问题来源

想使用vcftools转为plink文件，这样plink的map文件有名称，可以一步到位。一般最简单的方法是：

vcftools --vcf clean_vcf.recode.vcf --plink --out a1

这里：

  • –vcf 后面是vcf的数据格式
  • –plink，是转为plink的格式
  • –out ，是输出的文件名前缀

但是今天报错了：

Writing PLINK PED and MAP files
Error:  Could not open temporary file.

问题解决

本来上面的代码没有问题，修改一下系统的​​ulimit​​即可，比如修改为4000，然后再运行就不会出错了。

 ulimit -Sn 4000

然后在运行vcftools命令：

 vcftools --vcf clean_vcf.recode.vcf --plink --out a1

搞定！