系谱检查函数check_pedigree介绍

系谱检查常见错误，包括：

个体有重复值父母本交叉系谱有循环

• 
  

这些情况应该如何快速检查呢？

这里推荐我写的R包​​learnasreml​​​中的​​check_pedigree​​函数，简单好用，结果友好。能够检查：

• • 
    
• 个体是否有重复值
• 父母本是否有交叉
  • 
    

至于系谱循环检查，推荐栾生老师写的​​visPedigree​​​包中的函数​​tidyped​​。下面介绍函数的用法。

1. 正常的系谱

这里使用​​asreml​​包中的harvey.ped数据：

> head(ped)
  Calf   Sire Dam
1  101 Sire_1   0
2  102 Sire_1   0
3  103 Sire_1   0
4  104 Sire_1   0
5  105 Sire_1   0
6  106 Sire_1   0
> learnasreml::check_pedigree(ped)
系谱共有行数: 65 
个体共有个数: 65 
父本共有个数: 9 
母本共有个数: 0 
个体没有重复！
父母本个体没有交叉！

可以看到，共有65行系谱，个体没有重复，父母本没有交叉。

使用visPeidgree包：

在这里插入代码片> pped = visPedigree::tidyped(ped = ped)
Warning message:
In checkped(ped_inter, addgen) :
  In the sire or dam column, Blank, Zero, asterisk, or character NA is recognized as a missing parent and is replaced with the missing value NA.
> head(pped)
      Ind Sire  Dam Gen  Sex IndNum SireNum DamNum
1: Sire_1 <NA> <NA>   1 male      1       0      0
2: Sire_2 <NA> <NA>   1 male      2       0      0
3: Sire_3 <NA> <NA>   1 male      3       0      0
4: Sire_4 <NA> <NA>   1 male      4       0      0
5: Sire_5 <NA> <NA>   1 male      5       0      0
6: Sire_6 <NA> <NA>   1 male      6       0      0

使用nadiv包检查系谱：

> pped = visPedigree::tidyped(ped = ped)
Warning message:
In checkped(ped_inter, addgen) :
  In the sire or dam column, Blank, Zero, asterisk, or character NA is recognized as a missing parent and is replaced with the missing value NA.
> head(pped)
      Ind Sire  Dam Gen  Sex IndNum SireNum DamNum
1: Sire_1 <NA> <NA>   1 male      1       0      0
2: Sire_2 <NA> <NA>   1 male      2       0      0
3: Sire_3 <NA> <NA>   1 male      3       0      0
4: Sire_4 <NA> <NA>   1 male      4       0      0
5: Sire_5 <NA> <NA>   1 male      5       0      0
6: Sire_6 <NA> <NA>   1 male      6       0      0

2. 个体重复的系谱

使用nadiv检查系谱：

> ped = data.frame(ID = c(1:10,5,8), Sire = paste0("A",1:12), Dam = paste0("B",1:12))
> ped
   ID Sire Dam
1   1   A1  B1
2   2   A2  B2
3   3   A3  B3
4   4   A4  B4
5   5   A5  B5
6   6   A6  B6
7   7   A7  B7
8   8   A8  B8
9   9   A9  B9
10 10  A10 B10
11  5  A11 B11
12  8  A12 B12
> nadiv::prepPed(ped)
Error in nadiv::prepPed(ped) : 
  some individuals appear more than once in the pedigree

可以看到，报错，显示ID中有重复，但是没有说明哪些有错误。

visPedigree检查系谱：

> visPedigree::tidyped(ped)
Error in checkped(ped_inter, addgen) : Please check the pedigree!
In addition: Warning messages:
1: In checkped(ped_inter, addgen) :
  The 2 duplicated individual IDs are found in the pedigree. Only the first 2 records are shown.
2: In checkped(ped_inter, addgen) : 5, A5, B5
3: In checkped(ped_inter, addgen) : 8, A8, B8

提示，系谱5和8有重复。

learnasreml包检查系谱：

> learnasreml::check_pedigree(ped)
系谱共有行数: 12 
个体共有个数: 10 
父本共有个数: 12 
母本共有个数: 12 
个体重复数为: 2 个,分别是: 5 8 
父母本个体没有交叉！

这个结果最友好，中文的，显示个体重复编号是5,8。

提取这两个系谱：

> ped %>% filter(ID %in% c(5,8))
  ID Sire Dam
1  5   A5  B5
2  8   A8  B8
3  5  A11 B11
4  8  A12 B12

可以看到，这里ID有重复，但是其父母本不一样，应该是系谱错误所致。

如何安装​​learnasreml​​

#安装方法：
if (!requireNamespace("devtools")) install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("dengfei2013/learnasreml")