# R语言差异代谢物倍数柱状图的绘制
在生物信息学领域，差异代谢物的分析有助于我们理解生物过程、疾病机制以及药物作用等。通过直观的可视化手段，研究人员可以更轻松地识别出值得关注的代谢物。在本文中，我们将学习如何用R语言绘制差异代谢物的倍数柱状图，并提供相关代码示例。
## 流程概述
下面是绘制差异代谢物倍数柱状图的简单流程图：
```mermaid
flowchart TD
A[导
原创
2024-08-06 12:37:27
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**R语言数据可视化_科学统计图表1——火山图1——什么是火山图？ 火山图中每个点代表一个基因，常被用于展示差异，比如差异表达基因、差异微生物等等。火山图的两轴分别表示基因表达值差异的显著性和差异的程度(1)火山图的y轴是-log10(PValue)，有事也可以利用PValue的校正值QValue，因此数值越高说明PValue越小，即差异越显著。 (2)横坐标是Log2(FD),即对Fold Ch
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2023-08-30 18:34:07
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生物学是一种复杂的学科，往往单一组学无法探究想要了解的生物学问题，这时就要运用到多组学联合分析。近年来，多组学研究的不断发展和持续火热，越来越多的研究者开始将微生物组学和代谢组学联合起来。16s全长扩增子测序可提供细菌构成、基因丰度，可以解决who-有谁以及many-有多少的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决what h
# R语言分析差异代谢物的流程指引
## 一、流程概述
在代谢组学中，分析差异代谢物的流程一般分为几个步骤。以下是一个清晰的步骤表：
| 步骤 | 描述 | 代码示例 |
|------|------------------------|--------------------------------
引言全基因组选择是 21 世纪动植物育种的一种重要的选择策略，其核心就是全基因组预测，即基于分布在整个基因组上的多样性分子标记来对育种值进行预测，为个体的选择提供依据。全基因组选择( genomic selection，GS) 是利用分布在整个基因组上的分子标记来估算育种值的一种高效、经济的方法．它实质上是估计所有基因或染色体片段的联合效应，并结合这些效应来预测基因组 估计的育种值( genomi
主成分分析（PCA）是一种无监督降维方法，能够有效对高维数据进行处理。但PCA对相关性较小的变量不敏感，而PLS-DA（偏最小二乘判别分析）能够有效解决这个问题。而OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析）结合了正交信号和PLS-DA来筛选差异变量。本分析主要用于代谢组学中差异代谢物的筛选。数据集液相色谱高分辨质谱法（LTQ Orbitrap）分析了来自183位成人的尿液样品。sacurine li
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2024-01-31 00:47:41
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# 如何实现“R语言 差异代谢物与差异基因互作网络图”
## 整体流程
为了实现“R语言 差异代谢物与差异基因互作网络图”，我们需要按照以下步骤进行操作：
| 步骤 | 操作 |
| ---- | ---- |
| 1 | 载入数据 |
| 2 | 数据预处理 |
| 3 | 差异代谢物与差异基因的关联分析 |
| 4 | 构建网络图 |
| 5 | 可视化展示 |
## 详细操作步骤
原创
2024-05-27 06:17:15
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识别差异表达蛋白编码基因题目回顾1.识别差异表达蛋白编码基因1.1文件读入1.2 预处理1.3 t检验1.4 fold change1.5合并2.绘制火山图2.1最简单的火山图绘制：2.2关于ggplot2的其他细节用法3.绘制热图3.1 选出up、down基因各100个3.2 作图 题目回顾1.利用T检验结合FC的方法识别差异表达蛋白编码基因及lncRNA（ESC与CM之间的差异）注：考虑
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2024-06-26 11:37:05
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Reference: Alex Graves的[Supervised Sequence Labelling with RecurrentNeural Networks]
Alex是RNN最著名变种，LSTM发明者Jürgen Schmidhuber的高徒，现加入University of Toronto，拜师Hinton。统计语言模型与序列学习1.1 基于频数统计的语言模型
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2024-08-08 08:02:15
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文章目录Introductionmodel-FreeModel-Based RLAdvantagesDisadvantagesModel定义目标一些模型表示方法：计划 PlanningSample-Based Planning 基于采样的计划整合Model-Free 和 Model-Based两种经验来源：Dyna基于模拟的搜索前向搜索算法 Foward Search基于模拟的搜索算法MCTS简
# WGCNA模块内代谢物表达量热图分析
## 1. 引言
WGCNA（Weighted Gene Co-expression Network Analysis）是一种用于生物信息学领域中基因共表达网络分析的方法。它可以帮助我们理解基因之间的相互联系，并挖掘与生物过程相关的关键基因和模块。
在生物学研究中，我们常常需要分析代谢物在不同条件下的表达量变化，以揭示其在生物过程中的功能和调控机制。
原创
2023-09-05 18:54:22
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1 ROC曲线有什么作用？ROC曲线如何绘制？2 AUC怎么计算？KS值有什么作用？在最近的一篇文章中，我介绍了ROC曲线背后的一些理论，并概述了它们在表征机器学习模型性能方面的发展历史。 在这篇文章中，我将描述如何在CRAN中搜索绘制ROC曲线的包，并强调六个有用的包。虽然一开始我有一些想谈论的包的想法，像ROCR和pROC，我发现它们在过去是有用的，但我决定使用Gabor Csardi相对较新
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2024-06-21 19:29:44
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一、easyplot包的安装运行下列代码即可安装easyplot包:if(!requireNamespace("devtools",quietly =T)){
install.packages("devtools")
}
devtools::install_github("SidongLii/easyplot",force=T)二、easyplot包的函数2.1 lsdd函数2.1.1 参
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2024-07-30 23:27:51
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本文将统计图表分为四类进行说明。分别为趋势类、对比类、分布类和占比类，每类选择两种图进行分析。 在R语言中，本文使用ggplot2包实现图的绘制。趋势类：折线图、面积图 对比类：柱状图、分组柱状图 分布类：散点图、直方图 占比类：饼图、环形图趋势类1. 折线图 (Line Chart)折线图中，类别数据沿水平轴均匀分布，所有值数据沿垂直轴均匀分布。该图展示数据随时间或有序类别的变化趋势。 ①使用g
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2023-06-25 13:37:40
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先来感受下准备好数据后仅需1秒的极速出图流程和一键修改配色，性能遥遥领先： 本次复现的图表来源于Nature子刊Nature Communications（NC，IF=16.6）题目为《Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP+ fibroblasts and SPP1+ macrophages in colorecta
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2024-07-31 20:55:35
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介绍： 数据可视化是一种非常清晰的展示数据的方式，使读者能够更快地理解研究结果。R软件具有很强的数据可视化功能，本推文介绍用R软件的ggplot2程序包绘制柱形图和折线图的代码。本文中，柱形图包括简单柱形图和簇状柱形图，简单柱形图可展示单因素分析的结果，簇状柱形图展示多因素的结果。软件要求：R软件，R-studio，ggplot2程序包。后台回复DrawByggplot2，可以获得本文代码和数
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2023-11-18 14:00:39
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目录1. 最基本条形图2. 改变填充颜色与柱子宽度3. 改变横纵坐标轴名称、字体和字号4. 旋转坐标轴文字，或挪动其位置5. 调整图片背景与页边距6. 相关链接 1. 最基本条形图假设名为dat的数据框(data.frame)包含两列，第一列是name，第二列是value。我们希望绘制一个横坐标为name，纵坐标为value的条形图library(ggplot2)
ggplot(data = d
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2023-08-31 17:03:14
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综述文章标准数据流程样例 & 实用工具
MetaboAnalyst的多组学分析
代谢组学数据质量评估主成分分析（PCA）PLS-DA/OPLS-DA二维图数据归一化分析单变量统计分析差异代谢产物聚类分析KEGG差异代谢产物通路分析程序综述文章【代谢组学】3.数据分析【代谢组学】4.生物标志物分析非靶向代谢组学数据分析方法总结标准数据流程样例 & 实用工具质谱原始数据出发，进行峰对齐
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2023-07-23 16:01:13
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R语言中可以通过调整柱状图的颜色来突出显示特定的数据或者增强图表的可读性。下面我将介绍一种通过自定义颜色向量来调整柱状图颜色的方案。
首先，我们需要准备一个包含颜色信息的向量，用于指定每个柱状图的颜色。我们可以使用R语言中提供的颜色名称、RGB值或者十六进制颜色码来表示颜色。以下是一个示例向量，包含了4个不同的颜色：
```R
colors C[绘制柱状图]
C --> D[结束]
原创
2023-10-30 10:58:57
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百趣代谢组学资讯：代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是继基因组学和蛋白质组学之后发展起来的新兴的组学技术，是系统生物学的重要组成部分，研究对象大都是相对分子质量1000以内的小分子物质。代谢组学是对某一生物体组份或细胞在一特定生理时期或条件下所有代谢产物同时进行定性和定量分析，以寻找出目标差异代谢物。可用于疾病早期诊断、药物靶点发现、疾病机理研究及疾病诊断等。国内外研究
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2023-12-12 19:27:11
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