在这个博文中，我们将深入探讨如何使用 Java 处理 SRA（Sequence Read Archive）数据。SRA 数据是生物信息学中的重要数据格式，通常用于存储高通量测序的数据。处理这些数据不仅要求我们具备扎实的编程技能，更需要理解数据的结构和处理流程。本文将详细介绍问题背景、错误现象、根因分析、解决方案、验证测试，以及预防优化。
## 问题背景
在现代生物信息学中，处理 SRA 数据的
1.需求编写的五子棋程序中，有存盘退出和续上盘的功能。因为该二维数组的很多值是默认值0，因此记录了很多没有意义的数据，为了压缩存储所以采用稀疏数组。2.基本介绍当一个数组中大部分元素为０，或者为同一个值的数组时，可以使用稀疏数组来保存该数组。处理方法：记录数组一共有几行几列，有多少个不同的值把具有不同值的元素的行列及值记录在一个小规模的数组中，从而缩小程序的规模3.应用实例1）使用稀疏数组，来保留
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2023-11-14 03:16:28
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简介SRA数据库是美国国立卫生研究院（NIH）的高通量测序数据的主要归档，是国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的一部分，其中包括NCBI序列读取存档（SRA），欧洲生物信息学研究所（EBI）和DNA数据库 日本（DDBJ）。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。SRA数据库数据来自高通量测序平台（Roche 454 GSSystem®，Illumina GenomeAnal
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2023-07-29 20:33:32
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http://www.ebi.ac.uk/ena/about/sra_format Read metadata format Metadata is represented using XML documents. For detailed infor
原创
2023-11-08 09:08:18
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编者按二代测序技术的出现导致产生了海量的数据，它们需要数据库的辅助才能方便人们的查询和使用。在美国国立生物技术信息中(NCBI)的诸多数据库中传统测序数据(如毛细管电泳产生的测序数据)的存储有TraceArchives数据库，但不适合存储高通量测序数据；GEO数据库用于存储高通量的芯片实验数据，在SRA未建立之前，GEO数据库也用于存储高通量测序数据，但随着高通量测序数据的累积，专门用于存储此类数
原创
2021-03-28 06:48:29
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使用SRAdb V2获取SRA数据安装SRAdbV2包install.packages('BiocManager')BiocManager::install('seandavi/SRAdbV2')使用S
原创
2023-11-02 10:42:43
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引用网址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=prefetchhttp://blog.csdn.net/likelet/article/details/8226368http://liuwei441005.blog.163.com/blog/static/135705811201449350
原创
2016-01-14 14:30:29
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sra数据的下载 1、打开ncbi官网，（测试的数据连接： https://genome.cshlp.org/content/24/8/1308.long） 2、 3、 4、依次点击 5、选择下载工具下载即可
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2021-07-31 11:40:00
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1. 下载官网下载：http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?listcsdn下载：安装$ tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz$ ./aspera-...
原创
2022-03-08 14:18:06
2264阅读
前言测序成本的降低和测序速度的增加导致提交到SequenceReadArchive(SRA)的数据呈爆炸性增长，于是NCBI推出了SRAtoolkit技术来对数据进行压缩，以减少存储成本，SRAtoolkit可以从SRA数据库读（“dumping”）序列文件，也可以将文件写("loading")成.sra格式。由于使用了完全索引的柱状数据库（fullyindexedcolumnardatabase
原创
2021-03-28 06:47:51
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做RFM分析的时候要知道RFM分析的数据格式有两种： 一种是交易数据，也就是每次交易占用一行，关键变量是客户ID、交易日期和交易金额； 另一种是客户数据，就是每个客户占用一行，关键变量是客户ID、交易金额、交易次数和最近交易日期。为了保证数据的准确性，建议采用交易数据格式进行分析，实际上交易数据是可以整理成为客户数据的，而客户数据是无法还原为交易数据的。我从我们后台导出来的就是客户数据，我这里
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2023-10-24 00:04:35
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使用fastq-dump下载SRA数据环境和配置请见系列博文1.下载：fastq-dump -Z DRR047093 然后会显示信息：如果文件过大会有很多 可以显示制定条数fastq-dump -X 5 -Z DRR047093文件位置：自己安装sratoolkit时配置的位置hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ lltot
原创
2023-01-04 10:56:05
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在Linux系统中，使用Aspera下载SRA文件是一种高效且快速的方式。SRA文件是NCBI数据库中的一种数据格式，包含了原始测序数据。而Aspera是一种文件传输协议，通过该协议可以在高速网络环境下实现快速的文件传输。本文将介绍如何在Linux系统中使用Aspera下载SRA文件。
首先，我们需要安装Aspera Connect软件。在Linux系统中，可以通过命令行安装Aspera Con
原创
2024-05-28 11:00:00
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在数据分析和机器学习中，分段回归（Segmented Regression）是一种有效的方法，用于处理具有不同特性的线性回归问题。分段回归SRA（Segmented Regression Analysis）是一种流行的实现方式，允许通过设置多个线性段来拟合复杂的数据模式。在本文中，我将通过详细的版本对比、迁移指南、兼容性处理、实战案例、性能优化和生态扩展等方面，深入探讨如何使用Python进行分段
The Sequence Read Archive (SRA) is an archive for high throughput sequencing data, publically accessible, for the purpose of enhancing reproducibility
原创
2023-11-02 10:43:01
80阅读
用Aspera connect从NCBI上下载SRA格式数据：一. window1.下载地址：http://dow
原创
2023-01-04 11:00:38
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NCBI SRA数据库使用详解1、简介SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。根据SRA数据产生的特点，将SRA数据划分为四个等级：Studies-- 研究课
文章目录一、测试环境及工具二、Aspera 下载三、安装及配置1. 解压2. 安装3. 配置许可4. 配置程序环境变量5. 配置秘钥四、测试1. 一个例子2. 常用参数介绍3. 下载地址的构建4. EBI查询整个项目的资源文件6. 查看下载链接五、为什么这里要建议选EBI，而不用NCBI？一、测试环境及工具Linux（Ubuntu 18.04.1）
原创
2022-03-08 15:04:29
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下了一些sra数据库中的公共数据，因为pretech和aspera不稳定，稍微大点的文件经常传断，部分文件我只能通过本地下载再上传。 那么问题来了，sra没有md5校验，我怎么知道我数据的完整性，尤其是通过本地下载的那些数据？ 网上查了下是说，sra是自带md5校验的（The SRA archive
原创
2022-05-31 23:05:48
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项目背景：要对打印地址进行加密，用公钥加密后会乱码需要base decode一下，但是在解密时报错：javax.crypto.BadPaddingException: Data must start with zero 解决办法： 1.加解密时KeyFactory keyFactory = Ke
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2018-11-29 13:46:00
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