有了R语言的基础，以及ggplot2绘图基础，我们的生信常用分析图形的绘制就可以提上日程了！本系列，师兄就开始带着大家一起学习如何用R语言绘制我们自己的各种分析图吧！系列内容包括：各种类型的热图你学会了吗？
普通热图环形热图解锁火山图真谛！
plot函数就能画火山图？高级函数绘制火山图–ggplot2、ggpurb经典富集分析及气泡图、柱状图绘制
气泡图绘制柱状图绘制富集分析圈图
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2024-01-27 19:57:24
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火山图是生物信息学中常见的图表类型之一，其作用是展示差异基因的分布情况，横轴表示差异基因表达变化的倍数(Fold change)，一般常取以2为底的对数，表示为log2(FC)，而纵轴则表示p-value，亦或是更为严格的筛选标准q-value(又称adjusted p-value)，一般常取负的以10为底的对数，表示为-log10(p-value)。常用的火山图绘制方法包括R语言的ggplot2
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2023-12-03 11:16:04
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前言坐标轴和图例被统称为 guides，通常使用标度函数来控制，如 limits, breaks 和 labels 参数。坐标轴与图例很类似，例如，坐标轴的轴标签与图例的标题都是对应到标度函数的 name 参数，而图例的标识（key label）和轴的刻度标签对应于标度函数的 break 参数除了可以在每个标度函数中分开设置，也可以使用 guides() 函数来进行统一设置，两种设置方式是等价的。
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2024-07-25 13:10:19
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今天笔记的内容是R语言中散点图绘制方法，用到了plot（普通散点图）、pairs（散点图矩阵）函数。散点图是指在回归分析中，数据点在直角坐标系平面上的分布图，散点图表示因变量随自变量而变化的大致趋势，据此可以选择合适的函数对数据点进行拟合。用两组数据构成多个坐标点，考察坐标点的分布，判断两变量之间是否存在某种关联或总结坐标点的分布模式。散点图将序列显示为一组点，值由点在图表中的位置表示。散点图怎么
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2023-06-21 20:25:20
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黄小仙上次分享了小提琴曲线(violin plot)的作图方法,今天小仙同学给大家介绍一下如何用R画出漂亮的密度图(density plot)。Step1. 绘图数据的准备 首先还是要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，把excel保存成csv格式。 数据的格式如下图：一列表示一种变量，第一行是列名Step2. 绘图数据的读取data<-read.csv(“your file pa
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2023-10-07 22:28:51
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在火山图中，我们有时候会想要标注出自己感兴趣的基因，这个时候该怎么嘞！还有还有，在添加标签时，可能会遇到元素过多或位置密集导致标签显示不全，或者虽然显示全了但显得密集杂乱，不易阅读的情况。这可咋整捏！话不多说，直接开干！（本节内容同时适用于其他散点型图表）数据处理今日份绘图所用到的数据是之前的看完还不会来揍/找我 | 差异分析三巨头 —— DESeq2、edgeR 和 limma 包 | 附完整代
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2024-08-28 22:13:23
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绘制好看的火山图 现在有很多软件都可以画火山图，比如说生信人推出的小工具等，很多画图的小工具现在画的火山图也比较号看了，但是个人还是喜欢用R语言画图。我觉得R语言画的图可调整性大，主观意识更强。很多在线的软件画出的图都是作者根据他们自己的感觉排版的，但是R语言不同。下面我以生信人小工具和R语言绘制的火山图为例，简单叙述一下，如何绘制火山图。 这里我不详细介绍如何用生信人小工具画图，有想了解的 自行
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2023-10-12 15:57:27
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# R语言柱状图去除图例的实现方法
作为一名经验丰富的开发者，我很高兴能帮助刚入行的小白解决在R语言中制作柱状图并去除图例的问题。接下来，我将详细介绍整个流程，包括所需的代码和注释。
## 1. 流程概述
首先，我们通过一个表格来概述整个流程：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 导入数据 |
| 2 | 创建柱状图 |
| 3 | 去除图例 |
| 4 |
原创
2024-07-26 10:05:42
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## R语言去除图例
在使用R语言进行数据可视化时，图例是一项非常重要的元素。它能够帮助我们解释图表中不同元素的含义，提高图表的可读性和可理解性。然而，在某些情况下，我们可能需要去除图例，以便更好地突出图表中的数据。本文将介绍如何在R语言中去除图例，并提供相应的代码示例。
### 为什么需要去除图例？
在一些情况下，图例可能会干扰我们对图表数据的理解。比如，当我们只想展示一个变量的趋势时，图
原创
2023-08-13 04:11:12
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# R语言绘制星座图图例
## 引言
在数据可视化的众多方法中，星座图（也称为散点图或气泡图）因其直观性和表达力而备受青睐。它有效地展示了多维数据之间的关系，同时使得不同数据组别的分析变得更加便捷。本文将介绍如何使用R语言绘制星座图，并在图中添加图例以增强可读性。我们会通过具体的代码示例，帮助读者理解星座图的创建过程。
## R语言简介
R语言是一种广泛使用的统计计算和图形绘制语言。它提供
发现问题的眼睛，面对困难的信心，解决问题的能力From 生物技能树，R语言基础第六节文章目录@[TOC](文章目录)接上次的ggplot1.ggplot几何对象a.局部设置和全局设置b.坐标系c.主题2.ggplot语法总结a. ggpubr包3.图片保存的三种方法a.基础包作图的保存b.ggplot系列图(包括ggpubr)通用的简便保存 ggsavec.eoffice包导出为ppt,全部元素都
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2024-06-19 22:24:51
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R语言是一种用于统计分析和数据可视化的编程语言，其强大的图形功能使其成为研究人员和数据科学家的首选工具之一。在进行数据可视化时，图例是非常重要的，它可以帮助读者理解图形中所显示的数据。然而，有时候我们可能希望去除图例，使得图形更加简洁和直观。本文将介绍如何使用R语言的CombinePlots包去除图例。
首先，我们需要安装CombinePlots包。在R控制台中输入以下命令：
```R
ins
原创
2023-10-21 07:51:44
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# 如何实现R语言图例去除背景
## 概述
在R语言中，我们经常需要绘制图表并添加图例。然而，有时候图例的背景色可能会干扰图表的美观度。本文将介绍如何使用R语言去除图例的背景色，并提供具体的代码示例。
## 实现步骤
下面是实现“R语言图例去除背景”的具体步骤：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 步骤1 | 绘制图表 |
| 步骤2 | 添加图例 |
| 步骤3 | 调
原创
2023-08-16 07:32:46
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# 用R语言绘制火山图：基础科普与实用示例
## 什么是火山图？
火山图（Volcano Plot）是一种常用的可视化工具，通常用于高通量生物数据分析，特别是在基因表达研究中。它通过展示基因的显著性与变化倍数，使研究者能够快速识别出值得关注的基因。横坐标通常代表了基因表达的变化倍数（log2 fold change），而纵坐标则表示显著性（通常用-log10 P值表示）。
## 为什么要使用
原创
2024-10-10 06:35:54
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Australian Salaries by Gender 欢迎来到ggplot2的世界！ggplot2是一个用来绘制统计图形的 R 软件包。它可以绘制出很多精美的图形，同时能避免诸多的繁琐细节，例如添加图例等。用 ggplot2 绘制图形时，图形的每个部分可以依次进行构建，之后还可以进行编辑。ggplot2 精心挑选了一系列的预设图形，因此在大部分情形下可以快速地绘制出许多高质量的图形。如果在
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2024-09-26 11:22:24
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一边学习，一边总结，一边分享！教程图形前言最近的事情较多，教程更新实在是跟不上，主要原因是自己没有太多时间来学习和整理相关的内容。一般在下半年基本都是非常忙，所有一个人的精力和时间有限，只能顾一方面。所以，长时间不更新是很正常的，若在看本教程的你，若有愿意分享的教程，可以投稿，我们也欢迎投稿。今天，来分享一下近两天自己的学习笔记。火山图，此图也是实用性很强，80%的同学应该可以用得到，今天分享的只
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2024-08-20 22:52:09
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森林图在论文中很常见，多用于表示多因素分析中的变量与结果变量的比值效应，可以用图示的方法比较直观的绘制出来，本期介绍两种快速绘制多因素回归分析森林图方法，比较适合新手，可以快速出图。 继续使用我们的乳腺癌数据首先把数据和包导入library(foreign)
library(survival)
library("survminer")
bc <- read.spss("E:/r/test/B
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2023-08-17 16:47:41
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火山图 Volcano plot
在统计学上，火山图是一种类型的散点图，被用于在大数据中快速鉴定变化。由于它的形成像火山喷发的样子，所以被称为火山图。和上文讲的曼哈顿图类似。
火山图基本元素
火山图也有很多种样式，在生物学高通量测序结果中，常见有的X和Y轴分别为aboundance
前言 偶然搜到这个包，不同于ggplot的强大，这个包是专门绘制火山图的，优化做得比较好，少量参数就可以做出不错的差异表达火山图。另外还是用了另一个r包的示例文件，所以大家完全可以重现这个图哈。我的大部分代码可能都会找r包里的示例文件作图，方便大家学习和重现。安装并激活r包EnhancedVolcanoif (!requireNamespace('BiocManager', quietly = T
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2023-12-01 13:04:50
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# 用R语言绘制火山图的指南
## 引言
火山图（Volcano Plot）是一种常用于基因组学和生物信息学领域的可视化工具，主要用于展示高通量实验中多重比较分析的结果。它通过横坐标展示基因的表达变化倍数（Fold Change），纵坐标则展示显著性水平的负对数（-log10 p-value）。火山图不仅能帮助研究人员迅速识别出显著上调或下调的基因，也为后续的生物学分析提供了重要依据。
##
原创
2024-10-19 05:56:02
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