# 使用fastp在R语言中进行数据处理的指南
## 介绍
`fastp` 是一个快速且多功能的FASTQ文件处理工具，通常用于高通量测序数据的质量控制和预处理。在R语言中，我们可以通过调用系统命令来使用`fastp`，从而进行数据的清洗和过滤。本文将为你提供详细的步骤和代码示例，以帮助你顺利完成这一过程。
## 整体流程
在开始之前，让我们首先来看一下使用`fastp`进行数据处理的整体
fast-mock是一个快速生成测试类、Mock方法的工具，它使写集成、单元测试这件事情，变得简单而有趣！一方面，写单元测试本身比较繁琐，技术挑战不大，很多研发工程师不愿意去写； 另一方面，国内研发比较偏向“快、糙、猛” ，容易因为开发进度紧，导致单元测试的执行虎头蛇尾。 关键问题还是研发团队需要建立对单元测试正确的认知，渐进明细，逐步改进。fast-mock可以解决繁琐的单测编写，提升工作效率，
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2024-05-08 23:56:14
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fastp
fastp 下载及安装
# fastp只依赖于zlib(如果在编译fastp过程中出现“undefined reference to gzbuffer”错误，可更新zlib进行处理)
#安装方式一： 下载编译好二进制（仅适用于linux系统） wget http://opengene.or
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2023-11-03 20:33:55
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功能 输入（Pair End）测序序列文件，利用fastp进行QC和质量过滤（包括质量QC统计，Adapte
原创
2022-06-01 10:58:48
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欢迎关注”生信修炼手册”!fastp是最近新出的一款NGS数据质量过滤工具，相比传统的QC工具，有两个主要特
原创
2022-06-21 05:52:32
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参考 1 简书文章snakemake使用笔记 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/14b9...
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2022-04-19 15:32:33
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，体验不佳。为了解决这个问题，海普洛斯陈实富博士开发了开源的fastp，因为其速度奇快，功能强大，很快收到了用户...
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2023-07-18 17:01:31
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使用fastp进行超快的FASTQ数据预处理、质量控制和去重iMeta主页：http://www.imeta.science方法论文● 原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.107● 2023年5月8日，海普洛斯生物科技有限公司陈实富在 iMeta 在线发表了题为“Ultrafast one-pass FASTQ data pre
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2024-03-20 22:57:39
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此外，还有一些用于 FASTQ 文件杂项处理的软件，如 SeqKit 和 SeqKit2，它们在 FASTA/Q 文件操作上表现出色，但并非专门针
文章目录写在前面参考文献fastp功能类似软件比较简单示例常用参数说明UMI去除质量过滤长度过滤低复杂度过滤adapter过滤通过质量值过滤每条readployG/ployXPE数据的碱基校正整体切除 【global trimming】输出文件切分过表达序列分析fastp和Trimmomatic的优势/劣势-chatGPT专利-序列复杂度统计 写在前面fastp是用于处理fastq文件，基于C+
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2024-10-26 11:23:25
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简介二代测序最常用的质量评估软件是FastQC，多样本时可进一步结合MultiQC。此外速度超快的fastp也特别推荐，而且包括质量评估、质量控制等功能，可以说是国产软件之光，详见下方详细教程：数据的质量控制软件——FastQC整合QC质控结果的利器——MultiQC极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp三代纳米孔(Nanopore)测序数据与二代Illumina测序数据相比，具有读长更长
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2023-07-14 17:36:45
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文章目录前言raw data 和 fastq文件readsQ20和Q30N值AdaptersDuplicationInsertfastp reportsummaryAdapterInsert size estimationBefore filtering 前言测序出来的数据利用fastp一个命令质控全搞定，无论是SE还是PE，同时会生成.json和.html格式的报告，十分直观方便，如何生成报告
宏基因组宿主去污染在上一篇文章中，详细的介绍了宏基因组如何下载以及如何使用fastp进行质控，本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。如何判断存在宿主污染的方法在上一篇文章中有提到，即GC含量严重偏离正态分布时我们就认为原始数据存在宿主污染，这里介绍的去除宿主污染的工具是bowtie2，同样的也有很多其他软件可以做到去污染，如bwa，kneaddata等软件。事实上，去除宿主污染的基本原理就是通
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2023-11-10 23:25:21
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