黄小仙上次分享了小提琴曲线(violin plot)的作图方法,今天小仙同学给大家介绍一下如何用R画出漂亮的密度图(density plot)。Step1. 绘图数据的准备 首先还是要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，把excel保存成csv格式。 数据的格式如下图：一列表示一种变量，第一行是列名Step2. 绘图数据的读取data<-read.csv(“your file pa
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2023-10-07 22:28:51
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# 用R语言绘制火山图：基础科普与实用示例
## 什么是火山图？
火山图（Volcano Plot）是一种常用的可视化工具，通常用于高通量生物数据分析，特别是在基因表达研究中。它通过展示基因的显著性与变化倍数，使研究者能够快速识别出值得关注的基因。横坐标通常代表了基因表达的变化倍数（log2 fold change），而纵坐标则表示显著性（通常用-log10 P值表示）。
## 为什么要使用
原创
2024-10-10 06:35:54
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火山图是生物信息学中常见的图表类型之一，其作用是展示差异基因的分布情况，横轴表示差异基因表达变化的倍数(Fold change)，一般常取以2为底的对数，表示为log2(FC)，而纵轴则表示p-value，亦或是更为严格的筛选标准q-value(又称adjusted p-value)，一般常取负的以10为底的对数，表示为-log10(p-value)。常用的火山图绘制方法包括R语言的ggplot2
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2023-12-03 11:16:04
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火山图 Volcano plot
在统计学上，火山图是一种类型的散点图，被用于在大数据中快速鉴定变化。由于它的形成像火山喷发的样子，所以被称为火山图。和上文讲的曼哈顿图类似。
火山图基本元素
火山图也有很多种样式，在生物学高通量测序结果中，常见有的X和Y轴分别为aboundance
前言 偶然搜到这个包，不同于ggplot的强大，这个包是专门绘制火山图的，优化做得比较好，少量参数就可以做出不错的差异表达火山图。另外还是用了另一个r包的示例文件，所以大家完全可以重现这个图哈。我的大部分代码可能都会找r包里的示例文件作图，方便大家学习和重现。安装并激活r包EnhancedVolcanoif (!requireNamespace('BiocManager', quietly = T
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2023-12-01 13:04:50
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# 用R语言绘制火山图的指南
## 引言
火山图（Volcano Plot）是一种常用于基因组学和生物信息学领域的可视化工具，主要用于展示高通量实验中多重比较分析的结果。它通过横坐标展示基因的表达变化倍数（Fold Change），纵坐标则展示显著性水平的负对数（-log10 p-value）。火山图不仅能帮助研究人员迅速识别出显著上调或下调的基因，也为后续的生物学分析提供了重要依据。
##
原创
2024-10-19 05:56:02
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这里介绍火山图的绘制，火山图常常出现在芯片、转录组、蛋白组、代谢组等组学检测技术的结果中，并且通常伴随热图一起出现，文章中也很常见。一.数据处理如果你想获取该数据用于自己练习，下面是获取数据的地址：https://docs.qq.com/sheet/DV3ZwZWl5UURjUGJi数据格式是这样的。二.绘图1.读入数据data <- read.csv("BioInfoNotesData4.
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2023-12-13 17:36:18
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在火山图中，我们有时候会想要标注出自己感兴趣的基因，这个时候该怎么嘞！还有还有，在添加标签时，可能会遇到元素过多或位置密集导致标签显示不全，或者虽然显示全了但显得密集杂乱，不易阅读的情况。这可咋整捏！话不多说，直接开干！（本节内容同时适用于其他散点型图表）数据处理今日份绘图所用到的数据是之前的看完还不会来揍/找我 | 差异分析三巨头 —— DESeq2、edgeR 和 limma 包 | 附完整代
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2024-08-28 22:13:23
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有了R语言的基础，以及ggplot2绘图基础，我们的生信常用分析图形的绘制就可以提上日程了！本系列，师兄就开始带着大家一起学习如何用R语言绘制我们自己的各种分析图吧！系列内容包括：各种类型的热图你学会了吗？
普通热图环形热图解锁火山图真谛！
plot函数就能画火山图？高级函数绘制火山图–ggplot2、ggpurb经典富集分析及气泡图、柱状图绘制
气泡图绘制柱状图绘制富集分析圈图
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2024-01-27 19:57:24
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火山图是生物信息学中常见的图表类型之一，其作用是展示差异基因的分布情况，横轴表示差异基因表达变化的倍数(Fold change)，一般常取以2为底的对数，表示为log2(FC)，而纵轴则表示p-value，亦或是更为严格的筛选标准q-value(又称adjusted p-value)，一般常取负的以10为底的对数，表示为-log10(p-value)。常用的火山图绘制方法包括R语言的ggplot2
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2024-08-19 14:24:09
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绘制好看的火山图 现在有很多软件都可以画火山图，比如说生信人推出的小工具等，很多画图的小工具现在画的火山图也比较号看了，但是个人还是喜欢用R语言画图。我觉得R语言画的图可调整性大，主观意识更强。很多在线的软件画出的图都是作者根据他们自己的感觉排版的，但是R语言不同。下面我以生信人小工具和R语言绘制的火山图为例，简单叙述一下，如何绘制火山图。 这里我不详细介绍如何用生信人小工具画图，有想了解的 自行
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2023-10-12 15:57:27
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发现问题的眼睛，面对困难的信心，解决问题的能力From 生物技能树，R语言基础第六节文章目录@[TOC](文章目录)接上次的ggplot1.ggplot几何对象a.局部设置和全局设置b.坐标系c.主题2.ggplot语法总结a. ggpubr包3.图片保存的三种方法a.基础包作图的保存b.ggplot系列图(包括ggpubr)通用的简便保存 ggsavec.eoffice包导出为ppt,全部元素都
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2024-06-19 22:24:51
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一边学习，一边总结，一边分享！教程图形前言最近的事情较多，教程更新实在是跟不上，主要原因是自己没有太多时间来学习和整理相关的内容。一般在下半年基本都是非常忙，所有一个人的精力和时间有限，只能顾一方面。所以，长时间不更新是很正常的，若在看本教程的你，若有愿意分享的教程，可以投稿，我们也欢迎投稿。今天，来分享一下近两天自己的学习笔记。火山图，此图也是实用性很强，80%的同学应该可以用得到，今天分享的只
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2024-08-20 22:52:09
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今天笔记的内容是R语言中散点图绘制方法，用到了plot（普通散点图）、pairs（散点图矩阵）函数。散点图是指在回归分析中，数据点在直角坐标系平面上的分布图，散点图表示因变量随自变量而变化的大致趋势，据此可以选择合适的函数对数据点进行拟合。用两组数据构成多个坐标点，考察坐标点的分布，判断两变量之间是否存在某种关联或总结坐标点的分布模式。散点图将序列显示为一组点，值由点在图表中的位置表示。散点图怎么
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2023-06-21 20:25:20
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火山图用于展示基因表达差异的分布，横轴为Log2 Fold Change，越偏离中心差异倍数越大；纵轴为(-1)*Log10 P_adjust，值越
原创
精选
2024-06-17 15:51:49
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实现渐变火山图的R语言代码
## 引言
在数据可视化中，渐变火山图是一种常用的图表类型。它能够同时展示两组变量之间的差异，并通过颜色的渐变显示变量的值。本文将教你如何使用R语言代码实现渐变火山图。
## 整体流程
下面是实现渐变火山图的整体流程，我们可以用一个表格来展示每个步骤的具体操作：
| 步骤 | 操作 |
| ---- | ---- |
| 步骤1 | 数据准备 |
| 步骤2 |
原创
2024-01-15 09:58:59
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本期介绍利用R语言筛选差异表达基因及绘制火山图。一、什么是火山图？火山图（volcano plot）是散点图的一种，它将统计测试中的统计显著性量度（如p-value、FDR）和变化幅度相结合，从而可以快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据点（基因、代谢物、微生物等）。是一种单变量统计分析方法，常应用于转录组、基因组、蛋白质组、代谢组等统计数据分析。其每个点代表一个检测到的基因/代谢物
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2023-06-21 10:10:22
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# 如何在R语言中更改火山图的legend大小
火山图是一种用于展示基因表达数据的可视化工具。在R语言中绘制火山图时，legend的大小可能需要根据数据和个人的喜好进行调整。本文将详细介绍如何实现这一操作。
## 整体流程
| 步骤 | 描述 |
|------|----------------------------------|
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原创
2024-10-27 03:24:42
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三元图/三元相图 Ternary Plot
三元图有6种英文叫法，其中ternary plot最为常用。三元图是重心图的一种，它有三个变量，但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中，图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。常用于物理化学、 岩石学、矿物学、冶金学和其它物理科学，用于表示在同一个系统中三组分间的比例。在群体遗传学中，它被称做Finetti
R语言如何可视化双坐标图？目录R语言如何可视化双坐标图？R语言是解决什么问题的？R语言如何可视化双坐标图？R语言是解决什么问题的？R 是一个有着统计分析功能及强大作图功能的软件系统，是由奥克兰大学统计学系的Ross Ihaka 和 Robert Gentleman 共同创立。由于R 受Becker, Chambers & Wilks 创立的S 和Sussman 的Scheme 两种语言的影
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2023-06-25 13:53:06
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