大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 植物的生长发育不仅受自身基因遗传因素的调控，还受到环境胁迫、内源激素变化等影响，其中转录因子在植物的生物钟调控、激素信号转导、生长和代谢等过程中发挥重要作用。染色质免疫共沉淀技术（chromatin immunoprecipitation，ChIP）可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀，特异性地富集目的蛋白结合
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2024-01-08 15:49:52
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本期，易基因小编给您讲讲染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。手把手教你做染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验。一、染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）技术原理蛋白质与DNA相互识别是基因转录调控的关键,也是启动基因转录的前提。ChIP技术是在全基因组范围内检测DNA与蛋白质体内相互作用的一种
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2023-12-18 22:43:34
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生物科研人员发文章必不可少的就是对测序数据梳理整合，目前比较火爆的分析内容有关键基因筛选，基因家族分析，排名前十的GO注释分类图，特定功能相关基因的互作网络图，多个分组共有差异基因通路展示，转录因子预测及功能分析等等。这些分析怎么做？需要提供什么数据？收费贵不贵？多久能拿到结果？我能不能自己做？转录组数据分析目前比较模式化，要想赢得审稿人青睐，必须要结合具体的科学问题做针对性展示。
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2023-10-16 09:16:23
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问：我做了疾病发展过程六个阶段的转录组研究，可是文章投稿编辑说我的研究太单薄？除了差异分析，我还能不能用转录组的数据再挖掘一些信息出来呢？答：您可以试试WGCNA分析呀？相信很多老师都有这样的困扰——利用转录组数据，仅仅做差异表达就够了吗？其实不光是转录组项目，如何利用已有的数据，挖掘更多的信息来丰满我们的研究结果呢？这里，线条姐给大家推荐的WGCNA分析便是其中的一种方法。WGCNA（Weigh
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2023-10-24 09:00:07
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欢迎关注”生信修炼手册”!FactorBook整合了ENCODE数据库中人和小鼠的chip_seq数据，以转
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2022-06-21 06:09:04
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前言要做分析那肯定要下载数据，这下载数据的过程大家肯定都会，但是下载完的数据真的能直接就使用吗？使用工具： R 提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考一、数据质量分析有什么用吗？GEO可以对芯片的数据进行管理，但是并不对数据的质量进行监控，所以这就需要我们对所下载的芯片的数据进行质量风险，规避之后做的分析有风险。二、相对对数表达（RLE）与相对标准差（NUSE）相对对数表达（RL
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2024-01-15 21:02:46
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# 转录组数据分析的基础知识与实践
转录组数据分析是生物信息学中的一个重要领域，它研究生物体内所有转录本的表达情况，包括编码蛋白质的mRNA和非编码RNA。通过对转录组数据的分析，科学家能够了解基因表达的变化，对疾病机理进行深入研究并发现潜在的生物标志物。
## 转录组数据的生成
转录组数据通常通过高通量测序技术获得，常见的技术包括RNA-Seq。RNA-Seq能够对样本中所有转录本进行测序
染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步，ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低，ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理：甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA 交联，通过超声波将交联后的染色质 打断成小片段
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2023-06-14 10:31:38
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写的非常好 怕找不到留着自己看！如果作者不同意我会删除。前言接下来我们要介绍的是 RNA-seq 数据的处理分析流程，根据 RNA-seq 测序技术的不同，可以分为三种：Stark et al. Nat Rev Genet(2019)1. short-read
2. long-read
3. direct RNA-seq而我们一般的 RNA-seq
# Python数据分析与地理信息系统（GIS）
地理信息系统（GIS）是一种用于捕捉、存储、分析和展示地理空间数据的计算机系统。在数据分析领域，GIS 技术的应用越来越广泛，特别是在城市规划、环境监测、交通管理等领域。Python，作为一种强大的编程语言，提供了丰富的库来支持GIS分析，如`geopandas`、`folium`和`matplotlib`等。
## Python中的GIS分析
原创
2024-07-17 04:29:48
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零基础入门转录组分析——第一章（软件的安装） 目录零基础入门转录组分析——第一章（软件的安装）1. conda的安装2. conda配置channels3. 常用生信软件的安装 （我这里使用的虚拟机是vmwarewokstation，版本16.0.0， linux系统是ubantu64位，版本20.04.3）
转录组分析全流程：软件安装——数据准备——质控——序列比对——表达定量——数据可视化
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2023-10-19 06:47:23
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为什么要研究转录因子结合的顺式作用元件真核生物转录起始过程十分复杂，往往需要多种蛋白因子的协助，转录因子与RNA聚合酶Ⅱ形成转录起始复合体，共同参与转录起始的过程。根据转录因子的作用特点可分为二类；第一类为普遍转录因子,它们与RNA聚合酶Ⅱ共同组成转录起始复合体时，转录才能在正确的位置开始。除TFⅡD以外，还发现TFⅡA，TFⅡB，TFⅡF，TFⅡE，TFⅡH等，它们在转录起始复合体组装的不同阶段
GEO数据挖掘，表达芯片分析举例：王同学近期拟通过生物信息学相关软件与数据库来探讨女性非抽烟者的非小细胞肺癌预后相关的显著性基因及潜在的治疗靶点，他在NCBI上查询到了1套芯片数据GSE19804。请帮助他完成该项目的设计与分析。一、一般流程1、找数据，找到GSE编号2、下载数据：包括表达矩阵、临床信息、分组信息3、数据探索：分组之间是否有差异，PCA，热图4、limma差异分析及可视化：P值、l
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2023-07-11 20:46:50
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# Geo数据分析流程指南
作为一名开发者，了解如何进行地理数据分析是非常重要的。这篇文章将帮助你理解整个分析流程，并通过代码示例和可视化工具展示每一个步骤。
## 第一步：Geo数据分析流程概述
在进行Geo数据分析之前，首先要了解整个分析流程。可以通过下面的表格了解每一个步骤的概述：
| 步骤 | 描述 |
|--
# 转录组数据分析命令与实践
转录组数据分析是生物信息学中的关键步骤，主要用于研究特定条件下基因表达的变化。这种分析有助于揭示细胞如何响应外部信号、疾病状态或其他生物过程。本文将针对转录组数据分析的一些常用命令进行介绍，并提供代码示例。
## 数据准备
在进行转录组分析前，首先需要准备数据。通常，我们会利用高通量测序技术获得转录组数据，然后对其进行质量控制。我们使用 `FastQC` 工具进
# 转录组学数据分析入门指南
转录组学是生物信息学的一个重要分支，旨在分析细胞中所有 RNA 的表达水平。它通常通过高通量测序技术（如 RNA-seq）获取数据。对于刚入行的小白来说，虽然这个过程看似复杂，但只要掌握理解步骤和代码，就能轻松完成转录组学数据分析。以下是一个详细的流程介绍和代码示例，帮助你在这个领域入门。
## 整体流程
我们将整个转录组数据分析流程划分为以下几个主要步骤：
# 转录组数据分析的流程指南
转录组数据分析是一项重要的生物信息学任务，旨在对细胞中的RNA进行定量和功能分析。这篇文章将向你介绍转录组数据分析的基本步骤，并提供示例代码供你参考。下面是整个分析流程的概述以及更详细的步骤说明。
## 分析流程概述
| 步骤 | 描述 |
|-------|-------------------------
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) 作为DNA调控元件百科全书整合了1w+个来自不同组织或细胞系的各类实验数据标准。以表观组学研究中的ChIP-seq为例，ENCODE Consortium使用不同的表观基因组分析，并制定对应的分析方案和指南，具有绝对的权威和参考意义。 本期
转录组紧紧围绕基因表达量和功能分析两部分，结合生物学问题来进行数据分析。 高表达基因已经研究比
原创
2022-06-01 09:46:51
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# 转录组数据分析入门指南
转录组数据分析是生物信息学中一个重要的领域，它帮助研究人员理解基因表达的各种模式。对于刚入行的小白来说，学习转录组数据分析的流程可能会有些复杂。在这篇文章中，我们将逐步讲解转录组数据分析的流程，并提供相应的代码示例，帮助你快速入门。
## 分析流程
下面是转录组数据分析的一般流程，可以用表格展示：
|步骤|内容|
|----|---|
| 1 | 数据获取：获
