索引是对数据库表中一列或多列的值进行排序的一种结构，例如 employee 表的姓（name）列。如果要按姓查找特定职员，与必须搜索表中的所有行相比，索引会帮助您更快地获得该信息。
索引是一个单独的、物理的数据库结构，它是某个表中一列或若干列值的集合和相应的指向表中物理标识这些值的数据页的逻辑指针清单。 索引提供指向存储在表的指定列中的数据值的指针，然后
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2024-04-12 15:07:54
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1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库，是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列。Taxonomy物种分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和系谱，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋
原创
2022-06-10 22:50:31
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# Python库BLAST：生物信息学中的序列比对工具
在生物信息学领域，序列比对是分析生物序列（如DNA、RNA或蛋白质）之间相似性的基本方法。BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是最常用的序列比对工具之一，它可以通过高效的算法在大规模数据集中寻找相似序列。为了简化使用BLAST的过程，Python社区开发了一些接口库，使用户能够通过简单的Pyth
原创
2024-08-18 04:11:45
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一、列表1、idle使用（Mac）（1）代码自动补全 tab（2）回退代码语句 control+p 上一个代码 control+n 下一个代码2、列表就像是数组 列表是完备的python集合对象 且python的变量标识符没有类型。1 >>> movies = ["The Holy Grail","The life of brian"]
2 &g
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2024-03-11 16:16:43
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1. Blast （1）格式化数据库 主要参数： i 输入需要格式化的源数据库名称 p 文件类型，是核苷酸序列数据库（F nucleo
原创
2022-06-01 10:43:36
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| 1.1 NR 的需求和目标 | | 1.2 解码 NR 设计 | 在 NR 的三大典型场景中，不同场景对关键能力指标的侧重点不同，如图 1-3所示。其中，增强移动宽带 eMBB 是移动通信系统设计最基本的覆盖目标。eMBB要求在连续广覆盖场景下，无论用户处于覆盖中心还是边缘，无论终端处于静止还是 ...
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2021-07-23 16:23:00
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NR的切换机制和LTE几乎一样，大部分情况下采取基站控制，终端辅助完成：第一步：基站向UE 下发测量控制 measConfig，测量控制以measId的形式下发给UE，每个measId包括两个元素：measObjectId 和 reportConfigId，这两个元素在同一条measConfig的开始的部分。也就是基站把测控消息编了一个表，到时候UE 直接上发这个ID就行，基站收到ID
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2024-05-25 10:50:10
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# Python BLAST算法
## 引言
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）算法是一种非常常用的生物信息学工具，用于在大规模数据库中搜索与查询序列相似的序列。它是基于局部比对的算法，可以高效地找到相似性较高的序列。
本文将介绍BLAST算法的原理及其在Python中的实现。我们将使用NCBI提供的BLAST+软件，并使用Biopython库来
原创
2024-02-02 04:09:41
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blast所使用的query一般为基因等序列较长的对象，但有时候我们也需要使用短的query序列，比如使用引物作为query序列。这种时候使用一般的比对参数，比对不出结果的。这时候在比对时，加入以下参数就行：#参考#参考别人的文章一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。
针对这种短序列query，这三个选项是比较
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2023-11-29 10:46:42
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# Python Blast 比对实现教程
## 1. 整体流程
下表展示了使用Python进行Blast比对的步骤和对应的代码：
| 步骤 | 描述 | 代码 |
| --- | --- | --- |
| 1 | 安装Biopython库 | `pip install biopython` |
| 2 | 准备比对序列和数据库 | - |
| 3 | 执行Blast比对 | `resul
原创
2023-12-10 11:39:28
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# Python中的blast比对
## 什么是blast比对？
blast比对（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于在数据库中查找生物序列相似性的工具。blast比对适用于DNA、RNA和蛋白质序列的比对，可用于识别两个序列之间的相似性和同源性。它是生物信息学中非常重要的一种方法，被广泛应用于基因组学、进化学、蛋白质结构预测等领域。
## 如何使用
原创
2023-12-12 07:57:01
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# 如何利用Python实现BLAST结果分析
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种生物信息学工具，用于比较生物序列以发现相似性。当你获得BLAST的结果后，如何在Python中解析这些结果并从中提取有用的信息是生物信息学中的一个重要任务。本文将为你详细介绍如何使用Python分析BLAST结果。
## 整体流程概览
在开始之前，我们先来梳理
原创
2024-10-20 06:54:17
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# Python BLAST距离
## 引言
在生物信息学中，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对算法，用于比较两个生物序列的相似性。在BLAST算法中，距离是一个重要的概念。距离可以量化两个序列之间的相似程度，从而确定它们在演化上的关系。
本文将介绍如何使用Python计算序列之间的BLAST距离，并提供相应的代码示例。我们将首
原创
2023-08-21 06:06:01
163阅读
一、说明 Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"，由Altschul等人于1990年发布。Blast能够实现比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能，它能够快速的找到两段序列之间的同源序列并对比对区域进行打分以确定同源性的高低。 Blast简单来说，是一个完整的程序包，调用该程序包的命令来判断两个字符串的相似程
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2024-04-30 19:22:58
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内建函数名（表达形式）主要作用备注abs(x)返回一个X值得绝对值(x=int/float/复数) all(iterable)如果 iterable 的所有元素均为 True（或 iterable 为空），则返回 True any(iterable)如果iterable中有任何一个元素为True，则返回True。如果iterable为空，则返回False ascii(
Blast结果的详细解析 Posted on
2009 年 7 月 9 日
要使用程序对blast结果进行解析、分析，就必须对BLAST的结果形式有深入的了解，本篇文章将向你详细说明Blast结果的数据结构，供参考。这里的指的是blast默认的结果，也是我们应用最多的结果。 3.14.1. 结果文件的结构 一个BLAST的结果文件，大致结构如下： 每个blast结果文件都以
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2023-09-05 10:45:46
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Red Hat是一家领先的开源软件公司，专注于为企业提供稳定、灵活和安全的Linux操作系统。Red Hat的Linux发行版被广泛应用于企业服务器、云计算和其他领域，成为众多企业和组织的首选操作系统。
Red Hat的Linux发行版，也被称为Red Hat Enterprise Linux（RHEL），采用了“不断提升的可靠性（NR）”原则，在系统稳定性、安全性、性能和功能上持续进行改进和优
原创
2024-03-13 11:40:43
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数据库SQl ALTER TABLE USER DEFAULT CHARACTER SET utf8;DDL -- 对数据库进行操作的语言 create database 数据库名；
drop database 数据库名；
use 数据库名；
show databases；
create table 表名（
id int（5），
name varchar（20）
）；
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2023-07-20 21:58:28
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ODBC (开放数据库互联 1992 MS 应用程序和关系数据库之间的通信API,用户可以通过API直接将SQL送给数据库)DAO（数据访问对象 1993 MS 用ADO。
原创
2023-05-13 00:33:15
802阅读
原创
2022-01-04 13:33:26
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