Bowtie使用介绍Bowtie（下载）是一个超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去。它最长能读取1024个碱基的片段。换言之，bowtie非常适合下一代测序技术。在使用bowtie前，需要使用bowtie-buil
转载
2024-01-10 20:10:45
121阅读
BWT算法来自mengbi_erBWT算法可以将原文本转换成相似文本，并且可以
转载
2023-07-07 13:09:54
19阅读
队列和 BFS：广度优先搜索（BFS）的一个常见应用是找出从根结点到目标结点的最短路径。示例这里我们提供一个示例来说明如何使用 BFS 来找出根结点 A 和目标结点 G 之间的最短路径。洞悉观看上面的动画后，让我们回答以下问题：1. 结点的处理顺序是什么？在第一轮中，我们处理根结点。在第二轮中，我们处理根结点旁边的结点；在第三轮中，我们处理距根结点两步的结点；等等等等。与树的层序遍历类似，越是接近
测序数据alignment有一些不错的算法，其中Burrows–Wheeler transform算法（简称BWT）是非常高效的一种。本文简单总结下BWT算法思路和原理。BWT的计算与还原BWT计算及还原步骤此处不赘述，大致如下图（图1和图2）所示，详细讲解可参考其他资料。 &n
转载
2024-01-16 18:43:17
97阅读
BWT（Burrows-Wheeler Transform）算法是一种无损数据压缩算法，它通过重排输入数据的字符顺序来创建一个更易于压缩的形式。下面是
原创
2023-09-29 22:13:18
280阅读
BWT（Burrows-Wheeler Transform）算法是一种无损数据压缩算法，它通过重排输入数据的字符顺序来创建一个更易于压缩的形式。下面是一个简单的例程，展示了如何使用BWT算法来压缩和解压缩文本数据。压缩过程：构建所有可能的循环移位字符串，并按字典序排序。
提取排序后的字符串的最后一个字符作为压缩数据的一部分。
记录原始字符串在排序后的字符串中的索引。
将索引作为压缩数据的一部分输
原创
2023-09-14 08:36:52
270阅读
1.什么是BWT 压缩技术主要的工作方式就是找到重复的模式，进行紧密的编码。 BWT(Burrows–Wheeler_transform)将原来的文本转换为一个相似的文本，转换后使得相同的字符位置连续或者相邻，之后可以使用其他技术如：Move-to-front transform 和 游程编码 进行文本压缩。2.BWT原理2.1 BWT编码
转载
2023-12-09 23:09:04
523阅读
BWT（Burrows-Wheeler Transform）是一种常用的数据压缩算法，适用于DNA数据的压缩。在本文中，我将教你如何使用Python实现BWT DNA数据压缩算法。
## BWT DNA数据压缩算法的流程
要实现BWT DNA数据压缩算法，可以按照以下步骤进行操作：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 将DNA序列进行循环旋转，并按字典序排序 |
原创
2024-01-29 08:36:48
71阅读
看完题目你非常easy想到，这个题目的关键点就是怎样把给出的数组还原成原数组。
还原的原数组之后无论是AC自己主动机 还是 kmp都能够解决 - -尽管我认为kmp会超时的感觉。
那么怎样还原这个字符串就是在个题目的难点。。。
gc$aaac
1234567
排序之后变成了
$aaaccg
3456271
然后你依照排序后的下标依次走过去
会发现
$->a->c->
转载
2015-12-21 12:53:00
158阅读
2评论
今天一个Python学习的干货。几个印度小哥，在GitHub上建了一个各种Python算法的新手入门大全，现在标星已经超过2.6万。这个项目主要包括两部分内容：一是各种算法的基本原理讲解，二是各种算法的代码实现。传送门在此：https://github/TheAlgorithms/Python简单介绍下。算法的基本原理讲解部分，包括排序算法、搜索算法、插值算法、跳跃搜索算法、快速选择算
转载
2023-07-04 20:26:32
12阅读
A*算法python简单可视化实现A*算法详解：A*算法详解python实现:使用堆优化加快查找最小代价点 详细流程都写在注释里了使用方法：# 参数为地图高、宽、方格尺寸、起点坐标（0开始）、终点坐标（0开始）、延迟时间
demo = MiniMap(20, 30, 30, (0, 0), (29, 19), 0.05)鼠标左键单击方格添加/删除障碍物，中键重置路径（不改变障碍物），右键开始寻路。
转载
2023-09-03 11:53:14
420阅读
1.算法定义 算法（Algorithm）是指解题方案的准确而完整的描述，是一系列解决问题的清晰指令，算法代表着用系统的方法描述解决问题的策略机制。也就是说，能够对一定规范的输入，在有限时间内获得所要求的输出。如果一个算法有缺陷，或不适合于某个问题，执行这个算法将不会解决这个问题。不同的算法可能用不同的时间、空间或效率来完成同样的任务。一个算法的优劣可以用空间复杂度与时间复杂度来衡量。一个
转载
2023-06-30 11:55:06
187阅读
一、算法简介1、定义算法是一组完成任务的指令；有限步骤内解决数学问题的程序；为解决某项工作或某个问题，所需要有限数量的机械性或重复性指令与计算步骤。2、算法的条件（5）输入性，输出性，明确性，有限性，有效性。3、时间复杂度O(1) < O(logn) < O(n) < O(nlogn) < O(n^2) < O(n!)4、常见的大O运行时间（n一般为元素的个数）：O(
转载
2023-08-10 15:24:31
100阅读
算法的五大特性：1、输入：有0个或多个输入2、输出：有0个或多个输出3、确定性：算法每一步都有一定的含义，不会出现二义性4、有穷性：算法在执行有限的步骤之后会结束，而不是无线循环执行。5、可行性：算法的每一步都是可行的 如果 a+b+c=1000，且 a^2+b^2=c^2（a,b,c 为自然数），如何求出所有a、b、c可能的组合? &nbs
转载
2024-05-17 01:30:40
51阅读
算法的概念：算法是计算机处理信息的本质，因为计算机程序本质上是一个算法来告诉计算机确切的步骤来执行一定的指令的任务。一般地，当算法在处理信息时，会输入设备或数据的存储地址读取数据，把结果写入输出设备或者某个存储地址提供以后再调用。算法是独立存在的一种解决问题的方法和思想。对于算法而言，实现的语言并不重要，重要的思想。算法可以有不同的语言描述现实版本，如c描述，C++描述，Python描述，我们现在
转载
2023-08-09 15:16:07
94阅读
python数据结构及算法一. 数据结构与算法1. 算法的概念：算法是独立存在的一种解决问题的方法和思想2. 算法的特征：输入，输出，有穷性，确定性，可行性3. 时间复杂度是实现算法程序所需要的时间，即算法的优劣4. 数据结构是指数据对象中数据元素之间的关系5. 程序 = 数据结构 + 算法6. 算法是为了解决实际问题而设计的，数据结构是算法需要处理的问题载体二. 顺序表1. 顺序表：将元素顺序地
转载
2023-06-21 00:46:07
181阅读
CSM算法算法简介通过前后两帧激光雷达数据准确的计算出当前机器人的位姿信息算法步骤估算出观测模型关于位姿x的概率分布，观测模型取最大值时对应的位置认为是对x最准确的估计扩大观测模型概率结果的搜索空间，在搜索空间内计算全部位姿得分，得分最高的即是对x的最准确的估计为了提升效率，原论文中使用了多分辨率查询表加速的策略EM算法算法简介EM算法是一种迭代优化策略，由于它的计算方法中每一次迭代都分两步，其中
转载
2024-02-09 06:13:54
88阅读
概念算法（Algorithm）：一个计算过程，解决问题的方法时间复杂度与空间复杂度时间复杂度一个算法的优劣可以用时间复杂度与空间复杂度来衡量。通常讨论算法的复杂度：1、问题规模相同 2、机器配置相同常用大O表示法表示时间复杂性，注意它是某一个算法的时间复杂性。如何判断一个算法的时间复杂度循环减半的过程>>> O(logn)几次循环就是N的几次方的复杂度常用的时间复杂度（按效率排
转载
2023-06-13 21:26:34
117阅读
排序是每个算法工程师和开发者都需要一些知识的技能。 不仅要通过编码实现，还要对编程本身有一般性的了解。 不同的排序算法是算法设计如何在程序复杂性，速度和效率方面具有如此强大影响的完美展示。让我们来看看前6种排序算法，看看我们如何在Python中实现它们！一、冒泡排序冒泡排序是数据分析中常用的算法，因为它清楚地演示了排序的工作原理，同时简单易懂。 冒泡排序逐步遍历列表并比较相邻的元素对。 如果元素的
转载
2023-10-04 14:26:31
77阅读
python简单算法总体介绍**算法：**指解题方案的准确而完整的描述，是一系列解决问题的清晰指令，算法代表着用系统的方法描述解决问题的策略机制。也就是说，能够对一定规范的输入，在有限时间内获得所要求的输出。如果一个算法有缺陷，或不适合于某个问题，执行这个算法将不会解决这个问题。不同的算法可能用不同的时间、空间或效率来完成同样的任务。一个算法的优劣可以用空间复杂度与时间复杂度来衡量。算法具有以下特
转载
2023-07-11 19:03:56
194阅读
