2021年8月5日，Journal of Genetics and Genomics 在线发表了云南大学省部共建云南生物资源保护与利用国家重点实验室于黎研究员、张志刚研究员和广州动物园（广州野生动物研究中心）陈武高级兽医师题为“Comparative Study of Gut Microbiota from Captive and Confiscated-rescued Wild Pangolins”的研究论文。该论文比较了穿山甲肠道微生物在人工圈养和野生环境下的微生物组成与功能变化。
穿山甲是世界上非法贸易最猖獗且最濒危的物种，其中极度濒危的马来穿山甲和中华穿山甲的保护形势尤为严峻。人工圈养已成为救助和保护野生动物的重要手段, 然而目前穿山甲的人工圈养工作仍然面临巨大挑战。胃肠道疾病是圈养穿山甲的主要死因之一，其中肠道微生物在调节宿主健康和疾病状态中起到至关重要的作用。
该研究结合16S rRNA扩增子测序和宏基因组数据，比较了人工圈养与罚没救助的野生马来穿山甲、中华穿山甲肠道微生物组的组成和功能，并探讨不同圈养时间以及救助过程中使用抗生素治疗与否对穿山甲肠道微生物的影响。
研究结果表明：1. 饮食组成差异与抗生素使用会造成圈养和野生穿山甲肠道微生物组成改变和功能差异；2. 两个穿山甲物种的圈养组间表现出相近的肠道微生物组成，野外组间也表现出相近的肠道微生物组成，并且短时圈养组和野外组的肠道微生物组成更相似。圈养时间增加和抗生素使用加大了圈养组和野外组的肠道微生物差异；3. 圈养组肠道微生物对多糖类（如几丁质）和脂肪酸等代谢能力增强，推测其与圈养环境下稳定的食物供应有关；野外组具有更强的代谢外源物质能力，体现其对复杂多变的野外环境的适应性；4. 圈养穿山甲中抗性基因和毒力因子的种类和数量明显增加，其中与胃肠道炎症相关的毒力因子数量显著增加，揭示了圈养穿山甲易患胃肠道疾病的潜在机制。该研究为优化圈养救治穿山甲的饮食结构、选择使用抗生素，探讨潜在的患病机制提供了重要理论依据，对该类群的保护具有重要指导意义。
穿山甲肠道微生物组与宏基因组数据分析。A: 基于Bray-Curtis距离的OTUs水平PCoA分析；B: 穿山甲门水平肠道菌群结构堆叠图；C: 马来穿山甲在圈养和野外组中存在显著差异的KEGG level 2功能分类；D: 马来穿山甲在圈养和野外组中存在显著差异的几丁质代谢相关CAZymes；E: 两种穿山甲在圈养和野外组中存在显著差异的抗性基因 (ARGs) 种类；F: 两种穿山甲在圈养和野外组中存在显著差异的毒力因子 (VFs) 种类。
