一、熵
物理学中，热力学第二定律定义了“熵增”：对于一个孤立系统，其内部自发进行的与热相关的过程必然向熵增的方向进行。通俗地讲：熵增是在自然过程中，有用的能量逐渐消散这一固定趋势。就如杯子里正在融化的冰，如果没有外部能量的干预，则冰逐渐融化为水。如果想要水变成冰，靠自身系统不可能完成，一定需要外部能量的干预，如冰箱来进行降温。 “熵增”现象已不仅仅局限于热力学，信息、经济、生态、天
分子动力学模拟是一个跨越众多学科领域的强大工具，从物理学的角度来看分子动力学模拟的话，其基于量子力学（量子化学）构
原创
2022-05-05 14:00:11
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背景IK在角色动画的表现中有着很重要的地位。通常的角色动画都是使用FK(Forward kinematics)来进行计算，这种计算方法中父骨骼的变换与子骨骼的变换决定了子骨骼最终的位置。而IK则相反，IK是先决定子骨骼的变换，然后再推导父骨骼需要由此而产生的变换。就如同人平时的行为一样——往往是手掌的位置和旋转需要先确定（拍到墙壁上的某个点，抓住某个东西等……）后，再进行手肘变换的计算。这也就意味
继上一篇文章介绍了分子动力学模拟中常用的LINCS约束算法之后，本文再介绍一种SETTLE约束算法，及其基于Jax的实现方案。LINCS约束算法
原创
2022-05-05 14:00:53
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基于力场的分子动力学模拟，其实可以看做是一个最简单的机器学习模型，具有计算成本低的特点，在药物研发、生物化学和计算物
本文是一个比较泛的分子体系控制器实现方案，因为MindSponge分子动力学模拟框架基于Python编程语言和MindSpore框架开发，因此在高度定制化的控制器实现上有先天的优势。我们可以在MindSponge中基于力对体系进行控制、基于坐标对体系进行控制，还能基于反应坐标对体系进行控制。
技术背景在传统的分子动力学模拟软件中，对于分子体系的控制，例如控制
分子模拟具有众多的应用场景，比如制药领域和材料领域，做好分子模拟的工作，可以极大程度上缩减新药物新材料的研发成本和研发周期。近几年随着GPT-4和Diffusion Model的大火，让大家意识到了AI已经具备了相当的解决问题的能力。因此基于AI的框架和模型，对比AI训练与分子模拟之间的共性，可以实现一个面向AI时代的分子模拟框架。本文主要介绍基于MindSpore
随着硬件算力的发展，以及AI技术的日益增进，我们不仅可以借助深度学习框架来加速分子动力学模拟，以及降低分
随着分子动力学模拟技术的应用推广、AI软件的发展和硬件算力水平的提升，我们可以更快的在分子层面去观察和研究分子体系内的相互作用。但是分子模拟
本文主要衔接前面的文章，继“MindSponge的安装与使用”、“MindSponge软件架构”以及“MindSponge中定义一个分子系统”系列文章之后，再讲解一下如何根据一个定义好的分子系统进行力场建模，使用力场来计算单点能，就是一个比较简单的案例。
技术背景在前面的几篇文章中，我们分别介绍了MindSponge的软件架构、MindSponge的安装与使
本文主要介绍MindSponge框架的免安装使用和编译构建使用这两种使用方法，MindSponge是一款可以在MindSpore上进行分子动力学模拟的，模块化、高通量、端到端可微的下一代智能分子模拟程序库。通过MindSponge，我们可以在GPU上更加便捷的开发分子动力学模拟算法和应用，并且原生的支持神经网络力场和增强采样，使得我们可以用一个框架就完成绝大部分的分
本次模拟采用LJ约化单位，晶体为面心立方结构，晶格参数为0.6，沿x（100）、y（010）方向为10倍
原创
2023-05-18 09:42:20
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本文从分子动力学模拟中的周期性边界处理角度出发，介绍了无符号整数和带符号整数的一些应用的技巧，使用这些格式转换的技术有可能在程序的性能优化中带来一定的效果。同时为了更加直观的展示分子模拟的效果，我们用animation展示了一个简单的动态图绘制的案例，其中还包含了多个子图的绘图技术。
原创
2022-05-05 14:06:44
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Python 代码实现高性能异构分子动力学模拟系统
本文重点介绍了VMD分子动力学模拟可视化软件的安装与基本使用方法，VMD是一款非常小而精致的可视化工具，在业界也备受推崇。如果只是用于做分子模型的展示，功能是完全足够的，如果要执行更多的操作，需要掌握tcl语言，当然这也是一个坑点。
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2022-05-05 14:16:51
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本文通过解析MindSponge的源码实现，详细介绍了在MindSponge中Molecule基础分子类的内置属性和内置函数，以及三种相应的分子系统定义方法：我们既可以使用yaml模板文件来定义一个分子系统，也
本文通过完整的案例及其算法实现的过程，介绍了LINCS（Linear Constraint Solver）这一分子动力学模拟过程常用的约束算法。得益于Jax这一框架的便用性及其对numpy的强大支持、对GPU计算的优化、还有自动微分与向量化运算等技术的实现，使得我们实现LINCS这一算法变的不再困难。
原创
2022-05-05 14:02:36
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