笔记主要内容：1~3代测序技术，fastq文件 & FASTQC（1）测序技术1、一代测序技术：Sanger Sequencing测序条件：需要有足够的量的单链DNA，即相同序列需要达到多少数量才能进行测序。测序过程：以一条链作为模板，DNA聚合酶将环境中的材料（dNTP & ddNTP），进行结合，即合成另一条链（ddNTP结合之后，DNA合成反应终止）。下图所示，SEQUENC
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2023-11-10 11:02:04
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二代测序是现代生物技术中非常重要的一环，通过对DNA进行高通量测序，帮助科研人员获取大量基因组数据。在使用Python进行二代测序数据分析时，我遇到了一个棘手的问题，需要对此进行深入研究和记录。以下是我对于这个问题的整理过程。
### 问题背景
在最近的一个项目中，我的团队需要对来自二代测序平台的原始数据进行处理与分析。项目涉及多个样本，数据量庞大，处理过程需要高效稳定。以下是时间线上的一些关
二代测序原理：1、DNA待测文库构建。 超声波把DNA打断成小片段，一般200--500bp，两端加上不同的接头2、Flowcell。一个flowcell，8个channel，很多接头3、桥式PCR扩增。每个DNA片段将在各自位置集中成束，每一束含有单个DNA模板的很多拷贝，目的：将碱基的信号强度放大，达到测序所需的信号要求。4、测序。边合成边测序。反应所需材料，dNTP的3’端特殊处理，不能继续
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2023-07-02 17:24:09
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高通量测序技术，就是二代测序，已经成为现代生物学研究的一个较为常规的实验手段。这一技术的发展极大地推动了基因组学，表观基因组学以及翻译组学的研究。RNA-seq 通过测定稳定状态下的RNA样品的序列来对RNA样品进行研究，从而避免了许多之前研究手段的不足，比如象基因芯片或者 PCR 就需要背景知识。而且 RNA-seq 还可以触及以前无法研究的领域，比如复杂结构的转录体。RNA-seq可以应用于以
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2023-11-27 14:32:44
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虽然三代测序现在已经商用，但是目前的主流还是二代测序，尤其是Illumina公司的测序方式更是大行其道。那么，下面我们从四个方面来说说illumina家的二代测序是怎么得到的生物数据。0、 基本原理基于可逆终止的，荧光标记dNTP，做边合成边测序分为三步：样本准备 Sample Prep成簇 Cluster Generation测序 Sequencing数据分析 Data Anal...
原创
2022-03-08 14:35:16
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R批量做GSEA分析还没有官方的包，但是clusterprofiler可以做，它调用了最新的gfsea包。Gene Set Testing for RNA-seq - fgsea教程 RNA-seq是利器，大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据，所以RNA-seq的分析需求应该是很大的（大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧）。普通的转录组套路并不多，差异表达基因、富集分析、WGCN
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2024-07-24 11:32:53
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经过几十年的改进，第一代测序仪不仅在读长上有较大的突破，准确率高达99.999%，而且测定成本也大幅下降，达到每千碱基序列为0.5美元。但是，不管怎么改进，由于对电泳分离技术的依赖，第一代测序技术在速度和成本方面都已达到极限。在这种情况下，第二代测序技术（Next-generation sequencing）应运而生。 第二代测序技术的核心思想是边合成
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2024-01-18 08:02:27
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# Python处理二代测序下机数据的流程与示例
二代测序（Next Generation Sequencing, NGS）的数据处理是生物信息学中的一项基本技能。随着技术的发展，越来越多的科研人员需要掌握相关的编程知识来处理这些数据。本文将带你了解如何使用Python来处理二代测序下机数据，包括步骤说明、代码示例以及流程可视化。
## 流程概述
下面是处理二代测序数据的主要流程。我们将通过
原创
2024-10-23 05:36:25
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摘要：从1977年第一代DNA测序技术（Sanger法）1，发展至今三十多年时间，测序技术已取得了相当大的发展，从第一代到第三代乃至第四代，测序读长从长到短，再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置，但第三和第四代测序技术也已在这一两年的时间中快速发展着。测序技术的每一次变革，也都对基因组研究，疾病医疗研究，药物研发，育种等领域产生
二代测序方法：DNA测序之靶向重测序1. 靶向重测序2. 靶向测序技术2.1 多重扩增子测序2.2 杂交捕获测序2.3 小结3. 杂交捕获测序数据质量评估4. 基于测序的基因分型方法5. 基于大型基因组(> 5 Mb)测序的基因分型6. 靶向基因测序6.1 靶向基因测序简介6.2 靶向基因测序的优势6.3 预设计的靶向基因panel6.4 定制靶向基因测序解决方案6.5 扩增子测序与目标富
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2023-11-16 22:07:34
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illumina和pacbio的基本原理就是改造碱基，每个碱基加上不同颜色的发光基团。测序的时候边合成边测序。和你的测序链ATGC配对完以后，配对合成好的碱基就把发光基团丢出去了，然后这个孔就会发出一个颜色的光，上面有个照相机不停地捕捉每个孔的光的颜色，就知道这个位置是什么碱基了。每条序列不停地被配对合成，碱基不断地丢出去发光基团，颜色连起来，就知道序列是什么样子了。一代测序也叫Sanger(双脱
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2024-02-05 12:35:37
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一、功能分类：测序数据模拟二、软件官网：https://github.com/lh3/wgsim三、软件介绍:wgsim是一块用于高通量数据模拟的软件，whole genome simulation。这款软件可以模拟出illumina测序数据，并且可以自由调整测序reads的读长，插入片段大小以及错误率等，使用起来比较方便。模拟数据主要用于软件的测试与评估。例如对序列拼接软件的评估。因为模拟数据是
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2024-01-11 14:53:49
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关于二代测序数据分析的Python处理，这篇博文将详细记录下环境准备、分步指南、配置详解、验证测试、优化技巧与排错指南的整个过程，帮助大家快速入门与掌握这门技术。
## 环境准备
在进行二代测序数据分析之前，我们需要准备一个合适的环境，包括硬件与软件的要求。
### 软硬件要求
- **硬件需求**
- 处理器：四核以上
- 内存：16GB及以上
- 存储：至少100GB的可用
1.基本概念flowcell 是指Illumina测序时，测序反应发生的位置，1个flowcell含有8条lanelane 每一个flowcell上都有8条泳道，用于测序反应，可以添加试剂，洗脱等等tile 每一次测序荧光扫描的最小单位reads 指测序的结果，1条序列一般称为1条readsbp base pair 碱基对，用于衡量序列长度双端测序 只一条序列可能比较长如500bp，我们可以两端每
【最近拿到了近1TB的全基因组测试数据，在数据分析之前，有必要对数据质量进行评价】在二代测序过程中，测序仪通过荧光成像读出每一个DNA或者RNA序列的碱基类型。在大量的阅读识别碱基过程中，难免会有各种各样的错误。所以，当我们拿到测序数据之后，不是急急忙忙地进行数据分析，而是首先应该对测序数据的质量进行评估，识别出可能存在的错误、错误的类型和对后续数据分析的潜在影响。1、文件完整性校验由于测序文件通
原创
2020-12-29 20:36:01
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1.概述 DNA测序（DNA sequencing）作为一种重要的实验技术，在生物学研究中有着广泛的应用。早在DNA双螺旋结构（Watson and Crick,1
原创
2023-11-07 11:46:10
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二代测序基础知识二代测序基础概念（这个是与二代测序相关每个部门都要掌握的）FQ数据格式高通量测序(如Illumina HiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识别(Base Calling)分析转化为原始测序序列（Sequenced Reads），我们称之为 Raw Data或Raw Reads，结果以 FASTQ (简称为fq)文件格式存储，其中包含测序序列（re
论文https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02244-4Ratatosk: hybrid error correction of long reads enables accurate variant calling and assemblyhttps://github.com/Decod
原创
2022-03-28 10:09:37
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1.概述 DNA测序（DNA sequencing）作为一种重要的实验技术，在生物学研究中有着广泛的应用。早在DNA双螺旋结构（Watson and Crick,1953)被发现后不久就有人报道过DNA测序技术，但是当时的操作流程复杂，没能形成规模。随后在1977年Sanger发明了具有里程碑意义的末端终止测序法，同年A.M.Maxam和W.Gilbert发明了化学降解法。Sanger法因为既
# 二代测序数据分析：Linux读取
二代测序（Next-Generation Sequencing, NGS）技术的出现，极大地推动了基因组学的发展。分析二代测序数据需要掌握Linux操作系统的基本操作，因为大多数生物信息学工具和数据处理流程都在Linux环境下运行。本文将简要介绍如何在Linux环境中读取和处理二代测序数据，配以代码示例和状态图，帮助读者理解过程中涉及的关键概念。
## 一
