# R语言与植物系统进化树
植物是地球上最重要的生物之一，它们不仅是生态系统的基石，还为人类提供了食物、药物和氧气。随着分子生物学和计算生物学的迅速发展，研究植物的系统进化关系变得越来越重要。在这个过程中，R语言被广泛应用于数据分析和可视化。本文将介绍如何利用R语言构建植物的系统进化树，并提供相应的代码示例。
## 什么是进化树？
进化树（Phylogenetic Tree）是描述不同物种之
原创
2024-08-08 13:46:13
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随着生物多样性全球大会的举办，不论是管理机构及科研单位、高校都在积极准备，根据国家林草局最新工作指示，我国将积极整合、优化自然保护地，加快推进国家公园体制试点，构建以国家公园为主体的自然保护地体系。针对我国目前已有自然保护区普遍存在保护目标不明确、保护成效低下和保护空缺依然存在等问题，科学的鉴定生物多样性热点保护区域与保护空缺显得刻不容缓。BIOMOD2提供运行多达10余种物种分布模拟模型，模拟特
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2023-10-18 17:02:58
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我们围绕进化树技术进行一些咨询，分析生物类群在时间上的多样性是如何变化的我们将用到分类单元数-时间图（Lineages-through-time plot）,该图可以用来描述物种多样化的总体趋势。相关视频数据3500trees.nexus是nexus格式的文件，里面有3500棵树。besttree.nexus也是nexus格式的文件，里面有1颗树，是从3500颗树中筛选出来的一致树。各支系图示这棵
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2024-07-25 19:50:03
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metacoder_相关物种分类树绘制这个包学习分享的人不多，一方面应用的比较少，其次呢这是基于R6编程的产物，有一定的门槛，其实只要你学会S4类对象，就差不多理解了。例如phyloseq就是典型的S4类对象。这里给出一个应用的案例：metacoder 包学习安装和导入R包#--选择安装cran或者github中的R包
# if(!require(metacoder))install.packag
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2023-10-09 22:18:39
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概观本文是有关 基于树的 回归和分类方法的。用于分割预测变量空间的分割规则可以汇总在树中，因此通常称为 决策树 方法。树方法简单易懂，但对于解释却非常有用，但就预测准确性而言，它们通常无法与最佳监督学习方法竞争。因此，我们还介绍了装袋，随机森林和增强。这些示例中的每一个都涉及产生多个树，然后将其合并以产生单个共识预测。我们看到，合并大量的树可以大大提
如何使用R语言读取进化树
## 流程概述
为了读取进化树，我们将按照以下步骤进行操作：
1. 导入所需的包
2. 读取进化树文件
3. 解析进化树文件
4. 可选：分析和可视化进化树
接下来，我将详细说明每个步骤所需的代码和解释。
## 1. 导入所需的包
在开始读取进化树之前，我们需要导入一些R语言的包。这些包包括`ape`和`phytools`，它们提供了读取和处理进化树的功能。
原创
2023-12-23 03:45:16
348阅读
R语言进化树AAbin是一个用于处理氨基酸序列数据并构建进化树的工具。在生物信息学中，这一过程对于理解不同生物体之间的关系至关重要。以下是关于如何安装、配置、验证和优化R语言进化树AAbin的详细指南。
# 环境准备
在开始之前，我们需要确认我们的环境设置。确保你的计算机系统具备以下基本条件。
## 前置依赖安装
确保安装了最新版本的R，R的安装包可以从 [CRAN官网下载](
```r
R语言可以实现进化树的绘制，下面是一份用于指导新手实现的步骤：
## 步骤概览
下面是绘制进化树的一般步骤概览：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
| 1 | 准备数据 |
| 2 | 构建进化树 |
| 3 | 绘制进化树 |
接下来，我们将逐步介绍每个步骤需要做的事情。
## 步骤详解
### 步骤一：准备数据
首先，我们需要准备用于构建进化树的数据。常见的数据
原创
2023-09-27 18:25:53
233阅读
上次已经介绍过了使用R绘制系统发育树的基本用法，也埋下一个小坑：复现文章里好看的树，现在过来填坑了，哈哈哈。我准备了一些文章里自己觉得很不错的树（当然尽可能风格不同），然后自己生成随机的树和一些随机的无科学意义的注释（仅供画图参考！！！），主要是用ggtree和ggtreeExtra进行代码复现，争取把树的主体都用代码完成，当然一些小细节就还是不得不使用AI等pdf编辑软件进行添加了。Prepar
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2023-12-05 23:12:36
1872阅读
Markov chain Monte Carlo (MCMC)方法最早的实现是Linux下的BUGS，主要是用于Bayesian models涉及的统计计算（1989年），后来移植到Windows下发展成为WinBUGS，并终止了在Linux下的研发。它并不是开源的，于是芬兰的Helsinki大学搞了一个开源的OpenBUGS，法国人Martyn Plummer研发了个开源的JAGS。JAGS，全
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2024-01-16 14:39:37
84阅读
利用spearman相关性分析是构建微生物共现网络常用的方法，需要计算每一对OTU的相关系数r和显著性p值，并对r和p值进行筛选来构建微生物网络。但由于OTU table往往有成千上万行，用R自带的corr.test()函数计算非常费时，严重制约我们的分析速度。笔者在计算4000多行的OTU table时，往往需
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2023-08-03 19:27:11
120阅读
## R语言美化进化树的实现
作为一名经验丰富的开发者，我很高兴能够教会你如何使用R语言来美化进化树。下面是整个实现过程的流程图：
```mermaid
graph TD;
A[导入数据] --> B[构建进化树]
B --> C[美化进化树]
C --> D[保存美化后的进化树]
```
下面我们将逐步进行说明。
### 导入数据
在美化进化树之前，我们首先需要
原创
2023-08-25 16:25:03
297阅读
residue_constances.py 是AlphaFold中最基本的模块，其中包含了所有蛋白质氨基酸的各种参数、相关数据以及在后面数据处理中所需工具。是AlphaFold中最基础的部分。一：氨基酸的基础知识与相关数据表示在生物化学等课程中，关于氨基酸的各种知识讲述较为详细，但是较少提及氨基酸具体的分子结构、各个原子的命名方法等。首先，我们知道，氨基酸结构通式为H2N-CHR-COO
构建进化树构建进化树的主要步骤是比对，建立取代模型，建立进化树以及进化树评估。鉴于以上对于构建系统树的评价，结合本实验室实际情况，以下主要介绍N-J Tree构建的相关软件和操作步骤。1、用Clustal X构建N-J系统树的过程(1) 打开Clustal X程序，载入源文件.File-Load sequences- C: empjc.txt.(2) 序列比对Alignment - Output
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2024-05-19 02:40:59
279阅读
# 用R语言绘制漂亮的进化树
进化树是生物学中常见的工具，用于描述不同物种之间的演化关系。通过绘制进化树，我们可以更好地理解生物物种的进化历史和亲缘关系。R语言是一门功能强大的统计分析和可视化工具，它提供了多种绘制进化树的方法和包，可以帮助我们画出漂亮的进化树。本文将介绍如何使用R语言绘制进化树，并提供相应的代码示例。
## 准备工作
在开始绘制进化树之前，我们需要安装一些必要的R包。其中最
原创
2023-12-28 08:34:23
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前言在开始学习之前，第一个要回答的问题是:为什么要用R语言？或者R语言为何如此有用?R语言是一门快速发展的开源软件，是SAS、STATA和SPSS这类商业软件的竞争对手。就业市场对R语言的需求正在迅速上升，微软等公司也同时承诺将致力让R语言成为数据科学通用语言。看看由Revolution Analytics制作的90秒视频（https://www.youtube.com/watch?v
## R语言相关矩阵进化树实现流程
### 引言
欢迎来到R语言的世界！在本文中，我将带你逐步学习如何实现“R语言相关矩阵进化树”。这是一项重要的数据分析技术，能够帮助我们理解数据之间的关系，并发现隐藏的模式和趋势。
### 整体流程
首先，让我们来了解整个实现过程的流程。下面是一个简单的表格，展示了实现“R语言相关矩阵进化树”的步骤：
| 步骤 | 描述 |
| --- | --- |
|
原创
2023-11-14 13:05:24
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# 使用 R 语言构建生物进化树的入门指南
在计算生物学中，生物进化树（Phylogenetic Tree）是一种常用的图形表示方法，展示了物种之间的进化关系。本文将为刚入行的小白开发者提供一个简单的步骤来创建生物进化树，并将包含每一步的代码示例及相应说明。我们将以 R 语言为工具，并使用相关包实现这一过程。
## 整体流程
那么，构建一个简单的生物进化树需要哪些步骤呢？下面是一个简易的流程
# R语言画圆形进化树项目方案
## 引言
绘制进化树是生物信息学中的一个重要任务，帮助研究者可视化物种之间的关系。传统的树状图往往以直线形式呈现，但圆形进化树通过其独特的展示方式，更加直观和美观。R语言有丰富的绘图工具和包，可以有效实现圆形进化树的绘制。
## 项目目标
本项目旨在通过R语言开发一个工具，帮助研究者以圆形形式绘制进化树，支持自定义样式、颜色及布局，从而提升进化树的可读性和美观
R语言数据分析系列之二
书接上回，说完数据类型，我们来看看数据结构，R中的数据结构有：vector，matrix，array，dataframe，list，ts。今天来一起探讨一下R的vector。在讲数据结构之前，先熟悉一下，本次讲解时要经常用到的函数：本节常用函数生成一个顺序序列seq > 1:10
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 其实
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2023-09-14 14:05:09
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