1. 序列读入与输出序列的读入与输出通过Bio.SeqIO模块实现，它旨在提供一个简单的接口，实现对各种不同格式序列文档进行统一的处理主要是基于对SeqRecord对象的操作，该对象包含一个 Seq 对象)和注释信息(如序列ID和描述信息)SeqRecord对象本质上就是一个字典：
Seq键：保存序列组成
ID键：保存序列ID
description键：保存序列的描述信息
……
1.1. 解析/读
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2024-01-24 15:35:20
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BioPython简介Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。(http://www.python.org) Python是一种面向对象的、解释型的、灵活的语言，在计算机科学中日益流行。Python易学，语法明晰，并且能很容易的使用以C，C++或 者FORTRAN编写的模块实现扩展。Biopython官网(http://www.biopython.org)为
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2023-12-07 14:28:01
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文本处理textwrap：文本段落格式化re：正则表达式difflib：字符比较数据结构bisect 模块里实现了一个向列表插入元素时也会顺便排序的算法。struct — 二进制数据结构：用途：在 Python 基本数据类型和二进制数据之间进行转换。heapq – 堆排序算法：heapq 实现了适用于 Python 列表对象的最小堆排序算法。queue — 线程安全的 FIFO 队列：提供线程安全
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2023-11-28 15:54:37
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Dash 是用于搭建响应式 Web 应用的 Python 开源库。Dash Bio 是面向生物信息学，且与 Dash 兼容的组件，它可以将生物信息学领域中常见的数据整合到 Dash 应用程序，以实现响应式的生物信息学数据可视化。安装pip install dash dash-bio截止 2019 年 10 月，dash-bio 在 PyPI 的最新版本为 0.1.3，dash 的最新版本为 1.3
Python认识 Python最新的版本为3.X的版本，也会是以后的方向，没有Python基础的建议在这个版本上进行学习，及时大量的公司使用Python2.X而且支持Python2.X的库很多，但是以后随着Python的更新，也会有越来越多Python3支持库。话不多说 1.Python3安装 官网就可以直接下载Python3的安装包，选择对应的操作系统即可，无脑安装next，但是切记要
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2024-02-22 12:21:52
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NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ BioPython官方文档：https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/bioPython是生物信息领域用于基因序列比对的一个工具，在搭建本地化blast的时候很实用。 以下笔记内容是在开发过程中参考官方文档 第七章：BLAST 后的相关问题及解决记录。首先，使用NCBI
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2023-12-18 20:46:25
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sudo apt-get install python-biopythonsudo apt-get install python-biopython-docsudo apt-get install python-biopython-sqlsudo apt-get build-dep python-biopython
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2010-10-23 22:41:00
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第2章 快速开始 —— 你能用Biopython做什么？¶此部分旨在能让你快速开始Biopython，并给你一个大概的了解什么可用以及如何使用它。此部分的所有例子都会假设你有Python的基础知识，并且前提是你已经在你系统上安装了Biopython。如果你认为你需要认真复习Python，主流的Python网站提供了相当多的免费文档，你可以从以下网站开始(http://www.python.org/
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2023-12-14 12:26:07
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序列比对是生物信息学分析中的常见任务，包含局部比对和全局比对两大算法，局部比对最经
原创
2022-06-21 09:23:40
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教 程 目 录在本章中，我们将讨论Biopython提供的一些高级序列特征.补体和反向补体核苷酸序列可以是反向补充以获得新的序列.此外，补充序列可以反向补充以获得原始序列. Biopython提供了两种方法来实现这一功能 : 补充和反向补充.这个代码在下面和下面给出;>>> from Bio.Alphabet import IU
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2024-01-26 12:26:49
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Biopython入门1. 什么是Biopython？Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。 Biopython官网(http://www.biopython.org)为使用和研究生物信息学的开发者提供了一个在线资源库，包括模块、脚本以及一些基于Python的软件的网站链接。Biopython致力于通过创造高质量的和可重复利用的模块及类，从而使得Pytho
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2023-11-20 21:31:19
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文章目录公共模块下载和安装模块导入模块自定义模块 公共模块Python之所以强大，是因为极其活跃的Python开发社区无时无刻不有大神在开发和分享自己的大作，也就是所谓的模块，而我们只需要通过导入和使用这些模块即可。下载和安装模块第三方模块，一般需要通过Python的包/模块管理工具pip进行下载和安装，Python 2.7.9 + 或 Python 3.4+ 以上版本都自带 pip 工具，以安
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2023-12-14 10:42:44
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这篇文章写得实在是通俗易懂，作者幽默的解释了Markov和隐Markov模型，入门必看。 同前面一样，因为编辑器不支持latex方式的数学公式输入，所以我就试图用文字的方式来简要描述一下隐Markov模型（Hidden Markov Model，HMM）。所有这类模型都有一个前提假设，就是下一个时刻的状态只与当前时刻
# 使用Biopython处理Fasta文件的流程
## 介绍
在生物信息学中，Fasta是一种常见的格式，用于存储生物序列数据，如DNA、RNA和蛋白质序列。Biopython是一个广泛使用的Python库，提供了处理生物信息学数据的工具和算法。本文将教会你如何使用Biopython来处理Fasta文件。
## 步骤概览
下表展示了使用Biopython处理Fasta文件的基本步骤：
原创
2024-01-29 08:33:15
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# 安装Biopython
Biopython是一个用于生物信息学的强大库，它提供了丰富的数据处理和分析功能，可以处理序列、结构以及生物学相关的各种数据。是否想过如何在你的Python环境中安装Biopython？本文将为你提供一个详细的安装指南以及一些基本的代码示例，帮助你快速上手Biopython。
## 安装Biopython
在安装Biopython之前，确保你的计算机上已安装了Py
Biopython教程 参考： https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html蛋白质文件获取Entrez方法from Bio import Entrez
Entrez.email='邮箱名' #如'123456789@qq.com'
handle=Entrez.esearch(db='protein',term='2rbg'
这次使用的是 biopython 中解析 blast 结果的功能，随着 blast 版本的不断更新， blast的输出结果的格式也在不断改变，所以这对于 biopython 解析 blast 的结果造成了很大影响，所以 biopython 中一般倾向于处理 xml 格式的 blast 输出结果，因为这种结果的格式一般不随 blast 版本的改变而改变。在进行 blast 的时候需要选择参数 -ou
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2023-07-07 23:10:27
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21.7 贡献源码¶除了使用Python语言开发生物学相关的程序外，任何人都可以没有限制地加入Biopython源码的开发。任何人若对某方面的编程感兴趣，Biopython邮件列表是讨论此事最合适的地方——只需告知我们你的兴趣所在或工作内容。通常来讲，在开发某个模块之前，我们会在邮件列表里讨论此事，因为这样做会有助于产生好的想法，讨论完成之后，就剩下编程了！主要的Biopython发布版本会尽量做
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2024-08-29 17:30:50
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内建函数名（表达形式）主要作用备注abs(x)返回一个X值得绝对值(x=int/float/复数) all(iterable)如果 iterable 的所有元素均为 True（或 iterable 为空），则返回 True any(iterable)如果iterable中有任何一个元素为True，则返回True。如果iterable为空，则返回False ascii(
Linux是一种自由和开放源代码的操作系统，广泛应用于各种领域，包括生物信息学。Biopython是一个专为生物信息学而设计的Python工具包，可以帮助生物学家处理生物信息学数据，如序列分析、结构分析和进化分析。在Linux系统上使用Biopython可以帮助生物学家更高效地进行研究和数据分析。
红帽是Linux操作系统的主要发行版之一，提供了许多强大的工具和软件包，适合于各种不同的应用领域。
原创
2024-05-08 10:22:43
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