用limma对芯片数据做差异分析 用limma对芯片数据做差异分析 jmzeng 2016年3月12日 用基因芯片的手段来探针基因表达量的技术虽然已经在逐步被RNA-seq技术取代，但毕竟经历了十多年的发展了，在GEO或arrayexpress数据库里面存储的全球研究者数据都已经超过了50PB了！实在是很可观，里面还是有非常多等待挖掘的地方！现在我们要讲的就是基因表达芯片数据的一种分析方式，差异分
基因芯片、蛋白质芯片、细胞芯片/组织芯片/糖芯片/其他芯片。这三个属于微阵列芯片。 芯片实验室属于微流控芯片。 基因芯片按照探针的不同分为寡核苷酸微阵列和cDNA微阵列。寡核苷酸微阵列——更常用。 基因芯片技术的基础是DNA杂交技术。 核酸分子固相杂交方法：正向杂交和反向杂交(基因芯片的前身)。 反向杂交固定的是探针，用样品去检测。 正向杂交固定的是样品，用探针去检测。 基因芯片流程：1.样品制
这期继续补充一下转录组高级分析内容之一的筛选Hub基因，这个模块在 SCI 文章中也是经常出现，并且很多文章也是直接作为文章的两点来分析的，现在就介绍一下这部分的内容该怎么分析？前言我们在分析 WGCNA 之后获得了几个基因模块，但是发现基因仍然很多，需要进一步筛选基因与表型相关的基因，那么今天就介绍一下 Hub 基因，那么什么是 Hub Genes呢？在这样的网络中，高度连接的基因被称为枢纽基因
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2023-11-06 16:20:34
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正负筛选的发展（用途）正负选择系统是基因打靶的常用筛选方法之一。为了更好地筛选发生同源重组的克隆，1988年Mansour等人设计了正负双向选择系统(positive-negative-selection PNS), 解决了定点整合与随机整合的鉴别问题。正负筛选原理同源重组时，只有载体的同源区以内部分发生重组，同源区以外部分将被切除。随机整合时，是在载体的两端将整个载体连入染色体内。置换型载体含有
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2024-09-05 16:36:57
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机器学习筛选特征基因的过程是一个集成了数据科学、统计学习和生物信息学的综合性分析任务。通过机器学习方法选择特征基因，不仅能提高分类模型的性能，还能为基因功能的研究提供重要线索。本文将对这一过程进行详细探讨，涵盖从业务场景分析到扩展应用的各个环节。
## 背景定位
在生物医学领域，随着基因组测序技术的快速发展，我们能够获取大量的基因表达数据。这些数据通常包含了成千上万的特征（基因），然而在实际模
下面就举一个遗传算法的具体实例，求Rastrigin函数的最小值。1.Rastrigin's 函数 在遗传算法中，经常使用一个函数来测试遗传算法，这个函数就是Rastrigin函数，对于有两个独立变量的Rastrigin函数，其定义的形式如下： 遗传算法工具箱中提供了一个M文件，就是这个函数的实现，这个
Hub gene在生物学研究中是一个高频词汇，它不仅在Frontier这类优秀期刊中被用来疯狂的灌水，更会在Nature，Cell这种顶级期刊中出现。1. 什么是Hub gene Hub gene 是对某一生物学过程起到重要调控作用的基因。而在具体的科研工作中，hub gene 则常常被定义为对差异表达基因集合（DEGs）具有最强调控作用的基因。2. 为何要寻找Hub gene hub gene往
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2023-09-27 06:23:30
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两列样本数据的差异基因筛选方法： FoldChange法+FDR控制 其中，FDR值的计算方法如下：1）对每个基因进行p-value的计算 假设观测到基因A对应的reads数为x，已知在一个大文库中，每个基因的表达量只占所有基因表达量的一小部分，在这种情况下，p(x)的分布服从泊松分布。已知样本一中唯一比对到基因组的总reads数为N1，样本二中唯一比对到基因组的总reads数为N2，样本一中唯一
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2023-11-28 04:38:41
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特征选择的方法有两种：1）过滤方法，应用变量的统计特征来选择最终的特征集合应用的例子为，12625行特征，94列样本。目前要处理的问题是，对于样本来说特征太多了，这种大维度的数据，大多数的建模技术很难获得有意义的结果，所以首先要降低变量的数量，得到每个特征在所有样本上的总体分布情况。第一种方法：用中位数和四分位距（IQR）表示这些特征的分布，R包中Biobase科技计算矩阵中每行向量的中位数，ro
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2024-04-25 16:07:01
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# 使用NN算法筛选差异基因的机器学习方法
在生物信息学中，差异基因的筛选是基因表达数据分析的重要步骤，特别是在比较不同条件下（如正常与病态组织）基因表达的研究中。随着机器学习技术的进步，神经网络（NN）作为一种强大的预测工具，逐渐被应用于这一领域。本文将介绍如何使用NN算法筛选差异基因，并提供相应的代码示例和流程图。
## 什么是差异基因？
差异基因是指在不同生物或不同条件下，其表达量存在
# 基于RF机器学习算法筛选特征基因的探索
在生物信息学和基因组学的研究中，特征选择是一个至关重要的步骤。使用随机森林（Random Forest, RF）算法可以有效地筛选出影响基因表达的重要特征。本文将介绍RF算法在特征筛选中的基本原理，并提供相应的Python代码示例。
## 什么是随机森林算法？
随机森林是一种集成学习方法，通过构建多棵决策树并取它们的平均值来进行预测。它具有高准确性
真核生物基因组的基因分析和预测一、摘要加深基因预测基本原理的理解（如密码子的偏好性、内含子外显子剪切识别序列等）；了解同源基因预测的意义所在；熟悉已有的基因预测的使用（如GenScan、GeneWise等）；二、材料和方法1、硬件平台处理器:Intel（R） Core（TM）i7-4710MQ CPU @ 2.50GHz 安装内存(RAM)：16.0GB2、系统平台Windows 8.1、Ubun
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2023-11-27 15:14:03
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1. 基因数目预测的主流软件 GENSCAN就是一个经典的基因预测软件。1996年由MIT的Chris Burge开始编写这个软件程序。当时，Burge的许多同事主张采用比较的方法，他们随机选取一个最新测序基因组中基因的DNA序列，与数据库中已存在的基因进行联配。但是Chris Burge认为：“利用人类基因组所获知的信息，可能不能发现某些新的基因。” 他还积极吸取了加州大学计算机研究人员Dav
DESeq2的适用性分析来自RNA-seq的计数数据，基因任务是检测差异表达基因。 也适用于其他分析：ChIP-Seq、HiC、shRNA筛选。快速开始dds = DESeqDataFromMatrix(countData = cts,
colData = colData,
design = ~batch + condition)
dds = DESeq(dds)
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2023-12-06 19:28:12
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1.基因、基因组与基因组学基因gene：遗传的基本单位，编码RNA或多肽链的核酸片段。基因组genome：细胞或生物体所含的一套完整的单倍体遗传物质。基因组DNA：编码蛋白的结构基因、复制转录的调控序列、功能尚不清楚的区域。基因组的特点：（1）不同的生物体，其基因组大小和复杂程度各不相同。（2）进化程度越高的生物其基因组越复杂。基因组学genomics：1986年提出，定义为研究基因组的结构组成、
一、背景传统健康险产品需要依靠“生命表”和“重大疾病发生率表”来进行产品设计。不同保险公司在设计产品时都需要基于以上两表，这就导致保险产品的同质化日益加重。同时由于传统的健康险产品基于总体发生概率来确定风险杠杆，吸烟体人群和非吸烟体人群的个体化差异被忽视。 使用机器学习技术，可以训练出针对个体的风险判断模型，通过该模型来估算不同个体的风险杠杆，以实现吸烟体和非吸烟体人群保险费率差异化定价。二、样本
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2024-01-27 23:47:37
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基因组（genome）的范畴包括 Nuclear or Chromosomal genome .Mitochondrial genome Chloroplast genome . Virus genome在活细胞中B-DNA双螺旋结构占据主导地位A-DNA结构在脱水样品中占主导，与双链RNA和DNA / RNA杂合体相似在含水环境中，包括细胞中的大部分DNA，BDNA是最
这篇文章是撸主要介绍人脸识别经典方法的第一篇，后续会有其他方法更新。特征脸方法基本是将人脸识别推向真正可用的第一种方法，了解一下还是很有必要的。特征脸用到的理论基础PCA在另一篇博客里：特征脸(Eigenface)理论基础-PCA(主成分分析法) 。本文的参考资料附在最后了^_^步骤一：获取包含M张人脸图像的集合S。在我们的例子里有25张人脸图像（虽然是25个不同人的人脸的图像，但是看着
全基因组SNP分型（Whole Genome SNP Genotyping）分析简介全基因组SNP分型单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）是遗传学研究中重要的材料。近年来，全基因组SNP标记开发方法的发展使得研究者们能够以较低成本获得丰富的基因组标记，大大推动了基因组水平的相关研究。基因组预测从已知基因型数据和表型数据的个体建立训练模型，对未知表型
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2024-07-04 16:45:37
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# 机器学习基因组选择的实现流程
## 1. 确定问题和目标
在开始实现机器学习基因组选择之前，首先要明确问题和目标。例如，我们可以选择一个基因组数据集，然后使用机器学习算法来预测该基因组是否具有某种特定的功能或特征。
## 2. 数据准备
在进行机器学习任务之前，需要准备好数据集。数据集应包含输入特征和对应的标签或目标变量。特征可以是基因组的各种测量指标，而标签可以是基因组是否具有特定功能的
原创
2023-08-23 03:44:10
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