anaconda 安装java anaconda 安装报错

1.安装

（1）地址：https://repo.anaconda.com/archive/

（2）选择合适的版本，wget下载。chmod 777增加权限，bash Anaconda3-5.1.0-Linux-x86_64.sh 执行安装

         *在询问 是否加入环境变量 时和 是否安装vscode 时选择 no

（3）激活conda，退出激活时使用   conda deactivate   或   . ./deactivate 

当命令行前面出现（base）的时候说明现在已经在conda的环境中了，随时用随时激活。

2. 换conda源

（1）清华源：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

（2）显示安装的频道：

conda config --set show_channel_urls yes

（3）查看已经添加的channels：

conda config --get channels

（4）删除添加了的channels：

conda config --remove channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/'

（5）已添加的channel在哪里查看：

vim ~/.condarc

 修改 ~/.condarc可以直接删除已经添加的channel

3. conda安装包

（1）强制安装

conda install 软件名=版本号
conda install gatk=3.7

这时conda会先卸载已安装版本，然后重新安装指定版本。

（2）查看已安装软件：

conda list

（3）更新指定软件：

conda update gatk

（4）卸载指定软件：

conda remove gatk

4. conda虚拟环境

（1）conda env list  查看已有的虚拟环境

（2）conda create -n NAME python=3.6  创建名字为NAME的虚拟环境，指定Python版本

（3）conda info --envs 查看虚拟环境

（4）conda activate NAME  激活虚拟环境

（5）conda remove -n NAME --all  删除虚拟环境

（6）把一个原来叫做py2的环境重新命名成python2（先克隆再删除以前的）：

conda create -n python2 --clone py2
conda remove -n py2 --all

5. 对虚拟环境中安装和删除额外的包

（1）如果没有进入到当前虚拟环境，使用-n env_name 的方式去指定对某个虚拟环境安装软件，命令如下：

# 查看指定环境下已安装的package
conda list -n env_name
# 安装指定环境下某个package
conda install -n env_name [package]
# 删除指定环境下某个package
conda remove -n env_name [package]
# 更新指定环境下某个package
conda update -n env_name [package]

（2）如果已经进入到某个虚拟环境，则直接使用以下命令：

# 查看已安装的package
conda list
# 安装某个package
conda install [package]
# 删除某个package
conda remove [package]
# 更新某个package
conda update [package]

# 更新conda，保持conda最新
conda update conda

6. 导入导出环境

（1）导出：conda env export > env.yml

        *注意：若导出base环境，则在目标机上会提示已存在（而且base环境无法删除）。所以要想导出base，最好先复制一下，再导出复制品。

（2）导入：conda env create -f env.yml

（3）对yml文件修改后更新环境：conda env update -f env.yml

7. 环境回滚

conda list --revision
conda --install rev 5
# 回退到 rev 5

8. 补充：

（1）安装完anaconda后，发现每次打开终端后都会自动进入到base的虚拟环境中去，可以使用conda deactivate退出。也可以关闭自动打开的虚拟环境，命令如下

conda config --set auto_activate_base false

（2）alias简化激活操作（在bashrc文件中加一条对激活命令的重命名）

（3）conda安装包过程中报错 PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels

原因：镜像不好使了

解决方法：换镜像或者search →  

（4）“No module named conda”报错

（5）通过yml文件创建环境：