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xintao800 4880 天前
原创【WDL】2. 基础结构

目录WDL语言基本概念WDL脚本基本结构task1. 输入2. 命令行command3. 输出output4. 运行参数 runtime5. meta信息workflowWDL控制语句...

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控制语句

执行顺序

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Bioinfarmer 27 天前
原创【WDL】3. 变量类型

目录变量基础数据类型FileStringInt/FloatBoolean复合数据类型数组 Array对象 Object键值对 Map复合型数据类型嵌套...

数组

数据类型

占位符

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Bioinfarmer 27 天前
原创【WDL】1. 语言介绍

目录WDL（Workflow Description Language）Broad Institute推出，描述流程。解决的核心问题：复杂问题的执行和资源管理。将更多精力放在如何实现功能（如比对、处理、绘图等），而作业运行（执行顺序、软件版本记录...

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资源管理

docker

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Bioinfarmer 28 天前
原创【WDL】8. 实践：本地/集群运行

目录本地运行示例一示例二集群运行WDL可以使用本地、集群、云端三种模式来跑流程，本地运行是不需要服务器后台配置文件，而另外两种需要配置文件。本地运行下载cromwell和womtool到...

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docker

jar

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Bioinfarmer 27 天前
原创 GATK官方推荐的workflow语言-WDL

欢迎关注"生信修炼手册"！在GATK4的best practice中，不再像以前那样给出每个步骤对应的代码，而是直接给出了官方使用的pipeline。这些pipeline采用WDL进行编写。WDL...

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庐州月光 7 天前
原创【WDL】7. 实践：GATK calling变异（人类）

目录功能流程图input.jsonWDL功能使用BWA + GATK进行变异检测的最佳实践流程，且优化为按染色体切分，并行进行变异检测和BQSR步骤，加快分析进度。流程图input.json{ &n...

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流程图

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Bioinfarmer 27 天前
原创【WDL】6. 实践：fastp质控测序数据

目录功能input.jsonWDL功能输入（Pair End）测序序列文件，利用fastp进行QC和质量过滤（包括质量QC统计，Adapter去除，序列trimming，过滤等），生成Clean Reads文件，以及html的报告。inpu...

html

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Bioinfarmer 27 天前
原创使用TensorFlow训练WDL模型性能问题定位与调优

简介 TensorFlow是Google研发的第二代人工智能学习系统，能够处理多种深度学习算法模型，以功能强大和高可扩展性而著称。TensorFlow完全开源，所以很多公司都在使用，但是美团点评在使用分布...

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美团技术团队 412 天前
原创阿里首次将Transformer用于淘宝电商推荐！效果超越深度兴趣网络DIN和谷歌WDL

介绍推荐系统（RSs）已经在工业界流行了十来年，在过去五年里，基于深度学习的方法在工业界得到了广泛应用，例如，Google 的 wide & deep 模型和 Airbnb 的《Real-time personalization using embeddings ...

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mb5fdb0a1b25659 454 天前
原创杨辉三角形

package com.wdl.day07; /** * @创建人 wdl * @创建时间 2021/8/8 * @描述 */ public class YangHuiTest { public static void main(String[] args) { int[][] yanghui = n...

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Frank___7 322 天前
原创直接输出数组的名字不一定是地址值

package com.wdl.day09; /** * @创建人 wdl * @创建时间 2021/8/12 * @描述 */ public class ArrayPrintTest { public static void main(String[] args) { int[] arr =new in...

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Frank___7 317 天前
原创冒泡排序法

package com.wdl.day07; import java.util.Arrays; /** * @创建人 wdl * @创建时间 2021/8/9 * @描述 */ public class BubbleSortTest { public static void main(String[] args) { ...

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Frank___7 322 天前
原创杨辉三角形

package com.wdl.day07;/** * @创建人 wdl * @创建时间 2021/8/8 * @描述 */public class YangHuiTest { public static void main(String[] args) { int[][] yanghui = new int[10][]; for (int i ...

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Frank___7 139 天前
原创二分查找法

package com.wdl.day07; /** * @创建人 wdl * @创建时间 2021/8/9 * @描述 */ public class ArrayTest2 { public static void main(String[] args) { int[] arr = {-2, -1, 0...

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Frank___7 144 天前
原创二分查找法

package com.wdl.day07; /** * @创建人 wdl * @创建时间 2021/8/9 * @描述 */ public class ArrayTest2 { public static void main(String[] args) { int[] arr = {-2, -1, 0...

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Frank___7 322 天前
原创直接输出数组的名字不一定是地址值

package com.wdl.day09;/** * @创建人 wdl * @创建时间 2021/8/12 * @描述 */public class ArrayPrintTest { public static void main(String[] args) { int[] arr =new int[]{1, 2, 3}; System.ou...

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Frank___7 160 天前
原创冒泡排序法

package com.wdl.day07;import java.util.Arrays;/** * @创建人 wdl * @创建时间 2021/8/9 * @描述 */public class BubbleSortTest { public static void main(String[] args) { int[] arr = {4, 0, 2, 5,...

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Frank___7 139 天前
转载快过HugeCTR：用OneFlow轻松实现大型推荐系统引擎

一、简介 Wide & Deep Learning （以下简称 WDL）是解决点击率预估（CTR Prediction）问题比较重要的模型。WDL 在训练时，也面临着点击率预估领域存在的两个挑战：巨大的词表（Embedding Table），以及大量...

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mb607022e25a607 380 天前