Blast结果的详细解析 Posted on
2009 年 7 月 9 日
要使用程序对blast结果进行解析、分析，就必须对BLAST的结果形式有深入的了解，本篇文章将向你详细说明Blast结果的数据结构，供参考。这里的指的是blast默认的结果，也是我们应用最多的结果。 3.14.1. 结果文件的结构 一个BLAST的结果文件，大致结构如下： 每个blast结果文件都以
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2023-09-05 10:45:46
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# 使用Python实现BLAST序列比对的指南
在生物信息学领域，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种广泛使用的算法，用于比较生物序列。本文将为刚入行的小白开发者提供一个全面的指南，教会你如何使用Python实现BLAST序列比对的功能。我们将从整个流程开始，以及每一步所需的相关代码和解释。
## 流程概述
以下是实现BLAST序列比对的基
blast所使用的query一般为基因等序列较长的对象，但有时候我们也需要使用短的query序列，比如使用引物作为query序列。这种时候使用一般的比对参数，比对不出结果的。这时候在比对时，加入以下参数就行：#参考#参考别人的文章一句话概括就是：blastn多加上-task blastn-short -word_size 7 -evalue 1就ok了。
针对这种短序列query，这三个选项是比较
Linux系统中提供了许多强大的工具，可以帮助研究人员进行序列比对分析。其中一个著名的工具就是Blast（Basic Local Alignment Search Tool），它是一种用于在数据库中搜索同源序列的软件。在Linux系统中，我们可以通过命令行使用Blast工具进行序列比对分析，来寻找目标序列在数据库中的同源序列。
Blast工具能够快速而准确地找到目标序列在数据库中的同源序列，并给
结果12列Query id,Subject id,% identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit scoreBlast，全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"，由Altschul等人于199
这是一个尝试性的文章，能不能解决我要解决的问题，并不清楚。===本文利用NCBI的blast界面，实现将短序列比对上reference基因组，并实现变异位点可视化。===补言===比对常用的是NCBI网站，打开NCBI。（百度 谷歌直接搜索NCBI， 现在中国也在搭建和完善国家生物信息中心，一个是位于深圳的国家基因库，由BGI代运营，一个是北京的国家生物信息中心，由BIG开发和运营）。
#建库
#全称Basic Local Alignment Search Tool，即"基于局部比对算法的搜索工具"
#Blast的运行方式是先用目标序列建数据库（这种数据库称为database，里面的每一条序列称为subject），然后用待查的序列（称为query）在database中搜索，每一条query与database中的每一条subject都要进行双序列比对，从而得出全部比对结果。
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2023-07-06 10:58:41
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# Python中的blast比对
## 什么是blast比对？
blast比对（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于在数据库中查找生物序列相似性的工具。blast比对适用于DNA、RNA和蛋白质序列的比对，可用于识别两个序列之间的相似性和同源性。它是生物信息学中非常重要的一种方法，被广泛应用于基因组学、进化学、蛋白质结构预测等领域。
## 如何使用
# Python Blast 比对实现教程
## 1. 整体流程
下表展示了使用Python进行Blast比对的步骤和对应的代码：
| 步骤 | 描述 | 代码 |
| --- | --- | --- |
| 1 | 安装Biopython库 | `pip install biopython` |
| 2 | 准备比对序列和数据库 | - |
| 3 | 执行Blast比对 | `resul
一、在NCBI 中搜索BLAST点击这个，然后 来到这个页面，再点 来到了这个下载页面，选择合适的，开始下载二、开始安装建议不要安装在C盘。 安装结束后，然后设置环境变量，在path后，添加一句：D:\blast-2.12.0+\bin 然后打开cmd，输入blastn,出现下图所示，就证明安装成功。 然后在D:\blast-2.12.0+目录下，新建db文件，添加环境变量BLASTDB三、使用B
1. Blast （1）格式化数据库 主要参数： i 输入需要格式化的源数据库名称 p 文件类型，是核苷酸序列数据库（F nucleo
原创
2022-06-01 10:43:36
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blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task：设置比对模式，通常情况会有一个默认task，这里要设置为b
在线双序列比对工具EMBL全局双序列比对工具Gap的类型及分值设置调整gap open和gap extend以达到期望的比对结果。EMBL局部序列比对工具其他在线双序列比对工具软件名比对类型EMBLGlobal/LocalPIRGlobalLalignGlobal/LocalLAGANGlobalAlignMeAlignment of Membrane ProteinsMCALIGNAlignme
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2023-07-28 10:49:44
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这里我们用到biopython blast 的输出结果需要保存为 xml 格式 -outfmt 设置为5 首先是blast 构建索引 比对 接下...
原创
2022-03-18 10:07:49
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序列比对概念及相应工具的对比0x01 概念和意义在生物信息学研究中,最基本的部分是序列比对,而最基本的操作是比对,主要可分为双系列比对和多序列比对,辨别序列之间的差异,同时发现生物序列中的机构和功能信息,进而发现它们的相似性和同源性,比较多个生物序列相似性是由序列比对来完成的。总的来说,序列比对的意义是对序列的相似性在核酸、氨基酸的层次上进行分析,从而推测比对中的各个序列间结构功能以及进化上的联系
# 多序列比对的Python实现
在生物信息学中，多序列比对（Multiple Sequence Alignment, MSA）是帮助研究蛋白质、RNA或DNA序列关系的重要工具。通过对多条序列进行比对，我们可以发现它们之间的相似性和差异性，从而推测其进化关系和功能。
在Python中，我们可以使用多种库来实现多序列比对。其中，最常用的库之一是`Biopython`。本文将介绍如何使用`Bio
比较是科学研究中最常见的研究方法之一，通过比较寻找研究对象可能具备的某些特征和特性。序列比较的理论基础是进化学说：如果两个序列之间具有足够高的相似性，那么两者可能是共同的进化祖先经过序列内残基的替换，残基或序列片段的缺失或插入以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。序列比较的目的主要有两点：根据相似性通过已知序列来预测未知序列的结构和功能推断序列之间的同源性，推测进化关系相似性 同源性任意两条序列
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2023-08-30 18:51:17
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RIdeogram 是用来展示 染色体组型 （idiogram）的一个R语言包，比如展示snp的密度分布；展示某类基因在染色体上的分布等等。具体...
原创
2022-03-18 11:08:18
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基于python的全局与局部序列比对的实现（DNA）程序能实现什么一、实现步骤1.用户输入步骤2.代码实现步骤二、实验结果截图1.全局比对2.局部比对总结 程序能实现什么a.完成gap值的自定义输入以及两条需比对序列的输入 b.完成得分矩阵的计算及输出 c.输出序列比对结果 d.使用matplotlib对得分矩阵路径的绘制一、实现步骤1.用户输入步骤a.输入自定义的gap值 b.输入需要比对的碱
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2023-05-28 18:02:44
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