进化树构建的全套工具，绝对是服务到家的好工具。该数据库发布2年，引用700余次，瞬间
假设我们想搜具有某种功能的一类基因，比如具有激酶活性的基因，我们应给怎么办呢？gene ontology（http://www.geneontology.org/）,可以大致翻译为基因注释的数据库就可以帮上忙了。个人理解对于本体（ontology）的解释就是最终认识，即对于以前的不明了和不方便的基因的注释来联系起来，最终让生物学家方便的搞科研。下面摘抄了在生物统计学家园网站上的三个帖子
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2024-07-10 19:06:48
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# TCGA数据库与Python基因表达数据分析
癌症基因组图谱（Cancer Genome Atlas, TCGA）是一个旨在加深我们对癌症生物学理解的重要数据库。TCGA项目汇集了大量的基因组数据和临床信息，为研究人员提供了宝贵的资源。本文将探讨如何使用Python从TCGA数据库中提取基因表达数据，并展示一些数据可视化的方法，包括饼图和状态图。
## 获取TCGA基因表达数据
TCGA
基因数据库收集：1.千人基因组数据库：1092人基因库，250T左右介绍：http://www.1000genomes.org/下载地址：uk：ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/NCBI FTP Site : ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftpAmazon S3 :&nb
原创
2023-01-04 10:54:06
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基因融合指的是两个或者多个基因的部分序列结合到一起形成了一种新的基因。随着高通量测序的发展，我们可以利用二代测序的数据来鉴定出发生在不同疾病当中的融合基因，所以也就出现了很多来寻找融合基因的数据库。今天就来给大家介绍几个融合基因查询的数据库。 TumorFusions(https://www.tumorfusions.org/)提到高通量测序的数据，肯定是绕不开TCGA的数据库。那么庞大的测序量
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2024-07-08 20:16:16
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记录如果我在已经有了基因名的情况下，可以有几种方法1.通过NCBI的GENE数据库1）首先进入到https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/中，然后选择你要的基因2）例TP53,需要观察物种 3）选择并点击，进入，ctrf + F,输入 NCBI Reference Sequences (RefSeq) ，查询这个基因所具有的转录本 ，结果如下 总结：这种方法适用于基因个数比
本文采用两个不同品种的拟南芥进行全基因组比对和变异检测。这种比对方法使得每个相对应的染色体名称都一样。并且对于两个相同物种之间存在倒位等染色体变异，它的全基因组比对过程也是类似的。两个基因组进行从头到尾的碱基水平上的全基因组比对。1.下载基因组的序列文件和参考基因组的注释文件使用gean工具进行从sdi格式转化为fasta格式。#如果没有安装GEAN，可以通过以下方式进行安装，这只是文件格式的转化
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2024-01-30 10:00:36
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# R语言基因数据库简介及其应用案例
## 1. 引言
随着生物学和遗传学研究的深入，人们对基因组学数据的需求越来越大。基因数据库是存储和管理基因组学数据的重要工具，可以帮助研究人员获取、整理和分析基因数据。其中，R语言基因数据库是一种常用的工具，能够方便地进行生物信息学数据的处理和分析。本文将介绍R语言基因数据库的基本概念、使用方法，并通过一个具体的案例来展示其应用。
## 2. R语言基因
原创
2023-08-01 15:55:01
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欢迎关注”生信修炼手册”!在进行融合基因的分析时，我们会想要知道哪些融合基因是别人已经发现并证实过的，对应的
原创
2022-06-21 09:12:12
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相信，基因信息检索涉及到我们每个科研实验人员每天的日常实验中，而用的多的几个数据库莫过于NCBI RefSeq，Ensemble，mirBase三个数据库。那这三个数据库中基因信息都是根据什么规则来命名的呢？一、NCBI RefSeqNCBI RefSeq(美国国立生物技术信息中心参考序列库)是目前世界上最具有权威性的序列数据库，该数据库中所有的数据是一个非冗余的、提供参考标准的数据，包括染色体、
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2024-06-28 06:18:35
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欢迎关注”生信修炼手册”!GTEx全称如下Genotype-Tissue Expression该项目对来自人
原创
2022-06-21 09:27:35
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# Python处理基因表达综合数据库的入门指南
处理基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）是生物信息学中的一项重要工作。对于初学者来说，了解整个流程和相应的Python代码至关重要。本文将为你梳理处理GEO数据的基本步骤，并提供示例代码。
## 流程概述
| 步骤 | 描述 |
|------|------|
| 1 | 数据下载：从GEO网站获
原创
2024-10-19 04:46:32
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前两次我们讲了数据挖掘中比较常见的两类方法。这次我来介绍一下ensemble（集成技术），总的来说，ensemble技术是归类在分类中的。它的主要原理是通过集成多个分类器的效果来达到提高分类效果的目的。简单我们可以通过两张图片来看看集成的效果：图一为多个基分类器单独工作时的分类效果图。图二为集成分类器的分类效果。我们可以看到集成分类器的分类曲线明显会平滑的多。来个比喻，在一件事情的表决上面，一个人
欢迎关注”生信修炼手册”!Gene Ontology, 中文名叫做基因本体论，采用GO terms描述基因产
原创
2022-06-21 05:49:52
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欢迎关注”生信修炼手册”!Gene Set Enrichment Analysis，中文名称为基因集富集分析
原创
2022-06-21 06:12:50
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大佬的记录EasyEnsemble：一种简单的不平衡数据的建模方法（附测试代码）桔了个仔旅居新加坡/AI风控/数据科学/FinTech/码农102 人赞同了该文章摘要虽然我这里洋洋洒洒写了2000字，但实际原理我一句话就能讲完，那就是”通过重复组合正样本与随机抽样的同样数量的负样本，训练若干数量分类器进行集成学习“。但为了让大家对这个算法有深入的了解，还是写一篇详细的文章，顺便跑个数据
欢迎关注”生信修炼手册”!驱动基因的识别是肿瘤基因组学研究中的一项重要内容，NCG是一个肿瘤驱动基因的数据库
原创
2022-06-21 09:58:21
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