### R语言做元分析 Egger Test 代码实现流程
为了帮助你理解如何使用R语言实现元分析中的Egger Test，下面是整个流程的步骤。
步骤 | 操作 | 代码
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1 | 加载所需的库 | `library(metafor)`
2 | 读取数据 | `data
原创
2023-09-20 10:57:20
993阅读
1评论
上期“干货预警——原来基因功能富集分析这么简单！”和“【R语言】——基因GO/KEGG功能富集结果可视化（保姆级教程）”介绍如何使用DAVID在线分析工具对基因进行GO/KEGG功能富集分析和使用R ggplot包对获得的基因GO/KEGG功能富集结果进行可视化。本期介绍使用R clusterProfiler包和R AnnotationHub包对基因进行GO/KEGG功能富集分析、OrgDb包制作
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2023-08-04 10:59:08
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参考资料：机器学习课程的ppt……Mixture Models我们将研究混合模型，包括高斯混合模型和伯努利混合模型。关键思想是引入潜变量，它允许从更简单的分布形成复杂的分布。·我们将看到，混合模型可以用具有离散的潜在变量（在有向的图形模型中）来解释。在后面的课堂上，我们还会看到连续的潜在变量。 K-Means Clusteringk-群集分析首先，我们来看看下面的问题：在多维空间中识别数
R语言meta分析egger检验是一种统计方法，用于检验研究中的publication bias（发表偏倚）。作为一名经验丰富的开发者，我将通过以下步骤教你如何实现这一检验。
## 流程图
```mermaid
flowchart TD
A[收集研究数据] --> B[进行meta分析]
B --> C[进行egger检验]
C --> D[分析结果]
```
##
原创
2024-06-26 04:13:44
1493阅读
# R语言rctmeta分析egger检验
随着临床试验数量的增加，越来越多的研究人员开始关注对多个研究结果进行元分析的方法。RCTmeta是一个用于进行随机对照试验（RCT）元分析的R语言包，它提供了各种统计方法和可视化工具，帮助研究人员更好地理解研究结果。
在进行RCT元分析时，有时需要对研究结果进行Egger检验，以判断研究结果是否存在出版偏倚。Egger检验是一种用于检测研究结果中是否
原创
2024-06-27 04:39:08
268阅读
功能富集分析，是指借助各类数据库和分析工具进行统计分析。挖掘在数据库中与我们研究的生物学问题具有显著相关性的功能类别，期望发现在生物学过程中起关键作用的生物通路,从而揭示和理解生物学过程的基本分子机制。其中GO富集分析就是重要的一个内容。通常我们可以很容易的通过各类在线网站得到GO富集结果，而后期的可视化往往是八仙过海，各显神通。今天小鹿特别奉上一件法宝--GOplot，让你的可视化呈现与众不同。
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2023-11-18 12:32:59
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01 Oct 2015R语言是一门专门用于数据分析的领域特定语言（DSL），多数R语言用户并不了解R解释器的内部。这和使用者的背景直接相关。对R底层有一定了解之后，对R可能会有完全不同的评价，是好是坏，就因人而异了。R源代码的笔记整理出来，希望对想了解R底层机制的朋友有所帮助。主要涵盖以下内容：（1）R解释器的初始化和R语句求值；（2）R底层的SEXP结构以及相关的API；（3）environme
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2023-12-12 15:30:06
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2.9 正则化线性模型学习目标知道正则化中岭回归的线性模型知道正则化中lasso回归的线性模型知道正则化中弹性网络的线性模型了解正则化中early stopping的线性模型Ridge Regression 岭回归Lasso 回归Elastic Net 弹性网络Early stopping1 Ridge Regression (岭回归，又名 Tikhonov regularization)岭回归是
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2024-04-15 20:48:02
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文章来源于微信公众号（茗创科技），欢迎有兴趣的朋友搜索关注。元分析在许多研究学科领域的循证证据中发挥着关键作用，如医学、社会科学和经济学等等。之前我们讲过用 CMA 软件进行元分析，今天主要介绍如何用 R 语言进行元分析。R 语言的魅力在于其快速、强大、完善且开源的算法基础，获取网址：http://www.r-project.org/。mada (
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2023-08-01 21:00:54
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目录一、背景二、系统聚类算法代码实现 三、K均值聚类算法代码实现四、结果对比和分析以全国各城市空气质量年度数据为例。分别应用系统聚类算法和K均值聚类法对数据进行分析一、背景系统聚类算法先将各个个体看作一类，根据个体间的相似程度（距离、相关系数）等合并出新类而后不断循环该过程直至达到事先确定的某些标准其度量相似度的方法有最小距离、最大距离、中间距离、重心距离、类平均、离差平均等（Q型聚类）
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2023-09-21 09:20:16
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一、背景 数据集展示了X市常住外来人口的基本情况，包括人口学变量和一些行为特征。假定这些变量的取值在观测期间内都保持不变，仔细查看和分析数据情况，试利用生存分析法完成下面的题目。二、要求和代码#*********************************前期数据处理***********************************
#1
#①利用R读取数据。注意：不要事先改动样本的数据内
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2023-08-28 13:25:37
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生存分析全人群肿瘤登记资料常用的统计分析指标包括发病率、死亡率、现患率以及生存率等，其中肿瘤生存率是评估肿瘤治疗效果和肿瘤负担的必要指标，其计算涉及肿瘤患者的发病、 死亡和随访三个方面的资料， 数据整理和计算过程均较为复杂， 如何及时、 准确地计算肿瘤生存率， 并使其可以在不同地区、 不同人群、不同时期间被客观公正地比较和评价，仍然是统计学家们一直在研究的主题。人群肿瘤登记生存率的分析指标包括观察
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2023-08-28 10:07:37
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作者：就在那里000 之前写过生存分析的数学相关基础知识，这次直接使用R语言进行生存分析的实战演练。1. 生存分析install.packages(c("survival", "survminer"))
# Load the packages
library("survival")
library("survminer")导入示例需要的数据# Example data sets
data("lun
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2023-09-21 16:44:04
563阅读
一.聚类: 一般步骤: 1.选择合适的变量 2.缩放数据 3.寻找异常点 4.计算距离 5.选择聚类算法 6.采用一种或多种聚类方法 7.确定类的数目 8.获得最终聚类的解决方案 9.结果可视化 10.解读类 11.验证结果 1.层次聚类分析 案例:采用flexclust的营养数据集作为参考 1.基于5种营养
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2018-02-28 23:20:00
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input#step6-单细胞差异分析后的gsea富集分析
# 从中选取一种细胞类型进行二分组的GSEA分群
#挑选一种细胞类型进行二分组的GSEA分析（此处挑选毒性T细胞进行分析）
# 一：加载R包并制作genelist -------------------------------------------------------
rm(list = ls())
library(Seurat
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2023-07-28 13:37:25
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在Cox比例风险模型（考克斯，1972年）基本上是常用的统计在医学研究调查的患者和一个或多个预测变量的存活时间之间的关联回归模型。在本文中，我们将描述Cox回归模型，并提供使用R软件的实例。需要进行多元统计建模在临床研究中，有许多情况下，几个已知量（称为协变量）可能影响患者。统计模型是一个经常使用的工具，可以同时分析多个因素的生存情况。另外，统计模型提供了每个因素的效应大小。Cox比例风险模型的基
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2023-07-04 20:58:49
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What?元分析是一种统计技术，用于结合特定主题的多篇研究的数据进行统计分析。它在循证医疗领域中发挥着重要作用。与其他研究设计(如随机对照试验或队列研究)相比，在循证医疗中，元分析位于“证据水平”金字塔的顶端。Why?不能基于单个研究的结果来判断干预的有效性或假设的有效性，因为结果通常因研究的不同而不同。通过结合各个研究的数据，可以提高估计的精度。元分析采用的是客观公式(就像人们在单个
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2023-12-21 19:01:12
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R语言是一种用于统计分析和数据可视化的编程语言。它在科学研究中被广泛使用，包括进行元分析（Meta-Analysis）。
元分析是一种统计方法，用于合并多个独立研究的结果，以产生一个综合的估计效应。它可以帮助研究人员总结和解释一系列研究的结果，从而得出更准确和可靠的结论。
在R语言中进行元分析的过程包括数据准备、效应量计算、效应量合并、效应量检验和结果可视化。下面将以示例数据为例，演示如何使用
原创
2024-01-13 12:10:01
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# R语言做方差分析代码教程
## 1. 简介
在统计学中，方差分析（ANOVA）是一种常用的方法，用于比较两个或更多组之间的均值是否存在显著差异。R语言提供了多种方法来执行方差分析，本文将介绍一种常用的方法。
## 2. 流程
下表列出了执行方差分析的步骤及相应的代码。
| 步骤 | 代码 | 说明
原创
2023-09-24 16:06:40
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方差分析（一）1. ANOVA模型拟合1.1 aov()函数1.2 表达式中各项的顺序2. 单因素方差分析（One-Way ANOVA）2.1 绘制各组均值及其置信区间的图形2.2 多重比较-TukeyHSD2.2.1 成对比较图2.2.2 多重均值比较-TukeyHSD（更易理解）2.3 评估检验的假设条件2.3.1 正态性检验2.3.2 方差齐性检验2.3.3 离群点检验3. 单因素协方差分
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2023-07-27 21:49:21
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